家庭犬のコホートにおける経口糞便微生物叢移植に対するマイクロバイオームの反応

哉百名

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ジャーナル Veterinary Sciences 11巻 1号 10.3390/vetsci11010042
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家庭犬のコホートにおける経口糞便微生物叢移植に対するマイクロバイオームの反応

https://www.mdpi.com/2306-7381/11/1/42#:~:text=Reports%20Versions%20Notes-,Simple%20Summary,producing%20bacteria%20increased%20after%20FMT.

コニー・A・ロハスORCID,ザンドラ・エントロレゾ,ジェシカ・K・ジャレット,ギヨーム・ジョスパン,アレックス・マーティン,ホリー・H・ガンツ*著
アニマルバイオーム、カリフォルニア州オークランド、94609、米国
*
著者宛先
Vet. Sci. 2024, 11(1), 42; https://doi.org/10.3390/vetsci11010042
投稿受理： 2023年11月28日／改訂：2023年12月22日／受理：2024年1月8日／発行：2024年1月19日 2024年1月8日 / 公開：2024年1月19日
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簡単な要約
慢性的な嘔吐、下痢、便秘に対して経口カプセルの形で糞便移植（FMT）を受けた54頭の犬のマイクロバイオームで観察された変化について報告する。その結果、FMT後に短鎖脂肪酸産生菌の相対量が増加することがわかった。FMT前後の犬のマイクロバイオーム組成は、食餌および抗生物質の使用歴と関連していた。さらに、特定のドナー細菌群がFMTレシピエントとより共通していることがわかった。最後に、我々のデータから、ドナーのマイクロバイオームとレシピエントのマイクロバイオームの重複度が高いことは、細菌の生着と負の相関があることが示唆され、FMTが宿主とそのマイクロバイオームに与える影響を評価する際に考慮すべき重要な因子となりうることが示唆された。
要旨
糞便微生物叢移植（FMT）は犬の消化器疾患および皮膚疾患の治療に成功している。犬のコホートにおいて、マイクロバイオームがFMTによってどの程度影響を受けるかは、これまで十分に検討されてこなかった。我々は、16S rRNA遺伝子シーケンスを用いて、慢性的な下痢、嘔吐、便秘のために凍結乾燥糞便カプセルを摂取した54頭の犬のマイクロバイオームの変化を記録した。その結果、5つの細菌属（Butyricicoccus属、Faecalibacterium属、Fusobacterium属、Megamonas属、Sutterella属）の相対量が、FMT前よりもFMT後の方が高いことがわかった。糞便微生物叢のαおよびβの多様性は、キブルフードや生食の摂取量、抗生物質の使用歴と相関していた。平均して、便提供者の細菌アンプリコン配列変異体（ASV）の18％がFMTレシピエントに生着し、バクテロイデス属、フソバクテリウム属、ラクノクロストリジウム属のような特定の細菌分類群は、他よりも生着頻度が高かった。最後に、ドナー菌とFMTレシピエントにすでに定着している微生物群集との重なりの程度が、生着に影響を及ぼす可能性が高いことが解析から示された。これらの結果を総合すると、経口FMTを受ける前後の犬のマイクロバイオームと生着ダイナミクスに関するさらなる知見が得られた。
キーワード：糞便微生物叢移植；経口カプセルFMT；糞便マイクロバイオーム；家庭犬；16S rRNA遺伝子配列決定；下痢；抗生物質；キブル；生食

  1. はじめに
    慢性腸症（CE）は、犬において広くみられる腸の炎症性疾患であり、持続性および/または再発性の嘔吐、下痢、食欲低下、腹痛、3週間以上続く体重減少を特徴とする [1] 。この疾患は犬の健康とQOLに重大な影響を及ぼす。幸い、CEにはいくつかの治療法があり、食事療法 [2]、プレバイオティクスやプロバイオティクス [3,4,5]、抗生物質 [6,7]、ステロイド [8,9]などが用いられる。治療方針は、腸症が抗生物質反応性（ARE）、免疫抑制剤反応性（IRE）、食物反応性（FRE）、非反応性（NRE）のいずれに分類されるかによって異なる [1,10,11]。CEの治療に有望なもう一つの治療法は、糞便微生物叢移植（FMT）である [12]。
    FMTは、健康なドナーの新鮮または凍結乾燥した糞便を、内視鏡検査、直腸浣腸、または経口カプセルの形でレシピエントの消化管に移植するものである [12,13]。犬では、糞便微生物叢移植は、急性（出血性）下痢症 [14,15]、パルボウイルス関連下痢症 [16]、クロストリジウム・ペルフリンゲン関連下痢症 [17]、抗生物質反応性または非反応性腸症 [17,18,19,20,21,22,23]、および犬アトピー性皮膚炎 [24,25] の個体における臨床症状の解消に有効であった。糞便移植は、マイクロバイオームの多様性を増加させ、有益な細菌数とその代謝産物を再増殖させ、あるいは潜在的な病原体の存在量を減少させることにより、腸内マイクロバイオームを回復させることを目的としている。例えば、ある研究では、急性出血性下痢症のイヌに単回大腸内視鏡的FMTを行ったところ、生理食塩水によるFMT対照群と比較して、Eubacterium biforme、Porphyromonas、Megamonas、Megasphaera、Prevotella copri、Peptococcusなどの常在細菌または有益細菌の相対量が増加した [14] 。NREを発症した7歳の犬を対象とした別の研究では、1回の内視鏡的FMTの結果、Fusobacterium、Sutterella、Megamonas、Peptoclostridiumを含む22の細菌属が導入され、FMT治療から7ヵ月後も腸内に残存していた [17] 。
    その他の症例では、マイクロバイオームの大きな変化は観察されないか、FMTの効果に必要でないかもしれない。最近の研究では、27頭のCE患犬に経口カプセルの形でFMTを投与し[23]、投与17日後にレシピエントの糞便中マイクロバイオームは健常犬の糞便中マイクロバイオームとは異なるままであり、多様性が低いことが明らかになった。しかし、FMTを受けた犬では、一般的に腸内細菌叢異常指数が低下し、臨床症状も改善した。FMTレシピエントとそのマイクロバイオームがFMTにどのように反応するかは、過去の診断、抗生物質への曝露歴、あるいは犬の食事やライフスタイルなど、いくつかの要因が影響している可能性がある。例えば、最近発表された研究では、慢性消化器疾患を有する猫の経口FMTに対するマイクロバイオームの反応は個体特異的であり、宿主の臨床症状や食事と相関していることが明らかになった[26]。それにもかかわらず、この種の情報は犬については不明である。
