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バイオインフォマティクスのメモ

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本
実験メインの研究者なので、バイオインフォマティクスやデータ解析を忘れないための備忘録的なもの。
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Shigeru Hanano （花野 滋）
Shigeru Hanano （花野 滋）

Shigeru Hanano （花野 滋）

データの転送

NGSなどの大量のデータを扱っていると、ネットワーク経由でデータを転送する機会が多くあります。
また、NGS解析を小規模でやる分にはローカルマシンで作業しても問題はありませんが、大量に高速で計算させたい場合には、研究所や大学内のサーバー、スパコンなどに計算をさせた方が、一旦作業を投入してしまえば、ローカルマシンはデスクワークなど別の作業に使えるようになるので効率的です。

そこで、FTPでのファイ

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Shigeru Hanano （花野 滋）

Shigeru Hanano （花野 滋）

RNA Seq 解析

RNA Seq 解析

MiSeqデータのリファレンス配列へのマッピングと転写産物量の推定。

3年ほど前に行っていた古い方法だが、一応アップしておきます。
これからやる方は、マッピングにはHISAT2を使ってください。

注：javaがインストールされていること。

クォリティーチェック（FastQC）
http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

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