食事・薬物・宿主関連因子に対する腸内細菌叢の応答を評価するための柔軟なハイスループット培養プロトコール

食事・薬物・宿主関連因子に対する腸内細菌叢の応答を評価するための柔軟なハイスループット培養プロトコール

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.07.11.548549v1

ジャニーナ・N. Zund、Serafina Pluss、Denisa Mujezinovic、Carmen Menzi、Philipp R. von Bieberstein、Tomas de Wouters、Christophe Lacroix、Gabriel E. Leventhal、Benoit Pugin
doi: https://doi.org/10.1101/2023.07.11.548549
この論文はプレプリントであり、査読認証を受けていません。
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概要
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要旨
糞便微生物叢の嫌気培養は、腸内微生物群集が特定の腸内条件や摂動（腸内生理の変化、食事、薬剤など）にどのように応答するかを調べるための有望なアプローチである。ここでは、便由来の腸内細菌叢を培養するための96ディープウェルプレートを用いたシンプルなハイスループットプロトコルについて述べる。我々のプロトコールは、嫌気チャンバー内でのハイスループット培養における主要な課題に対処している。これには、培地の化学的性質に対する気相の影響の徹底的な評価、複数の条件を並行して試験できるモジュール式培地調製プロセス、便培養物とドナー微生物叢の組成的類似性を最大化するための培地配合設計、材料調製から分析のためのサンプル処理までのすべての実際的手順を詳述したステップバイステップのプロトコールの作成などが含まれる。最後に、培養した糞便微生物叢が、in vivoで報告された食物繊維（レジスタントデキストリン、可溶性デンプン）および薬剤（シプロフロキサシン、5-フルオロウラシル）に同様に反応することを証明することにより、培養プロトコルを検証した。この簡便なハイスループット培養プロトコールは、培養に依存した研究を促進し、腸内細菌叢と食事・薬物・宿主の相互作用の発見を加速し、個別化された微生物叢中心の介入への道を開く可能性を秘めている。
利益相反声明
著者CM、PB、TWおよびGLはPharmaBiome AGの社員である、または社員であった。TWとCLはPharmaBiome AGの創設者である。残りの著者は、潜在的な利益相反と解釈され得る商業的または金銭的関係がない中で研究が行われたことを宣言する。
著作権
本プレプリントの著作権者は著者/資金提供者であり、bioRxivに本プレプリントの永続的な表示ライセンスを許諾している。CC-BY-NC-ND 4.0国際ライセンスの下で利用可能です。
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2023年7月11日掲載
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主題領域
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