ヒト腸内細菌叢のHealth-Associated Core Keystone（HACK）指標に向けて

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ヒト腸内細菌叢のHealth-Associated Core Keystone（HACK）指標に向けて
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.05.27.596018v1

Abhishek Goel, View ORCID ProfileOmprakash Shete, View ORCID ProfileSourav Goswami, Amit Samal, Lavanya CB, View ORCID ProfileSaurabh Kedia, View ORCID ProfileVineet Ahuja, View ORCID ProfileFergus Shanahan, Paul O'Toole, View ORCID ProfileTarini Shankar Ghosh
doi: https://doi.org/10.1101/2024.05.27.596018
この論文はプレプリントであり、査読認証を受けていません。
00010014
アブストラクト情報/ヒストリーメトリクス プレビューPDF
要旨
正常な腸内細菌叢における変異と、文脈依存的な疾患との関連性の存在が、健康のマイクロバイオームマーカーの同定を困難にしてきた。宿主の健康状態やマイクロバイオームの回復力との関連性に基づいて分類群の信頼性の高いインデックスを作成することで、生きたバイオ治療薬の選択など、マイクロバイオームに基づく治療法の開発が加速し、多様な研究集団におけるマイクロバイオーム比較が容易になる可能性がある。ここではまず、42カ国、28疾患にわたる127の研究（9,434の縦断的サンプルを含む）から、公開されている成人（18歳以上）腸内細菌叢39,926の探索コホートを用いて、健康とマイクロバイオームレジリエンスの3つの特徴的特性、すなわち非疾患者における有病率／コミュニティ影響力、縦断的安定性、宿主の健康との関連について196分類群を調査した。我々は、3つの特性すべてにおいて関連強度が上位30パーセンタイルにある18の種-レベル-タクサ（Health-Associated Core Keystones（HACKs）と呼ばれる）を同定した。これらの関連強度をHACK-indexという1つの値に統合し、マイクロバイオームの安定性と宿主の健康への貢献度に基づいて分類群をランク付けした。そして、4,500の腸内細菌叢（様々な人口統計学や疾患を含む11の研究から得られた）からなる検証コホートを用いて、3つの性質と分類群との関連について、これらのインデックスの再現性を実証した。また、HACK-indexの高い分類群の特定のコンソーシアムは、地中海食介入や免疫チェックポイント阻害療法に対するポジティブな反応とも関連している。我々は最終的に、高いHACK-指標／HACK-分類群に関連する特徴的な微生物ゲノム機能を同定し、健康増進のマイクロバイオームエフェクターを同定するために、標的を絞ったメカニズム研究を用いて調査することができる。HACK-indicesの利用可能性はマイクロバイオーム比較の合理的根拠を提供し、マイクロバイオームに基づく治療薬の選択と設計を促進する。

利益相反声明
PWOTはThe Weston Family FoundationおよびUS Highbush Blueberry Councilの研究提案審査員およびアドバイザーである。その他の著者は、利害関係を明らかにしていない。

著作権 本プレプリントの著作権者は著者／資金提供者であり、bioRxivに本プレプリントを永続的に表示するライセンスを許諾している。CC-BY-NC-ND 4.0国際ライセンスの下で利用可能です。
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2024年5月27日掲載
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• bioRxiv の臨床研究パイロットプロジェクトが終了し、健康科学専用サーバー medRxiv (submit.medrxiv.org)が開設されたことに伴い、Clinical Trials と Epidemiology のサブジェクトカテゴリーは新規投稿を締め切りました。臨床試験の結果を報告する新規論文は、medRxivへの投稿が必須となりました。ほとんどの疫学論文もmedRxivに投稿されるべきですが、もし論文に健康に関する情報が含まれていない場合、著者は他のbioRxivの主題カテゴリー（例えば、遺伝学や微生物学）に投稿することもできます。

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