複雑な分子構造の描写における基礎的なコツとテクニック
1.こんなお悩みありませんか？
過去の記事では、「分子構造から溶解度パラメータを推定」する機能の使い方を説明しました。ここでは、分子構造を１つ１つ記載するのですが、複雑な分子構造の場合、描写が面倒で時間が掛かると思ったことはありませんか？
本記事では、そういう少しの時間も無駄にしたくない方向けに、簡単に分子構造を記載する小ワザを紹介します。小ワザも駆使しながら、少しでも本サービスを有効に活用していただけたらと思います。
2. 分子構造から溶解度パラメータ推定
本記事ではトップページから、「物質カテゴリの選択（有機小分子）」→「溶解度パラメータの計算（左側）」→「分子構造から推定（左側）」とクリックした状態から説明します。今回は具体的に、図１に記載するような、比較的複雑な分子構造を有する化合物を描写することを想定して、説明します。
過去の記事では、構造式もしくはSmilesのどちらかで記述できるとお伝えしていますが、この小ワザはSmilesを使った方法になります。Smilesについての記事はこちらをご覧ください。
(A) 部分構造を特定
この小ワザの第１ステップは部分構造を決めることです。ここは多少、化学的な知見が必要になるかと思いますが、図１の構造は良く見ると図２に示すようなフタロシアニンの構造と、かなり類似していることが分かるかと思います。このように複雑な分子構造を持つ分子については、その大部分を成す分子構造を特定してみてください。
(B) 部分構造のSMILESを入力
上記で特定した部分構造について、化学物質データベースよりSmilesの構造を検索してください。フタロシアニンくらいの有名な分子であれば、WikipediaでもSmilesを見つけることが出来ると思います。そして、得られたSmilesを入力すると図3に示すように、分子構造も反映されています。
(C) 分子構造の編集
次に、画面上部の「分子構造」ボタンをクリックし、入力モードをSMILESから分子構造に切り替えたのち、分子構造を修正することが出来ます。これで図1に記載した目的化合物の分子構造の描写が完了です。
3. まずはやってみよう。
いかがでしたか？本記事では、「SoluVision」の分子構造を描写する際に、パッと書けるような小ワザを紹介しました。この方法だと時間短縮が可能なだけでなく、分子構造の描写ミスを最小化することが出来ますよ。
「SoluVision」の他機能について、もっと知りたい方は、Noteマガジンにて、スタートガイドを整備しています。そちらを読むと、より詳細で具体的な使用方法がわかると思います。
4. サービス情報はこちら
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