    ドナーの糞便中マイクロバイオームの構成も、FMTに対する反応を評価する際に考慮すべき重要な要素である。先行研究では、CEに罹患した9歳の犬で観察されたように、FMTレシピエントのマイクロバイオームは便ドナーのマイクロバイオームとより類似し、より多様になる可能性があることが示されている[18]。この犬では、フソバクテリウム科、バクテロイド科、プレボテリウム科、ルミノコッカス科、ベヨネラ科、ウツボカズラ科の相対的な存在量が増加しており、ドナーの相対的な存在量を反映していた。特定の細菌分類群もまた、便ドナーからレシピエントに移行しやすい可能性がある。慢性消化器疾患のために経口FMTを受けた猫 [26] では、最も一般的に生着したASVはペプトクロストリジウム属、バクテロイデス属、プレボテラ属、コリンセラ属の細菌であった。ヒトでは、再発性C. difficile（rCDI）感染患者に対する株移植は、ドナーの細菌とFMTレシピエントの細菌の両方の存在量と系統的幅に影響された。これまでのところ、FMTを受けた犬のコホートにおいて、どの細菌が生着し、どの程度の生着が観察されるかを調べた研究はない。
    ここでは、このような知識のギャップを解消し、2週間以上続く慢性嘔吐、下痢、便秘の犬54頭（表1）のコホートにおいて、経口カプセルFMTに対する糞便マイクロバイオーム応答を検討する。これらの犬はCEと一致する臨床症状を示したが、すべてが正式な診断基準を満たしたわけではない。我々は、FMT後にマイクロバイオームレベルで観察された変化を記録し、これらのマイクロバイオーム反応を、宿主の臨床症状、生食摂取量、ドライフード摂取量、抗生物質使用歴、ボディコンディションスコアの5つの因子と相関させた。また、FMTレシピエントの糞便マイクロバイオームをその糞便ドナー（n = 7）と比較し、どの微生物がレシピエントに「生着」し、それらがマイクロバイオームに占める割合を調べた。本研究は、25日間の経口カプセルFMTを受けたイヌが示すマイクロバイオームの変化の詳細な解析を提供するものである。
    表1. 慢性消化器疾患のために経口FMTカプセルを摂取した54頭の犬の特徴。

  2. 方法
    2.1. FMT被験者
    下痢、嘔吐、便秘が2週間以上続く犬54頭を、ソーシャルメディアを利用して本研究に募集した。同意書に署名した後、飼い主はFMTカプセル50個入りのボトル、健康調査票、糞便サンプルを採取するための手袋とチューブ（70％エタノールとシリカビーズ入り）を受け取った。糞便サンプルは試験開始前とFMTカプセルコース終了2週間後に採取された。飼い主は愛犬に1日2カプセルを25日間、食事と一緒に経口投与するよう指示された。本試験に参加させるためには、すべての犬がFMTカプセルを50個すべて服用しなければならない。糞便サンプルはAnimalBiome社（米国カリフォルニア州オークランド）に発送され、ゲノムDNA抽出まで4℃で保存された。
    飼い主は、犬の年齢、性別、体調、犬種、避妊・去勢の有無、食事、獣医師による臨床症状や診断に関する情報を提供した（表S1）。FMT治療中に抗生物質を服用した犬はいなかったが、65％の犬は試験前の12ヵ月間に抗生物質を服用した経験があった。ほとんどの犬では、試験期間中に食事に変化はなかった。
    2.2. FMTカプセルの調製
    FMTカプセルを作るために、12頭の健康な犬ドナー（n = 12）から糞便サンプルを採取した。糞便サンプルはその後、qPCRと培養の両方を用いて、クリプトスポリジウム属、クロストリジオイデス・ディフィシル毒素AおよびB、ジアルジア属、サルモネラ属、トリトリコモナス・フォエタスを含むさまざまな寄生虫および病原体についてスクリーニングされた。この作業はUniversity of California, DavisのReal-time PCR and Diagnostics Core Facility（米国カリフォルニア州デービス）で行われた。過去1年間に抗生物質による治療を受けていないこと、薬を服用していないこと、既知の健康状態がないこと、現在感染症にかかっていないこと、最近手術を受けたことがないこと、問題行動がないこと。ドナーには、原虫オーシストおよび蠕虫寄生虫（IDEXX, Westbrook, ME, USA）陰性であることが要求された。本研究のドナーは、年齢中央値4.04歳（範囲：1～9歳）、58％が男性で、ほとんどが避妊・去勢手術済み（75％）、ボディコンディションスコアは4～6（含む）であった（表S2）。犬種は7種類で、ピットブル、ボーダーコリー、プードルのミックスであった。
    2.3. DNA抽出とイルミナ16S rRNA遺伝子シーケンス
    QIAGEN DNeasy PowerSoil Kit（米国メリーランド州ジャーマンタウン）を用いて、54人のFMTレシピエント（108糞便サンプル）と12人のドナー（22糞便サンプル）の糞便サンプルから全DNAを抽出した。16S rRNA遺伝子（V4）の増幅は、505F/816Rプライマー（Integrated DNA Technologies, Coralville, IA, USA）およびPichlerら2018[28]に概説されているように複数のバーコードを用いたデュアルインデキシングワンステップPCRを用いて達成した。PCRミックスには、0.3～30 ngの鋳型DNA、0.2 mMの各dNTP、0.1 µLのPhusion DNA Polymerase（ThermoFisher, Waltham, MA, USA）、1X HF PCR Buffer、および10 µMの各プライマーを含んだ。PCR産物は、SequalPrep Normalization Kit（Thermo Fisher）を用いて精製し、最終的なライブラリーにプールした。各ライブラリーには、95サンプル（本研究のものすべてではない）と、少なくとも1つの陽性コントロールと1つの「テンプレートなし」コントロールが含まれる。最終ライブラリーの定量には、QUBIT dsDNA high-sensitivity (HS) assay（Thermo Fisher, Waltham, MA, USA）を用いた。これらを1.8 pMに希釈し、Illumina MiniSeqでのペアエンドシーケンス（150 bp）に備えて変性させた。
    2.4. DADA2でのアンプリコン配列処理
