R言語はじめました-2x2群グラフの書き方

ノンパラメトリックの4群比較をした場合、グラフは複雑になります。近年はデータの個別データを箱ひげ図に重ねることを論文投稿で求められることも多いことから、箱ひげ＋ドットプロットでのデータ開示が必要となります。今回はノンパラ検定の箱ひげ＋ドットプロットの作図をRで簡易的に作成できるようにすること、2×2群の4群における作図を目指します。

①通常通りパッケージbeeswarmを読み込みます

➁データの読み込みまたは打ち込みます。今回はa,b,c,d群の4つの群を作成してみます。

a<-c(5.3,5,5.7,5.7,5,3.7)
b<-c(2,2.3,1.7,0.7,2,3)
c<-c(3.7,2.3,4.7,4.7,3.7,3.7)
d<-c(2.3,2,1,0.7,1.3,2.3)

③箱ひげ図のコードを入力します。

boxplot(a,b,c,d)

これでは論文に掲載できるような図表ではありません。味気ないので、色をつけてみます。

boxplot(a,b,c,d,xlab="group",ylab="Osteopytes score",col=c("salmon","skyblue","salmon","skyblue"))

色がついた時点で2x2群における2は完成です。色を変更したい場合は、col=c("salmon","skyblue","salmon","skyblue")を変更することで対応できます。

続いてはドットプロットの形で更に2群を作成していきます。下に示すどちらかのコードを入力するだけで完成します。

beeswarm(list(a,b,c,d),pch = 16, method = "swarm", add = TRUE)

beeswarm(list(a,b,c,d),pch=c(16,16,17,17), method="center", add = TRUE)

すぐにわかるように下のコードが正解となり、2x2群の作図が完成します。

あとは、Rでも、KEYNOTEでも、PowerPointを利用して、図表を整えるだけで完成です。