PSA+EpiSwitch PCA検査にて前立腺癌陽性適中率　９２％、陰性適中率　９４％という驚きの結果

研究チームは、血液中のがん特異的な染色体構造を検出するエピジェネティック検査を開発しました。そして、この検査と前立腺特異抗原（PSA）血液検査を組み合わせて、前立腺スクリーニング・エピスイッチ（PSE）検査と名付けたこの組み合わせが、より正確な結果をもたらすかどうかを確認しました。「その結果、PSA検査やエピジェネティック検査単独と比較して、新しい複合検査（PSE検査と呼ぶ）が前立腺がんの検出率を著しく向上させることが実証されました。(New Prostate Cancer-Screening Blood Test Is 94% Accurate (medicaldaily.com))

EpiSwitch PCa test
Oxford Biodynamics PLC (OBD)
EPISWITCH® ANALYTICAL PORTAL - Oxford BioDynamics Store

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Perplexityに頼りすぎ ?

知識のないものが以下のごとく聞くと・・・堂々巡りになる

What is EpiSwitch PCa test?
PERPLEXITY

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The EpiSwitch PCa test is a prostate cancer diagnostic test developed by Oxford BioDynamics[1]. It uses Chromatin Conformation Signatures (CCSs) to detect changes in chromatin conformation in peripheral blood[2]. The test has been validated for use in a wide range of diseases, including Alzheimer's Disease, Amyotrophic Lateral Sclerosis, and Breast Cancer[3]. A study was conducted to determine whether combining the EpiSwitch PCa test with the PSA test would increase its diagnostic accuracy[4]. Results showed that the combination of the two tests could provide reassurance in some men with PCa[5].

what is Chromatin Conformation Signatures ?

PERPLEXITY

Chromatin Conformation Signatures (CCSs) are collections of multiple DNA contacts associated with specific functional outcomes such as disease states and cellular differentiation[1][2][3][4]. CCSs can be used to identify dynamic HoxA cluster chromatin conformation signatures associated with cellular differentiation[5].

What is dynamic HoxA cluster chromatin conformation signatures?
PERPLEXITY

Dynamic HoxA cluster Chromatin Conformation Signatures (CCSs) are associated with cellular differentiation and can be used to track the chromatin dynamics of the HoxA cluster in a human myeloid leukemia cell line at various stages of differentiation[1][2]

What is Dynamic HoxA cluster Chromatin Conformation Signatures?

Dynamic HoxA cluster Chromatin Conformation Signatures (CCSs) are associated with cellular differentiation and can be used to track the chromatin dynamics of the HoxA cluster in a human myeloid leukemia cell line at various stages of differentiation[1][2][3][4]. CCSs are collections of DNA contacts associated with specific gene expression profiles[2] and are modified by biological processes such as DNA replication, repair and transcription[5].

繰り返しになったので、さすがにやめる

ChatGPT "what is HoxA cluster Chromatin Conformation Signatures?"

The HoxA cluster is a group of genes that play a crucial role in patterning the anterior-posterior axis of the developing vertebrate embryo. The HoxA cluster is located on chromosome 7 in humans and is one of four Hox gene clusters (A, B, C, and D) in the genome.
Chromatin conformation signatures refer to the specific three-dimensional arrangement of DNA and associated proteins within the nucleus of a cell. The arrangement of chromatin influences gene expression by determining which genes are accessible to the cellular machinery responsible for transcribing DNA into RNA.
The HoxA cluster chromatin conformation signatures refer to the specific three-dimensional arrangement of the HoxA genes within the nucleus. This arrangement is known to change dynamically during development and can impact gene expression. The study of HoxA cluster chromatin conformation signatures helps to understand how the three-dimensional arrangement of DNA and associated proteins can regulate gene expression and contribute to the development of the anterior-posterior axis.;
HoxAクラスターは、脊椎動物の胚の前後軸のパターニングに重要な役割を果たす遺伝子群である。HoxAクラスターは、ヒトの7番染色体上に位置し、ゲノム上に存在する4つのHox遺伝子クラスター（A、B、C、D）のうちの1つである。クロマチンコンフォメーションサインとは、細胞の核内にあるDNAと関連するタンパク質の特定の3次元的な配置を指す。クロマチンの配置は、どの遺伝子がDNAからRNAへの転写を担う細胞内装置にとって利用しやすいかを決定することによって、遺伝子発現に影響を与える。HoxAクラスターのクロマチンコンフォメーションシグネチャーは、核内のHoxA遺伝子の特定の3次元配置を意味する。この配置は発生過程でダイナミックに変化することが知られており、遺伝子発現に影響を与える可能性がある。HoxAクラスターのクロマチンコンフォメーションシグネチャーを研究することで、DNAと関連タンパク質の3次元配置がどのように遺伝子発現を制御し、前後軸の形成に寄与しているのかを理解することができるようになりました。
www.DeepL.com/Translator（無料版）で翻訳しました。

