メインとなる屋内展示施設「ジブリの大倉庫」(0・8ヘクタール)の大人料金が最も高く、平日2000円、休日2500円。料金設定の参考とした「三鷹の森ジブリ美術館」(東京都三鷹市)では、展示面積が約4分の1で、大人・大学生1000円、中学生・高校生700円となっている。
他の2エリア「青春の丘」(0・8ヘクタール)「どんどこ森」(1・8ヘクタール)は休日料金の設定はなく、大人1000円、子ども500円。
日時指定の予約制としたのは、入園者に安全、快適に「ジブリの世界観」を楽しんでもらうのが目的。1日の販売数は「ジブリの大倉庫」で平日3500枚、休日4000枚に制限される。「青春の丘」「どんどこ森」では650~900枚に抑えられる。予約多数の場合は抽選となる。
各エリアで細かく受け入れ人数を決めているため、3エリア共通のセット券の販売はしない。