初心者の菌叢解析 Qiime2で解析(2) PICRUSt2のインストール編
はじめに
2019年から始まった某ウイルス禍もワクチンのせいか驚異的な抑制を見せている2021年10月末日です。
今週末には友人の結婚式がありまして、これまで他の結婚式には欠席かオンライン参加をしてきたのですが、久々に人の集まりに行ってみようという勇気が湧いてきています。
先日Qiime2をインストールしまして、本日はそのままPICRUSt2をインストールしようと思います。
興味のある方は前回記事もご確認ください。
PICRUSt2とは
PICRUSt2は次世代シーケンスで得られた16S rRNAのデータから、菌叢の遺伝子機能を予測するツールです。元々使用されていたPICRUStのVersion2的な感じです。
例えば、菌叢解析を行い、2人の腸内細菌叢が大きく変化していたとします。片方ではAという細菌が増えていて、もう片方ではBという細菌が増えていた場合、菌叢が大きく変化したような感じがします。しかし、AとBの細菌が同じような遺伝子をゲノム上に保有していた場合、それぞれの細菌が腸内で行っている働きには差が無いことになります。
こういうことはあまりないのですが、16S rRNAから得られたデータを菌種（細菌群）として解析するのではなく、どのような遺伝子群かとして見分けるためのツールがPICRUStとなります。
菌叢の「菌種」だけで無く、菌叢の「機能」というような見方をすることで、別の切り口から解析が出来るのではないかと思います。Figureも増えます（多分）。
PICRUSt2のインストール
まずはターミナルを起動し、以下のコマンドでQiime2環境を立ち上げます。
conda activate qiime2-2021.2次に、以下を打ち込みPICRUSt2をインストールします（時間かかります）。
conda install q2-picrust2=2021.2 -c conda-forge -c bioconda -c gavinmdouglas 以下の様な確認が出てきますので、半角yをタイプしEnterキーを押します。
Proceed ([y]/n)? y
インストールが終わったら、以下のコマンドを打ち込みます。
qiime --help以下の様な返答が得られ、PICRUSt2のインストールが確認できます。
インストールが出来ていないとpicrust2のコマンドが表示されません。
インストール出来ないとき
コマンドが出てこないときはQiime2のバージョンを確認して下さい。
PICRUSt2のインストールが可能なQiime2のバージョンは「2021.2」です。2021年10月現在の最新バージョンは「2021.8」でした。
将来的にどうなっていくのかは分かりませんが、version 2021.2のQiime2でないとインストールされなかった経験があります。
参照
インストールは以下を参照して実施しております。
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