    イルミナのプラットフォームから生成された配列は、R（v4.3.0）にインポートされ、Divisive Amplicon Denoising Algorithm（DADA2 v1.14.1）[29,30]を使用して、切り捨て、品質フィルター、重複除去を行いました。エラー率を計算する前に、フォワードリードとリバースリードの両方を145 bpにトリミングした。その後、配列のノイズ除去を行い、アンプリコン配列バリアント（ASV）を推定した。キメラは同定され、その後除去された。処理後、FMTレシピエントからのサンプルは中央値60,145配列、ドナーからのサンプルは中央値66,870配列であった。ASV配列の分類学的アノテーションは、Silva参照データベース（v138）[31,32]を使用し、ブートストラップ信頼性閾値の最小値を80％に設定して行った。Mitochondira、Chloroplasts、またはEukaryaの分類学的ラベルが付けられたASVは、ドメインレベルで分類されていないASVと同様に削除された。ASV数の表、ASVの分類学的割り当てのリスト、およびサンプルのメタデータは統計解析のために保存され、補足資料として利用可能です（表S1、S3、S4）。
    2.5. マイクロバイオームデータの統計解析
    本研究に関するすべての統計解析および図表は、R統計ソフトウエアプログラム（v.4.3.0）を用いて行った。
    マイクロバイオーム組成。マイクロバイオーム構成を可視化するため、FMT前後の細菌属の相対量を積み上げ棒グラフの形でプロットした。平均相対存在量が1.3%を超える細菌属を表示し、その他はすべて「その他」のカテゴリーに分類した。犬の名前は匿名化した。
    LinDA Rパッケージ（v0.1.0）[33]を使用して、細菌属の相対量がFMT前とFMT後のサンプル間で異なるかどうかを検定した。LinDAモデルには、主予測変数としてサンプルタイプ（FMT前 vs. FMT後）を含め、同一個体からの反復測定を考慮するためにランダム効果として犬名を含めた。有病率カットオフは20％、winsorizationカットオフ（分位値）は0.97、p値調整は "FDR "に設定した。結果は、解析で適用されたlog-2変換と一致するようにCLR変換されたカウントを用いた箱ひげ図で可視化された。
    アルファ多様性。アルファ多様性解析のために、まずサンプルを26,000配列にサブサンプリングした（GUniFracパッケージ（v1.7）[34]）。6サンプル（FMT前2サンプル、FMT後4サンプル）はこのカットオフ値よりも配列数が少なかったため、すべてのα多様性解析から除外した。マイクロバイオームのα多様性の3つの指標をphyloseqパッケージv1.44.0 [35]を用いて計算した。その指標とは、Chao 1 Richness、Shannon Diversity、Gini-Simpson Evenness（1-Simpson指数）である。ガウス分布による線形混合効果モデルは、犬のアイデンティティをランダム効果として設定し、FMT前とFMT後のサンプル間でログ化されたChao 1 Richness値が異なるかどうかを検定した。ガンマ分布による一般化線形混合効果モデルは、同じランダム効果を指定して、FMT前とFMT後のサンプル間でシャノン多様性またはジニ-シンプソン均等性が異なるかどうかを検定した。モデル出力は、残差の正規性を確認するために、各分析（qqplotなど）で検査された。
    別の一般化線形モデルのセットは、マイクロバイオームのα多様性の3つの指標と、臨床症状（下痢のみ、嘔吐のみ、嘔吐を伴う下痢、便秘のいずれか）、生食の摂取（Y/N）、キブルの摂取（Y/N）、抗生物質の使用歴（Y/N）、およびボディコンディションスコア（数値）の5つの宿主予測因子と相関させた。これらの線形混合効果モデルはlme4（v1.1-34）[36]を用いて実施した。事後検定は emmeans (v1.8.7) [37] および multcomp (1.4-23) [38] パッケージを用いて実施し、P値はTukeyの方法で調整した。95%信頼区間を伴う推定限界平均値が抽出された。
    ベータ多様性。β多様性分析のために、veganパッケージで3つの非類似性距離を計算した： ASVの有無に基づくJaccard距離、ASVの割合に基づくBray-Curtis距離、CLR変換したASV数に基づくAitchison距離である。これらはPermutational Multivariate Analyses of Variance（PERMANOVA；1000回の並べ替え）の入力となった。1つのPERMANOVAモデルは、糞便微生物群のβ多様性がFMT前とFMT後のサンプル間で異なるかどうかを検定した。もう1つのモデルは、便中マイクロバイオームのβ多様性が、対象とした5つの宿主予測因子と有意に関連しているかどうかを検定した。一対比較（post hoc検定など）は、pairwise Adonisパッケージ（v0.4.1）[39]を用いて実施した。
    ドナー細菌の生着。FMT後検体とその便ドナー間で共通するASVの数（FMT前検体とドナー間で共通するASVを除く）を、ドナー検体中のASVの総数（FMT前検体とドナー間で共通するASVを除く）で割ることにより、細菌生着率を算出した。この割合が高ければ、ドナーのASVのほとんどがFMTレシピエントと共有されていることになる。これを計算するために、まずデータセットにフィルタをかけ、シングルトンおよびダブルトンのASV（データセット全体のリード数の合計が1または2のASV）を除去した。
    一般化線形モデルを用いて、ASV生着率と関連する宿主またはドナーの因子を特定した。あるモデルでは、ASV生着率を臨床症状、生食摂取量、キブル摂取量、抗生物質使用歴、ボディコンディションスコアと回帰した。もう1つのモデルは、これらの同じ生着率をドナーの身元と相関させた。第3のモデルは、ASV生着率をドナーまたはFMTレシピエントのマイクロバイオームα多様性と回帰した。すべての一般化線形モデルは、statsパッケージ（v4.3.0）[29,30]を用いて構築した。
    FMTレシピエントの観点からもASV生着率を調べた。基本的には、ドナーのASVに由来するレシピエントのマイクロバイオーム、FMT前のレシピエントのマイクロバイオーム、最初からドナーとレシピエントの間で共有されていたマイクロバイオーム、または環境/確率的なマイクロバイオーム（例えば、レシピエントまたはドナー由来ではない）を定量化した。生着率が高ければ、レシピエントのマイクロバイオームの大部分にドナー由来のASVが含まれることになる。
    群集生態学では、レシピエントの開始時のマイクロバイオームが、FMT後に定着しうるドナー微生物の種類に影響を与えうることを規定している [40] 。そこで、ドナー由来のASVの総存在量（例えば、それらが構成するマイクロバイオームの割合）と、ドナーのマイクロバイオームとレシピエントのFMT前のマイクロバイオームとの重複度／類似度を比較するために、スピアマン相関を行った。ドナー-レシピエントペア間のマイクロバイオームの類似性は、ASV数に基づくUnifrac距離と、DECIPHER（v2.14.0）[41]およびphangorn（v2.5.5）[42]を用いて作成したASVの系統樹を用いて計算した。

