2023年の成果

Bioconductorパッケージ

今年の主観的なハイライトはBioconductorパッケージをリリースしたことです。

TDbasedUFE

TDbasedUFEadv

4月にリリースされたBioc3.17に入れてもらえました。露崎先生をはじめとするBiopacksonの皆様には本当にお世話になりました。しかし、あんまりアクセスは増えてなくてですね、テンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択法を普及させようという目論見は徒労に終わりました。あと何をすればいいんでしょうね…。

Top 2%

ことしもTop 2%に選んでもらえました。これで３年連続。来年はやばいかも。

論文

12/26時点で刊行された論文

1.Bioinformatic tools for epitranscriptomics | American Journal of Physiology-Cell Physiology

Features extracted using tensor decomposition reflect the biological features of the temporal patterns of human blood multimodal metabolome

3.A new machine learning based computational framework identifies therapeutic targets and unveils influential genes in pancreatic islet cells - ScienceDirect

4.Principal component analysis- and tensor decomposition-based unsupervised feature extraction to select more suitable differentially methylated cytosines: Optimization of standard deviation versus state-of-the-art methods - ScienceDirect
5.Tensor decomposition discriminates tissues using scATAC-seq - ScienceDirect

Integrated analysis of human DNA methylation, gene expression, and genomic variation in iMETHYL database using kernel tensor decomposition-based unsupervised feature extraction

Optimized Tensor Decomposition and Principal Component Analysis Outperforming State-of-the-Art Methods When Analyzing Histone Modification Chromatin Immunoprecipitation Profiles

Integrated Analysis of Gene Expression and Protein–Protein Interaction with Tensor Decomposition

9.GENEvaRX: A novel AI-driven method and web tool can identify critical genes and effective drugs for Lichen Planus - ScienceDirect

Application note: TDbasedUFE and TDbasedUFEadv: bioconductor packages to perform tensor decomposition based unsupervised feature extraction

Investigating Neuron Degeneration in Huntington’s Disease Using RNA-Seq Based Transcriptome Study

Advanced Tensor Decomposition-Based Integrated Analysis of Protein-Protein Interaction with Cancer Gene Expression Can Improve Coincidence with Clinical Labels

13.Characterization of circulating miRNAs in the treatment of primary liver tumors - Umezu - Cancer Reports - Wiley Online Library

集中講義

最初で最後だとは思いますが広島大学でテンソル分解を用いた教師なし学習による変数選択について大学院の集中講義

広島大学 集中講義 & 数理生命科学プログラムセミナー 2023年4月

をやらせてもらえました。内容はTogoTVで公開されています。一生の思い出ですね。

OAGの記事

有料の宣伝記事です。すごいお金がかかっています。

An exploration into signal identification without signal formulation

Drug repositioning using multiple gene expression profiles

Can we do drug repositioning without disease gene expression?

Drug repositioning without the gene expression of disease cells treated with drugs

The link between gene expression and machine learning

中央大学学術講演会

生成AIブームということで、金沢を皮切りに練馬、北区、神奈川の大和市の４か所で学術講演会をやりました。

遺伝学会で招待講演

珍しく学会の招待講演によばれました(第９５回日本遺伝学会)。

機械学習ゲリラ講義

Mondでのこのやりとりのせいで

機械学習ゲリラ講義

をやる羽目に（笑）。

Mond

回答数は３７５でトップ。いいね数は１０８９で７位

田口善弘＠中央大学さんが質問を募集しています | Mond - 知の交流コミュニティ

その他

口頭発表などは以下を見てください

田口 善弘 (Y-h. TAGUCHI) - 講演・口頭発表等 - researchmap

終わりに

国際会議などが対面に戻ってしまったので招待講演はされなくなりました。仕方ないことだとは思いますけどね。来年は飛躍の年になれるでしょうか。