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PhD @Univ. Tokyo (Kashiwa, Japan) -> pos…

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PhD @Univ. Tokyo (Kashiwa, Japan) -> postdoc @Johns Hopkins (Baltimore, USA)

グラフ、統計解析関係

https://huygens.science.uva.nl/PlotsOfData/

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    • プレゼンテーションの準備に使える website など

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      • 顕微鏡、イメージング

        位相差と微分干渉の違いhttps://www.microscopyu.com/tutorials/comparison-of-phase-contrast-and-dic-microscopy

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        • Pymol

          Creating Movies with PyMOL https://people.chem.ucsb.edu/kahn/kalju/CSUPERB/public/pymol_movies.html Fetch https://pymolwiki.org/index.php/Fetch fetch 1URU VI from Terminal pwdcd Desktopvi 1uru.pdb

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        グラフ、統計解析関係

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          UCSF Chimera

          UCSF Chimera入門 https://yubais.net/doc/chimera/# Commands http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/framecommand.html Colors http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide/colortables.html http://jmol.sourceforge.net/jscolors/#Jmol%

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          UCSF Chimera

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          実験関係 website など

          [タンパク質、生化学] ホフマイスター系列、バッファー pKa https://www.gelifesciences.co.jp/technologies/protein_preparation/chapter2_4.html Buffer Reference Center https://www.sigmaaldrich.com/life-science/core-bioreagents/biological-buffers/learning-center/buffer-

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          実験関係 website など

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          2θで見込む部分の球の表面積の計算

          ジャイアントユニラメラベシクル（GUV）などの球体の表面で分子が拡散する場合、どれくらい広がって見えるのか、面積と角度の関係を知りたかったので高校数学に戻って計算。 面積と角度の関係は、下のような感じで S = 2πR^2(1-cosθ) 。 拡散は2次元の拡散で、<x^2> = 4Dt で、拡散定数がだいたいわかれば、一定の時間の間にでどれくらいの面積に広がっていって、それがどれくらいの角度で広がって見えるのか、おおよその見当がつけられそう。 以下、球の一部の表面積を角

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          2θで見込む部分の球の表面積の計算

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          Quantification of Puncta (Clustering)

          How to quantify puncta formation in live cell imaging. Method #1: Standard Deviation Current colleague Abhi's method described in Fig S13 of the following paper. https://www.nature.com/articles/ncomms15831 This method is based on the fact

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          Quantification of Puncta (Clustering)

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          R で動くグラフ（GIFアニメ）を作る

          xy の2次元でプロットしたデータが、経時的にどう変化するのかを可視化するための、グラフの作成。 R から、GIF を作成する機能を使って、アニメーションを作る。 たとえば、ノイズのあるようなデータだと、こんな感じ。 きれいなサインカーブだと、こんな感じ。 R での GIF アニメーションを作成できるようにするため、まず、R で animation パッケージをインストール。 install.packages("animation") 以下、R でのデータ入力とアニ

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          R で動くグラフ（GIFアニメ）を作る

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          タンパク質の解析に使える website など

          Clustal Omega アミノ酸配列のホモロジー比較から、系統樹の作成まで。 https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/ Box Shade Clustal Omega, Clustal W 等で得たホモロジー比較の結果を .ps 形式等々で出力。 https://embnet.vital-it.ch/software/BOX_form.html Eukaryotic Linear Motif (ELM) resource アミ

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          タンパク質の解析に使える website など

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          蛍光タンパク質、蛍光色素関係の website など

          蛍光タンパク質一覧 Fluorescent protein properties Photoswitchable Fluorescent Protein Properties 励起波長、蛍光波長、量子収率、etc でグラフが作れる他、原著論文の引用つきで一覧になっていてすごく便利。 Fluorescence SpectraViewer (ThermoFisher) 色素や蛍光タンパク質を指定して、励起と蛍光のスペクトルを表示できるサイト。 Spectrumviewe

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          蛍光タンパク質、蛍光色素関係の website など

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          total sec から min:sec に変換するエクセルシート

          ライブセルイメージングなどから得られる経過時間（total 〇〇 秒など）を "分:秒" などのフォーマットに直すエクセルシート。 total の秒から、分と秒の単位の数値を計算して、IF 文で桁合わせのゼロを作って、CONCATENATE 関数で文字列を統合。 タイムスタンプを作る ImageJ macro で使用。 下記関数の組み合わせ。 ・INT()：整数部分を返す関数 ・LEN()：文字列の長さを返す関数（桁数を調べるのに使用） ・IF() ・""：ブランクの文字列

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          total sec から min:sec に変換するエクセルシート

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          ImageJ macro, タイムスタンプ

          画像 stack に対して、時間情報のタイムスタンプをつけていくマクロ。 ImageJ plugin で TimeStamper (https://imagej.net/Time_Stamper) があるみたいだったけど、一定の interval でしかできなさそうで、イメージング中 pause が入ったりして時間がずれたりしたときまでは対応していなさそうだったので。 また、顕微鏡のソフトウェアがメーカーごとにいろいろあるので、それぞれでのタイムスタンプのつけ方をきちんと調べ

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          ImageJ macro, タイムスタンプ

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