  3. 結果
    3.1. 犬のコホート
    54頭の犬が慢性の下痢、嘔吐、便秘に対してFMT経口カプセルのフルコースを受けた。すべての犬はCEと一致する臨床症状を示したが、正式な診断を受けていなかったか、正式な診断の基準をすべて満たしていなかった。参加者の年齢中央値は5.2歳、ボディコンディションスコア中央値は5（範囲：2-8）であった。約4分の1は22ポンド以下、別の4分の1は40〜60ポンド、残りは60ポンド以上であった（表1）。オス（54％）がメス（46％）よりわずかに多かった。犬種は20種以上で、プードル、ゴールデン・レトリーバー、テリアが多かった（表1）。78％が去勢または避妊手術を受けており、65％が抗生物質の投与歴があった（サンプル採取前の1年以内）。臨床症状については、48％が下痢、30％が下痢を伴う嘔吐、13％が嘔吐のみ、9％が便秘（嘔吐を伴う便秘、嘔吐と下痢を伴う便秘など）であった。
    3.2. FMT前後のイヌ糞便微生物群の構成
    FMT前のレシピエントの糞便マイクロバイオームは、Escherichia（平均相対存在量11.07％）、Bacteroides（9.16％）、Fusobacterium（8.23％）、Streptococcus（6.74％）、Prevotella 9（5.44％）、Blautia（5.55％）が多いという特徴があった。しかし、これらの分類群の相対的な存在量はFMT後に変化した。Streptococcus属やEscherichia属が減少した犬もいれば、Blautia属やFusobacterium属が増加した犬もいた（図1）。しかし、他の犬ではマイクロバイオームの劇的な変化は観察されなかった（図1）。このことは、FMTに対するマイクロバイオームの反応は一様ではなく、個体によって異なることを示唆している。
    Vetsci 11 00042 g001図1. イヌ参加者のサブセットにおけるFMT前後の糞便マイクロバイオーム組成。平均相対存在率が1.3％を超える細菌属のみを示す。一部の配列は属レベルに分類できなかったため、最も低い既知の分類を使用した。全54頭のプロットについては図S1を参照。
    同様のパターンはマイクロバイオームのβ多様性を解析した際にも観察された。順序プロットは、一握りのレシピエントがFMT後にマイクロバイオームが顕著に変化することを示したが（図2A）、他のレシピエントはあまり変化を示さなかった（例えば、FMT前とFMT後のサンプル間の距離はほとんどなかった）。統計解析はこれらの観察を支持し、マイクロバイオームの反応は個体特異的であり、宿主の同一性が変動の69％を占めることを示した（PERMANOVA Jaccard R2 = 0.64, p = 0.009; Bray-Curtis R2 = 0.69, p = 0.0009; Aitchison R2 = 0.67, p = 0.0009）。FMT後に各レシピエントのマイクロバイオームがどの程度変化したかにかかわらず、存在量の差分析により、Butyricicoccus、Faecalibacterium、Fusobacterium、Megamonas、およびSutterellaの相対存在量は、FMT前のサンプルよりもFMT後のサンプルの方が高いことが明らかになった（LinDA p < 0.05、図2B、表S5）。
    Vetsci 11 00042 g002図2. FMT後のマイクロバイオームの違い。(A）FMT前後のFMTレシピエントマイクロバイオームサンプルのPCoAオーディネーション。同じ犬からのサンプルは連結している。(B）FMT後のレシピエントの糞便マイクロバイオームでは、FMT前と比較して5つの細菌属が濃縮されていた（p＜0.05、表S5）。中央対数比変換した相対量を、個々のデータ点の散布図と重ねたバイオリンプロット内のボックスプロットの形で示す。** p < 0.01、* p < 0.05。
    興味深いことに、FMT前の糞便微生物群のα多様性は、FMT後の多様性と差がなかった（Chao 1 Richness LMM β = -0.08 ± 0.05, p = 0.12; Shannon diversity GLMM β = 0.01 ± 0.01, p = 0.33; Gini-Simpson GLMM β = -0.21 ± 0.4, p = 0.59）。
    3.3. マイクロバイオームのαおよびβ多様性に関連する宿主因子
    FMTの前に、イヌの糞便マイクロバイオームは、食事の成分、最近の抗生物質の使用、およびボディコンディションスコアと有意に関連していた（GLM p < 0.05；完全な統計出力は表S6を参照）。ドライフードを摂取している犬は、そうでない犬（平均チャオ1リッチネス88.8）よりも豊富なマイクロバイオーム（平均チャオ1リッチネス104.9）を有していた。同様に、生食を摂取している犬は、そうでない犬（平均チャオ1リッチネス87.04）よりも豊富なマイクロバイオーム（平均チャオ1リッチネス103.6）を有していた（図3A,B）。さらに、過去に抗生物質に暴露されたことのある犬は、最近暴露されたことのない犬（平均シャノン2.4）よりも多様なマイクロバイオーム（平均シャノン2.7）をわずかに有していた（図3C）。最後に、ボディコンディションスコアが高い犬は低い犬よりも多様性が高かった（Gini-Simpson GLM β = 0.016 ± 0.008, p = 0.04）（図3D）。臨床徴候は糞便微生物群の多様性を有意に予測しなかった（p > 0.05、表S6）。FMT後、宿主因子はいずれも糞便中マイクロバイオームα多様性を予測しなかった（表2および表S6）。
    Vetsci 11 00042 g003図3. FMT前の糞便中マイクロバイオームα多様性の宿主予測因子。FMT前のFMTレシピエントのマイクロバイオーム多様性のプロットを、（A）生食摂取（ありvs.なし）、（B）キブル摂取（ありvs.なし）、または（C）抗生物質使用歴で色分けした。これらのプロットでは、箱ひげ図がバイオリンプロットの中にあり、個々のデータ点の散布図が重なっている。** p < 0.01, * p < 0.05 (D) ボディコンディションスコアによるマイクロバイオームの均等性の散布図とライナー回帰直線。関連統計量については表S6を参照のこと。
    表2. FMTレシピエントのマイクロバイオームα多様性解析およびβ多様性解析のまとめ。Xは統計的有意性（a = 0.05）を示す。完全な統計結果については、原稿または補足表を参照のこと。

