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仮想環境下でBiopythonのインストール

はじめに

塩基配列データをいじるときにpythonではめんどうなことも、biopythonなら簡単に記述することが出来たりします。

Gem Bankやfastaファイルをいじりましょう。

Gem Bankとは--wikiより
GenBank(ジェンバンク)は、米国生物工学情報センター(NCBI; National Center for Biotechnology Information)が提供している、塩基配列データを蓄積・提供している世界的な公共の塩基配列データベースである。

(意外なことにネット上では仮想環境を使ったインストールの方法が書かれていなかったので、今回まとめてみました。)

インストール

version:python 3.6.8  Biopython 1.72

モジュールがごちゃごちゃしてると後々困るので、Anaconda Navigatorを使って仮想環境下でインストールします。

createからpythonのバージョンを選ぶと新しい仮想環境が作られます。
(図ではbiopythonという名前にしました。この図では既にインストールされています。^^;)

▶をクリックしてターミナルを選択。下のように打つ。

$conda install -c anaconda biopython

右のinstalledのところにbiopythonのチェックが入っていたらokです。


参考

BiopythonでFASTAファイル操作 その1:準備と初めの一歩