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2018年2月の記事一覧
Qiime2を使った微生物叢の解析（その２）
プライマー配列とシーケンスの綺麗に読めていない3'側の配列をトリムして結合し、キメラのチェックを行います（Qiime2.2018.6以降では、注意事項を参照）。
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime dada2 denoise-paired --i-demultiplexed-seqs paired-end-demux-201802
Qiime2を使った微生物叢の解析（その１）
1. manifestとmetadataファイルを準備します。
シーケンスしたサンプルに関する情報について、manifestファイルとmetadataファイルを作成します。
manifestファイルの例：20180220_Kazusa-manifest.txt
fastq.gzファイルのforward、reverseは、$PWD/...L001_R1_001.fastq.gz、および$PWD
Qiime2のインストール
Qiime2 （チャイム2）は、次世代シークエンサーによって得られた16S rRNA可変部位領域等の大量配列情報をもとにして微生物叢のプロファイリング解析を行う際に便利なパッケージングツールです。これまでによく使われていたQiimeのサポートが終わって、Qiime2へ以降したので、その際のメモを置いておきます。
詳細は、Qiime2のサイトのチュートリアルを参照してください。
https://