β多様性については、FMT前のレシピエントの糞便マイクロバイオームは、食事と抗生物質の使用歴によって構造化され（PERMANOVA p < 0.05；図4；表S7）、各因子はマイクロバイオームの変動の3～5％を説明した。具体的には、キブルを食べた犬の糞便マイクロバイオームは、キブルを食べなかった犬のマイクロバイオームとは異なっており、同様のパターンが生食でも観察された（図4A-E；表S7）。存在量の差の検定により、生食を摂取した犬は摂取しなかった犬に比べ、バクテロイデス、コリンセラ、スラキア、フソバクテリウムが豊富であることが明らかになった（図4B；表S8）。キブルフードを摂取していない犬と比較して、キブルフードを摂取している犬で濃度が異なる細菌は同定されなかった。最近抗生物質に暴露されたことのない犬では、抗生物質に暴露されたことのある犬に比べ、アロバクラム、フソバクテリウム、メガノマス、ペプトクロストリジウム、ペプトコッカスが豊富で、代わりにクロストリジオイデスやストレプトコッカスが多かった（図4C,D；表2および表S8）。
Vetsci 11 00042 g004図4. FMT前の便中マイクロバイオームβ多様性と相関する宿主因子。A）生食摂取（Y/N）、（C）抗生物質使用歴（Y/N）、（E）キブル摂取（Y/N）。(B,D) R LinDAパッケージを用いた存在量の差の検定により、どの細菌属が群間で存在量に差があるかを決定した。PERMANOVA統計については表S7を、LinDA統計については表S8を参照のこと。
FMT後、糞便微生物叢のβ多様性はキブル摂取および抗生物質使用歴と有意に関連し（表S7）、各要因は微生物叢の変動の～3％を占めた。存在量の差の検定では、異なるグループ間のマイクロバイオームの違いを説明する細菌属を同定することはできなかった（LinDAの結果は、すべての調整p値＞0.05のため示していない）。
3.4. FMT後の細菌移植
便ドナーのASVの2.63％～62.12％がFMTレシピエントに生着した（平均：18.29％、中央値：15.34％）（図5A；表S9）。すなわち、生着能を有する便ドナーのマイクロバイオームに存在する細菌ASV（33～170 ASV）のうち、平均約18％（1～61 ASV）がFMTレシピエントで生着に成功した（表S9）。これらの割合は、臨床徴候、ドライキブル消費量、生食消費量、抗生物質使用歴、ボディコンディションスコアと有意な関連はなかった（GLM LRT 臨床徴候 χ2 = 0. 13, p = 0.98; 生食 χ2 = 0.91, p = 0.33; ドライフード χ2 = 0.27, p = 0.59; 抗生物質 χ2 = 0.07, p = 0.78; BCS χ2 = 1.34, p = 0.24）。
Vetsci 11 00042 g005図5. FMTレシピエントにおけるドナー細菌の移植。(A）FMTレシピエント全体でのドナー細菌のアンプリコン配列変異体（ASV）の生着率のプロット；100％の生着は、共有できるドナーASVがすべて共有されたことを示す。(B）ASV生着率とドナーのマイクロバイオームα多様性の関係。(C）FMTレシピエントと最も頻繁に共有されたドナーASVの分類学的割り当て。
さらに、ASVの生着率はドナーの同一性によって有意に予測されることはなかった（GLM LRT χ2 = 2.2, p = 0.82）。 82）であったが、ドナーのマイクロバイオームの豊かさとは緩やかな負の相関があった（GLM LRT Chao 1 χ2 = 3.3, p = 0.05; Shannon χ2 = 0.49, p = 0.48; Gini-Simpson χ2 = 0.63, p = 0.42）（図5B）。ASVの生着率は、レシピエントの開始時のマイクロバイオームの多様性とは相関していなかった（GLM LRT Chao 1 χ2 = 0.19, p = 0.65; Shannon χ2 = 0.91, p = 0.34; Gini-Simpson χ2 = 0.29, p = 0.58）。
最も多く生着したASVは、未培養のLachnospiraceaea（生着ASV全体の17.99％）、Lachnoclostridium（6.9％）、未分類のRuminococcaceae（3.8％）、Blautia（3.69％）、Ruminococcus torques（3.69％）、Fusobacterium（2.89％）、Bacteroides（2.76％）に分類された（図5C）。Prevotella 9、Megamonas、Alloprevotellaのような細菌分類群は、あまり生着しなかった（図5C）。
我々はまた、レシピエントの観点からASVの生着についても調べた。ドナー由来のASVで構成されるマイクロバイオームの部分と、レシピエント由来または環境由来のASVで構成される部分を比較した。その結果、FMT前のドナーとレシピエントの間で共有されていたASVがFMT後のマイクロバイオームの大部分（平均46％）を占め、次いでドナー由来のASV（20％）またはレシピエント由来のASV（20％）であった。環境から獲得された（例えば、確率的）ASVはマイクロバイオームの最小の部分（平均で〜13％）を占めた（図6B、表S10）。FMT前は、ドナーとレシピエントの間で共有されるASVがマイクロバイオームの62％を占め、レシピエントに固有のASVは38％であった（図6A、表S10）。したがって、新しいASVがレシピエントに生着すると、もともとドナーとレシピエントの間で共有されていたASV（Wilcoxon順位和検定前 vs 後 W = 2011、p < 0.001）よりも、レシピエント由来のASV（Wilcoxon順位和検定前 vs 後 W = 1864、p < 0.003）の方が大きく減少したように思われた。
Vetsci 11 00042 g006図6. ドナー由来の細菌分類群の導入後のマイクロバイオームの再形成。FMT後にFMTレシピエントに存在する細菌ASVは、ドナー由来であればドナー由来、レシピエント由来であればレシピエント由来、FMT前にドナーとレシピエントの間で共有されていれば常時共有、または環境/確率的に分類した。(A,B）FMTの前後で、これらのASVがマイクロバイオームに占める割合。(C）FMT後のマイクロバイオームにおけるドナー由来のASVの存在量を、FMT前のドナーとレシピエントのマイクロバイオームの類似度に対して回帰したもの。滑らかな曲線が重なっている。
興味深いことに、開始時のマイクロバイオームがドナーと非常に類似していたレシピエントは（重み付けされたユニフラック類似度）、ドナーに類似していないマイクロバイオームを持つレシピエントよりも、ドナーASVで構成されるマイクロバイオームが少ない傾向があった（スピアマン相関r = -0.5、p = 0.0001）（図6C）。
4. 考察