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Pchejetski D, Hunter E, Dezfouli M, Salter M, Powell R, Green J, et al. Circulating Chromosome Conformation Signatures Significantly Enhance PSA Positive Predicting Value and Overall Accuracy for Prostate Cancer Detection. Cancers. 2023 Jan 29;15(3):821.　Cancers | Free Full-Text | Circulating Chromosome Conformation Signatures Significantly Enhance PSA Positive Predicting Value and Overall Accuracy for Prostate Cancer Detection (mdpi.com)

【背景】 前立腺がん（PCa）は生涯有病率（男性の6人に1人）が高いが、現在、広く受け入れられているスクリーニングプログラムはない。広く用いられている前立腺特異抗原（PSA）検査のカットオフ値は3.0 ng/mLであるが、前立腺癌の検出精度は十分ではなく、良性疾患の男性に不必要な前立腺生検を多数行い、一部の男性には誤った安心感を与える結果になっている。我々は最近、臨床的なPCa病期分類の基準に沿ったPCa検出とリスク層別化を可能にするcirculating chromosome conformation signatures (CCSs, Episwitch® PCa test)を同定しました。
【目的】Episwitch PCaテストをPSAテストと組み合わせることで、その診断精度が向上するかどうかを明らかにすることである。
【方法】PROSTAGRAMスクリーニング試験で登録された男性のn＝109の全血試料と、インペリアルカレッジNHSトラストのPCa診断が確立した患者およびがん陰性の対照者のn＝38の試料が使用された。サンプルは、PSA、および我々の以前の研究で同定された高リスクPCaに関連するDAPK1、HSD3B2、SRD5A3、MMP1、およびmiRNA98をコードする遺伝子座におけるCCSの存在について検査された。
【結果】PSA > 3 ng/mL単独では、低い陽性予測値（PPV）0.14、高い陰性予測値（NPV）0.93を示した。EpiSwitch単独では、PPVは0.91、NPVは0.32であった。PSA検査とEpiSwitch検査を組み合わせることで、NPVは0.78に低下するものの、PPVは0.81と大幅に増加した。さらに、新しい多変量層別化モデルであるProstate Screening EpiSwitch（PSE）テストにおいて、（3ng/mLのカットオフ値という二項対立ではなく）連続変数としてのPSAとEpiSwitchを統合すると、独立プロスペクティブコホートでテストしたときに、PPV 0.92 およびNPV 0.94 という驚くべき組み合わせ結果がもたらされることになった。
【結論】combining the standard PSA readout with circulating chromosome conformations (PSE test)：標準的なPSA測定値と血中染色体コンフォメーション（PSE検査）を組み合わせることで、PCa検出におけるPSA PPVと全体的な精度が著しく向上することを実証している。PSE検査は正確、迅速、低侵襲、安価であり、高価で侵襲的なMRIや生検検査への不必要な紹介を最小限にするための重要なスクリーニング診断の可能性を示唆している。癌の有病率が低いスクリーニングコホートにおける新しい複合シグネチャーのさらに拡大した前向き盲検検証は、PCaスクリーニングにおけるPSE採用のための推奨ステップであろう。

Translated with DeepL

Keywords:　prostate cancer;diagnosis;screening;epigenetics;nucleome;PSA;blood test