時を超えた遭遇

サトシとその相棒ピカチュウは、故郷マサラタウンから旅立ち、ポケモンマスターを目指し全国各地を旅しています。そんな彼らが次に訪れたのが、ハテノの森。深い森の中、彼らは美しく幻想的な音楽を耳にします。その時の彼らは知る由もありませんが、実はその音楽は伝説のポケモン、セレビィが姿をあらわす時に聞こえるとされる「森の声」だったのです。

そして、サトシとピカチュウは、そのセレビィを奉った祠の前で、ユキナリというサトシと同年齢ほどの少年が倒れているところに出くわします。サトシは急いでユキナリを、村の村長の元へと連れて行きました。意識を取り戻した少年は、自らが40年前からタイムスリップしてきた事を明かします。何とセレビィには、”時を超える”というとんでもない力があったのでした。

セレビィを狙うハンターからセレビィを守り、結果、現代へと送られてしまったユキナリは、元の時代に戻ろうと再びセレビィを探します。そして、サトシとユキナリは再び森の中でセレビィと遭遇するのでした。