本研究の主な目的は、消化器疾患のために25日間の経口カプセルFMTを受けた犬のコホートのマイクロバイオーム反応を調べることであった。その結果、5つの細菌属（Butyricicoccus、Faecalibacterium、Fusobacterium、Megamonas、Sutterella）の相対量がFMT後に増加した。マイクロバイオームのα-およびβ-多様性は、宿主の食事と最近の抗生物質使用によって最もよく予測され、ボディコンディションスコアによってより小さく予測された。便ドナーのASVの平均18％がFMTレシピエントに移植され、その割合はドナーのマイクロバイオームの多様性と有意に関連していた。最も多く移植された細菌群は、Lachnospiraceaea、Lachnoclostridium、Blautia、Ruminococcus、Fusobacterium、Bacteroidesなどであった。最後に、ドナーのマイクロバイオームとFMTレシピエントのマイクロバイオームが高度に類似していることから、FMT後のレシピエントのマイクロバイオームのうち、ドナー由来の細菌で構成される部分は少ないことがわかった。
4.1. FMT後のイヌ糞便マイクロバイオームの変化
これらの結果から、慢性消化器疾患に対して25日間の経口FMTを受けた犬のマイクロバイオーム組成は、5つの細菌属の相対量の増加を示した： 酪酸菌（Butyricicoccus）、フェカリバクテリウム（Faecalibacterium）、フソバクテリウム（Fusobacterium）、メガモナス（Megamonas）、ステレラ（Sutterella）である。同様に、大腸内視鏡検査でFMTを受けた急性出血性下痢の犬では、30属の細菌の相対量が増加し、その中にはButyricicoccus pullicaecorum、Faecalibacterium prausnitzii、Megamonasが含まれていた[14]。直腸浣腸の形でFMTを摂取した炎症性腸疾患（IBD）の犬9頭でもフソバクテリウムの相対量が増加した [21] 。下痢の犬3頭では、FMTカプセルの経口投与後にF. prausnitziiとBlautia spp.の増加がみられた［43］。興味深いことに、犬におけるFMTの結果としてのSutterellaの増加を報告した他の研究はないが、この細菌属は健常対照と比較してIBD [44]またはSRE [45]の犬のマイクロバイオームではあまり豊富ではない。いくつかの研究によると、Faecalibacterium属とButyricicoccus属もプロバイオティクス投与後にイヌの糞便マイクロバイオームで増加している[46,47]。
Butyricicoccus属、Faecalibacterium属、Fusobacterium属、およびMegamonas属の種は、酪酸、酢酸、またはプロピオン酸のような短鎖脂肪酸（SCFA）［48,49,50］、または乳酸のようなSCFA前駆体の生産者である［51］。このことは、SFCAが腸内恒常性、腸管運動、免疫系の重要な調節因子であり、止瀉作用を有する可能性があることを考えると重要である。これらの腸内常在菌は、糖鎖の生合成と代謝、補酵素とビタミンの代謝、アミノ酸代謝にも関与している可能性がある [47]。
アトピー性皮膚炎 [24]、急性または出血性下痢 [14,52]、慢性腸症 [17,18]のためにFMTを実施したイヌを対象とした過去の研究結果とは対照的である。しかし、これらの研究のサンプルサイズははるかに小さく（1～11頭）、統計学的検定を用いないか、異なる統計学的検定を用い、FMTの他の投与経路（浣腸や内視鏡など）を採用していた。研究集団の異質性も異なる可能性がある。本研究の対象犬は、年齢（1～15歳）、犬種（20種以上）、ボディコンディションスコア（BCS 2～8）、食餌、地理的位置が異なっていた。基礎疾患も多岐にわたり、臨床症状も様々であった。他の研究では、もっと狭い範囲の犬を対象にしていたかもしれない。サンプルプールの異質性も、FMT参加者が示したマイクロバイオーム反応の個体差に寄与している可能性がある。FMT参加者のうち、FMT前とFMT後のマイクロバイオームが同じであった者は2頭もいなかった。同様に、最近発表された猫を対象とした研究でも、経口FMTに対する個体特異的なマイクロバイオーム反応が報告されている[26]。
4.2. マイクロバイオームと宿主因子との関連性
FMT前後のFMTレシピエントの糞便マイクロバイオームは、食餌（キブルおよび／または生食の摂取）、抗生物質の使用歴、およびボディコンディションスコアと有意に関連していた。
宿主の食事が腸内細菌叢組成の強力な決定因子であることは広く知られている。宿主が摂取する食事の多量栄養素と基質は、特定の代謝能力を持つ細菌を直接選択する。犬の食事に含まれる脂肪、繊維、タンパク質の量、消化率、嗜好性はマイクロバイオーム、微生物代謝産物、相互摂食関係などの微生物相互作用に連鎖的な影響を及ぼす。例えば、食物繊維が豊富な（イヌリン）食事は、メガモナス属やラクトバチルス属のマイクロバイオームを豊かにする[53]。高タンパク質（赤肉）食は、フソバクテリウム属、ラクトバチルス属、クロストリジウム属の増殖を促進する。高脂肪食（脂肪分33％）では、クロストリジウムとルミノコッカスが増加する [55]。
本研究では、生食を与えたFMTレシピエントの糞便微生物群は、バクテロイデス、コリンセラ、スラッキア、およびフソバクテリウムに富んでいた。同様に、Biologically Appropriate Raw Food（BARF）食（骨と生肉に野菜、果物、油を加えた食事）を与えている犬は、市販の食事を与えている犬と比較して、フソバクテリウム、バクテロイデス、クロストリジウム・ペルフリンゲンスが多い [56]。また、キブル食から鶏肉と骨からなる食餌に切り替えた犬では、コリンセラ、エンテロコッカス、スラッキア、フェカリタレア、ラクトコッカスの相対量が増加している[57]。
抗生物質がコンパニオンアニマルの糞便微生物群に与える影響は、以前にも報告されている。タイロシン、メトロニダゾール、アモキシシリンなどの広域スペクトル抗生物質は、健康な個体や病気の個体のマイクロバイオーム組成と多様性を迅速かつ大幅に変化させる可能性がある [58,59,60] 。このような影響は長く続くことがあり、抗生物質投与後何年も持続する。本研究では、サンプル採取前の12ヵ月間に抗生物質を服用した犬は、最近抗生物質を服用しなかった犬と比較して、糞便マイクロバイオームが異なっていた。具体的には、抗生物質を摂取していない犬と比較して、アロバクラム、フソバクテリウム、メガモナス、ペプトクロストリジウム、ペプトコッカスが少なく、クロストリジウムとストレプトコッカスが多かった。これは、抗生物質に対する感受性（または耐性）、およびこれらの殺菌性化合物を汲み出したり、不活性化したり、修飾したりする能力の細菌種間の違いによるものと考えられる [61,62,63] 。抗生物質耐性のメカニズムは、クロストリジオイデス（Clostridioides）属やストレプトコッカス（Streptococcus）属で報告されている [64,65,66,67]。例えば、メトロニダゾール耐性C. difficile分離株のゲノムおよびプロテオーム解析から、電子輸送に関与する遺伝子（例えば、glyCやnifJ）の変異が同定され [66,67]、酸化還元電位と抗生物質の侵入効率を変化させた。ペニシリンに対する感受性が低下している連鎖球菌は、ペニシリン結合タンパク質（PBP）をコードする遺伝子に変異を持っている [64,65]。
