もう一度BiomaRtインストール

biomaRt パッケージは、R を利用してデータベースに対してデータの検索だけではなくID マッピングができるものらしい。

R4.0にしたので再インストールします。

コマンド　if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")

こんなメッセージが出ます。

Warning in install.packages("Biocmanager") :
'lib = "/usr/local/lib/R/site-library"' is not writable
Would you like to use a personal library instead? (yes/No/cancel)

/usr/local/lib/R/site-library に書き込む権限がないから、ホームディレクトリ上の個人用ライブラリを使いますか？と聞いているので、他の人と共有しなければ「y」

この後

Would you like to create a personal library
‘~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0’
to install packages into? (yes/No/cancel)

ホームディレクトリ上の個人用ライブラリを作って良いか？と聞いてくるので「y」で良いようです。

この後、”biomaRt”を再インストールします。

コマンド　BiocManager::install(”biomaRt”)

これでインストールは完了のようです。

Bioconductorのインストールのサイトを参考にインストールしてみました。
http://bioconductor.org/install/