コヴナントの盟主であるサンシューム族、その最高指導者にして実質的にコヴナントの教祖である〈預言者〉達は、この真実に早い段階で気づいており、放置しておけば自分たちの権威が脅かされるどころかコヴナントが崩壊すると捉え人類に「異端者」のレッテルを貼って抹殺しようと考えたのだ。

コヴナントの教儀を馬鹿正直に解釈するなら、フォアランナーは神様でその神様から文明や銀河の守護者としての使命を受け継いだと言われる人類、そしてそこから生まれた魔法少女こそが神の後継者と言うことになる。

フォアランナーたちは人類のDNAを操作し強制的に進化を促した。人類がやがて進化をとげ、自分たちが手にすることができなかった魔法の力を使えるようになり、自分たちの残した高度な科学技術の遺産や自分たちが担ってきた銀河の守護者としての使命を受け継いでくれると信じて。

しかし、フォアランナーは、知的生命体の体を乗っ取り増殖する凶悪な寄生生物フラットの侵略を受けて自滅寸前になってしまう。しかしこの時偶然にも人類を発見、キュゥべぇから彼らはいずれ進化し魔法に適合した個体を生む可能性があると言われ。

その最中、フォアランナーは知的生命体の体を乗っ取り増殖する凶悪な寄生生物フラッドの侵略を受け絶滅寸前になる。

より強大な力と更なる知識を求めたフォアランナーは、インキュベーターとも遭遇していて彼らから、知的生命体の感情や精神力をもとに奇跡を起こす〈魔法環の力について知らされる。しかし精神構造の問題からフォアランナーには使えなかったためこの力に適合した知的生命体を探した。

人類を抹殺しようとしていたその宇宙人連合軍〈コヴナント〉は、もともと10万年以上前に、強大な軍事力と高度な科学力で銀河を支配していた別の宇宙人〈フォアランナー〉を神として崇拝する宗教団体だった。

このフォアランナーという種族、実はキュゥべぇとも知り合い。さらなる力と知識を求めたフォアランナーはキュゥべぇ＝インキュベーターとも接触し、そして知的生命体の感情と精神を元に物理法則すら無視した奇跡を可能にする〈魔法〉という力を知った。

これがきっかけで宇宙人の連合軍がなぜ人間を滅ぼそうとしているのか、そして彼らの最終的な目的が判明する。 異星人の連合軍――コヴナントは元々10万年前に優れた科学力と軍事力で銀河を支配していたエイリアン〈フォアランナー〉を崇拝する宗教団体だった。

コヴナントは人類との接触前からこのリング状の人工惑星を探しており、さらなる調査の結果、このリングを作った者たちの正体や、その目的、コヴナントが何故人類を滅ぼそうとしているのかといったこの戦争の行く末と人類だけではなく銀河全体の未来を左右しかねない謎が明らかになっていく。

そうして偶然たどり着いた未知の星系で巨大なリング状の人工惑星を発見する直後に追って来たコヴナント艦隊の攻撃を受けて、オータムは大破。そのリング状惑星に墜落してしまう。生き残った乗員たちはコヴナントへの抵抗を続け、その過程でこのリングがHALOと呼ばれる兵器であることを知る。

人類の劣勢は変わらず、地球への最終防衛ラインである惑星リーチも陥落。リーチ陥落直前、スパルタンの数少ない生き残りを乗せた宇宙戦艦オータムぎりぎりで脱出。地球の場所を知られないように航法装置にでたらめな座標を入力してワープした。

人類が様々な惑星に植民地を築いていた未来。なぜか人類を皆殺しにしようとする宇宙人連合軍〈コヴナント〉の侵略を受けて人類が絶滅寸前になる。改造手術で肉体を強化した超人兵士からなる特殊部隊スパルタンが実戦に投入され戦果を挙げたがほとんどは死んでしまった。