最後に、FMT前では、ボディコンディションスコアが高い犬の方が痩せ型の犬よりも糞便マイクロバイオームが多様であることがわかった。体調とマイクロバイオームとの関連は、2歳のビーグルのグループでも報告されており[68]、いくつかの研究では、痩せ型と肥満型とのマイクロバイオームの違いが示されている[69,70]。しかし、体調がマイクロバイオームに及ぼす正確な影響については、体調が犬の食事、犬種、ライフスタイル、生活環境、健康状態と絡み合っていることを考えると、明確にすることは難しい。
興味深いことに、FMTレシピエントの糞便マイクロバイオームは臨床症状によって有意に予測されることはなかった。すなわち、下痢の犬は嘔吐や便秘の犬とマイクロバイオームが根本的に異なることはなかった。これは最近発表された、慢性消化器疾患のために経口カプセルFMTを摂取した猫を対象とした研究結果とは対照的である[26]。その研究では、下痢の猫の糞便中マイクロバイオームは、便秘および／または嘔吐の猫の糞便中マイクロバイオームとは異なっていたことが報告されている。これらの違いはFMTの2週間後も持続した。このようなパターンは今回のデータセットでは観察されなかったが、これは食事や抗生物質の使用といった他の要因の影響がより強いためである可能性がある。
4.3. 経口FMTにおける細菌移植の動態
本研究の報告によると、ドナーのASVの平均18％が経口カプセルを介してFMTレシピエントに移植された。これは、同じFMTカプセルを摂取したネコで報告された、ドナーのASVのわずか13％しか移行しなかった割合よりわずかに高い割合であった［26］。同様に、IBSを有するヒトの糞便中マイクロバイオームでは、運用分類単位（OTU）の15％が生着した[71]。再発性Clostridioides difficile感染症（rCDI）に対するFMT治療を受けているヒトでは、ドナー株の合計15％が生着した[27]。あるメタコホート研究では、rCDI、IBS、クローン病、2型糖尿病などの疾患を有するFMT患者において、ドナー菌種の10.8％しか発現しなかったと報告している［72］。これらの生着率は、計算方法が異なる可能性があるため、研究間で直接比較できないことに注意することが重要である。
ASVの生着率は、ドナーの身元やレシピエントの開始時のマイクロバイオームの多様性とは関連がなかったが、ドナーのマイクロバイオームの多様性とは負の関連があった。これは単に、生着率の計算方法の産物である可能性がある。すなわち、同じ生着率を達成するためには、ドナーのマイクロバイオームが豊富なほど、多様性の低いドナーよりも多くのASVを生着させる必要があったのである。
ASVの生着率が、調査した宿主因子（臨床症状、ボディコンディションスコア、抗生物質の使用歴、食事）のいずれとも関連しているという証拠は見つからなかった。これは、抗生物質の前処置がFMT後の細菌生着を有意に減少させたという、IBSのヒトで実施された研究とは対照的である [71]。Podlesnyら[72]はその逆で、様々な疾患や治療背景を持つヒト患者において、抗生物質の前処置が生着率を増加させることを見出した。
興味深いことに、ドナーのマイクロバイオームとレシピエントの開始時のマイクロバイオームとの類似性の程度が、FMT後のイヌのマイクロバイオームにおけるドナーのASVの存在量に影響した。すなわち、ドナーのマイクロバイオームと非常に類似したマイクロバイオームを持つレシピエントでは、ドナーのASVがマイクロバイオームに占める割合は少なかった。これは、ドナー細菌が常在細菌と競合して同じニッチを占有しているためと考えられる。生態学では、これは「優先効果」と呼ばれ、先に到着した（または既に存在している）種が、後から到着した種（この場合はドナー細菌）の資源や環境条件を変化させ、その種が群集に定着する能力に影響を与えることを説明する [73]。ドナーのマイクロバイオームとレシピエントのマイクロバイオームとの重なりが少なければ、移植菌株に対する細菌の競合や阻害のレベルが低下する可能性がある。それにもかかわらず、FMT [74] の種類、FMTの投与量／頻度、宿主の遺伝学、宿主の健康歴など、その他多数の因子もまた、細菌の生着に影響を及ぼすと考えられている。
移植率は細菌種によって一様ではなかった。ドナーは、未培養のLachnospiraceae、Lachnoclostridium、Ruminococcus、Fusobacterium、およびBacteroidesに分類されるASVを共有する傾向があった。バクテロイデスやフソバクテリウムのような特定の細菌分類群は、ドナーのマイクロバイオームに豊富に存在するため、より容易に共有することができる。しかし、Alloprevotella、Prevotella、Megamonasのような他の細菌は、生着が可能であるにもかかわらず、あまり共有されなかった。ドナー菌の代謝の柔軟性や食性の特殊性、抗生物質や二次代謝産物に対する感受性、形態（芽胞形成性、グラム陽性、鞭毛形成性など）などの要因が関与している可能性がある。ドナー細菌とFMTレシピエント内にすでに確立されている微生物群集との相互作用も、どの種類の細菌が生着するかを決定する強力な要因となりうる。
重要なことに、生着したASVは、腸の健康と恒常性維持に重要な機能を果たしていると思われる細菌の属と科に分類された。例えば、Lachnoclostridium属、未培養のLachnospiraceae属、およびBacteroides属は、食餌性炭水化物およびタンパク質の主要な腸内発酵菌であり [75,76,77]、その過程で大腸上皮細胞にエネルギーを供給するSCFAを産生する。Bacteroides属のような移植微生物もまた、粘膜の恒常性の維持や宿主細胞のDNAやタンパク質の安定性に関与するアミンを産生することが知られている [78] 。ルミノコッカス属のようなこれらの細菌の中には、ムチンのような腸内炭水化物を分解するものもあり、これらの細菌と他の腸内細菌の増殖をサポートすることができる［79,80］。これらの微生物が提供するもう一つの重要な機能は、共役胆汁酸（BA）を加水分解して二次BAに変換することであろう。例えば、ラクノクロストリジウム（Lachnoclostridium）に属するゲノムには、BAsをSBAsへと多段階に脱水酸分解するのに必要な遺伝子クラスターが含まれている [81]。二次胆汁酸の濃度がCEを発症した犬では健康な犬と比較して有意に低く [8]、炎症性サイトカインの分泌を抑制するという仮説があることを考えると、このことは重要である。
5. 限界と今後の方向性
