上のマークは、最近 当館のロゴマークとして使用しているものです。これは、以前ロゴマークが一時的に必要なことがあったので、仮に作成したものでした。ただ、マークがあるといろいろと便利がよかったので、最近ではこれをロゴマークのように使用しています。
マークを作成する時に考えたのは、「当館の特徴を一目で表せるようにする」ことと、「白黒2色で表し、円形に収める」ということでした。
当館は、開館当初（合併前）はホタルのみの施設でしたが、その後、合併とともに下関市立の唯一の自然史を扱う施設ということで、下関の自然史全般（動植物、地質、天体など）を対象に展示や教育、調査などを展開してきました。
そこで、このロゴにはこれらを表すために、ゲンジボタルが大きく右側にいて、その腹には『動植物』などを扱うということで、それらをイメージするために、それに共通の特徴である遺伝子を抱えています。そして、遺伝子の下には発光器のように2列の白い部分があり、これは発光器とともに、まだ見ぬ未開の分野への空白やのりしろを表しています。
その発光器の先には発光波形のような波の模様があります。これは、発光波形を表すとともに、下関市の最高峰であり、動植物、化石、岩石と何を調べても脅威の魅力を持つ「華山」という山への尊敬をこめて、その稜線をイメージしていて、『地質または地形』もイメージしています。
さらに、観察会などしかできていないですけど、一応、『天体』についても左上に星を入れています。この星は天体をイメージするととともに、知的好奇心を得た時の煌めきのようなイメージも踏まえているので、頭の先にキランと入れています。
そして、 触覚、味覚、嗅覚、湿度・圧力と、非常に多くの感覚器官があるゲンジボタルの触角を長～く全体に届かせることで、いろいろな分野にアンテナを伸ばします！っという想いも入れています（本当はゲンジボタルはこんなに長い触角ではないのです）。
最後に、仏像に開眼するように、ホタルの眼の中に黒い点を想いを込めて入れました。この黒い点は、ホタルなど昆虫には視覚部位がこの黒い点のように限られていますので、それも表しています。
このマークが多くの方の眼にとまり、当館を表すマークとして認知され、末永く愛されることをことをただ祈ります。