本研究には、所見の解釈に影響を及ぼすいくつかの限界がある。第一に、プラセボ対照群を含まなかったため、どのような効果がFMTカプセルに起因するのか、あるいはどのような効果が確率的なものなのか、あるいは本研究では測定していない他の変数に起因するものなのかを正確に説明することができない。第二に、FMT参加者の健康状態が不明であったり、獣医師によって確認されなかったりした。つまり、マイクロバイオームの反応と犬の実際の健康状態との相関をとることができなかったのである。これに関連して、本研究では、参加者の出身地域や生活環境が異なり、多様な食餌、犬種、行動、健康状態、ライフスタイルを持つ、極めて異質な参加者が集まった。我々のデータセットでは不明瞭であったパターンも、より明確な実験グループによって明らかになる可能性がある。最後に、本研究ではマイクロバイオームのプロファイリングに16S rRNA遺伝子のシーケンシングを用いたが、これでは種や株レベルの解像度に限界があり、これらの微生物の機能的能力についての洞察はほとんど得られなかった。今後の研究では、糞便移植後のマイクロバイオームの変化を評価するために、全長16S rRNA遺伝子シーケンス、ショットガン・メタゲノミクス、あるいはメタボロミクスを採用すべきである。特に、株レベルのメタゲノム解析は、ドナーとFMTレシピエントの間で共有される細菌株をより正確かつ特異的に同定することができる。
6. 結論
大規模な犬コホートにおけるFMTに対するマイクロバイオーム反応の詳細な調査は限られている。ここでは、慢性消化器疾患のために経口カプセルFMTを受けた54頭の犬について観察されたマイクロバイオームの変化について報告する。その結果、参加者全体で、FMT後に5つの細菌属の相対量が増加した。FMT前後のマイクロバイオーム組成は、宿主の食事と抗生物質の使用歴によって変化した。最後に、ドナー細菌の移植は、FMT前のドナーのマイクロバイオームとレシピエントのマイクロバイオームの類似性によって影響を受ける可能性が高いことがわかった。今回の知見により、経口カプセルFMTを受けたイヌのマイクロバイオーム応答および細菌の生着動態に影響を及ぼす可能性のある因子についての理解がさらに深まった。
補足資料
https://www.mdpi.com/article/10.3390/vetsci11010042/s1、図S1：54名のFMTレシピエントのFMT前後の糞便マイクロバイオーム組成、表S1：54名のFMTレシピエントおよび12名の便ドナーの糞便サンプルに関連するメタデータ、表S2：FMT便ドナーの特徴、表S3： 細菌ASV量の表；表S4： 表S4：ASV分類の表；表S5：FMT前とFMT後の細菌属の相対量の比較；表S6．糞便微生物群のα多様性と宿主因子との相関を示すGLMM；表S7．表S7：糞便微生物群のβ多様性と宿主因子の相関を示すPERMANOVAモデル；表S8：存在量の差の検定：生食を与えた犬と与えなかった犬の糞便微生物群、およびAbx曝露歴のある犬とない犬の糞便微生物群；表S9：FMT後のドナー細菌の移植；表S10：ドナー由来のASVで構成されるレシピエントの微生物群の割合。
著者貢献
構想、H.H.G.、A.M.およびJ.K.J.；方法論、H.H.G.、C.A.R.、Z.E、 J.K.J.およびG.J.、ソフトウェア、C.A.R.およびG.J.、検証、C.A.R.およびG.J.、形式分析、C.A.R.およびH.H.G.、調査、C.A.R.およびH.H.G.、リソース、H.H.G.、データキュレーション、Z.E.、A.M.、G.J、 執筆-原案作成、C.A.R.、執筆-校閲・編集、全著者、視覚化、C.A.R.、監督、H.H.G.およびC.A.R.、プロジェクト管理、H.H.G.、資金獲得、H.H.G.。
資金提供
本研究はAnimalBiomeの支援を受けた。
施設審査委員会声明
本研究は、AnimalBiomeのInstitutional Animal Care and Use Committee（2017AMA001）の承認を得た。
インフォームド・コンセント
サンプル採取または糞便サンプル投与に先立ち、犬の飼い主に研究の説明を行い、インフォームドコンセントを得た。飼い主は試験に参加する前に獣医師に相談するよう助言され、いつでも試験およびカプセルを放棄できることを知らされた。
データ利用声明
本研究に含まれる糞便サンプルのイルミナ16S rRNA遺伝子配列へのアクセスについては、対応する著者までEメールでお問い合わせください。ASV数、ASV分類ラベル、およびサンプルのメタデータを含む表は、本論文からアクセス可能である（補足資料参照）。
謝辞
本研究に参加していただいたすべての犬の飼い主とFMT受診者に感謝する。また、本研究を可能にした日頃の貢献に対して、特にイヌのドナーであるArrow、Charlie、Darwin、Joe、Juice、Koda、Maple、Murphy、Rhea、Spice、Vienna、Zhanumとその家族に感謝したい。原稿に丁寧なフィードバックを与えてくれたBrian Parkに感謝の意を表する。
利益相反
C.A.R.、Z.E.、J.K.J.、G.J.、A.M.およびH.H.G.は、コンパニオンアニマルにマイクロバイオーム検査サービスを提供し、動物用イヌ・ネコ便バンクを管理する民間企業AnimalBiome社に勤務している。
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Rojas,C.A.、Entrolezo,Z.、Jarett,J.K.、Jospin,G.、Martin,A.、Ganz,H.H. 飼育犬のコホートにおける経口糞便微生物叢移植に対するマイクロバイオームの反応。Vet. Sci. 2024, 11, 42. https://doi.org/10.3390/vetsci11010042

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Rojas CA, Entrolezo Z, Jarett JK, Jospin G, Martin A, Ganz HH. 家畜犬のコホートにおける経口糞便微生物叢移植に対するマイクロバイオームの反応。獣医科学。2024; 11(1):42. https://doi.org/10.3390/vetsci11010042

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Rojas, Connie A., Zhandra Entrolezo, Jessica K. Jarett, Guillaume Jospin, Alex Martin, and Holly H. Ganz. 2024. "Microbiome Responses to Oral Fecal Microbiota Transplantation in a Cohort of Domestic Dogs" Veterinary Sciences 11, no. 1: 42. https://doi.org/10.3390/vetsci11010042.

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