VirPipe: an easy and robust pipeline for detecting customized viral genomes obtained by Nanopore sequencing

VirPipe: an easy and robust pipeline for detecting customized viral genomes obtained by Nanopore sequencing

ナノポアシーケンスによるウイルスゲノムの検出・解析は、病原体の発生監視に大きな期待が寄せられています。しかし、Nanoporeシーケンサーをサポートするウイルス検出パイプラインは非常に限られています。ここでは、NanoporeまたはIlluminaシーケンス入力からウイルスゲノムを検出するための新しいパイプラインであるVirPipeを紹介し、合理的なインストールとカスタマイズを特徴としています。

利用可能性

VirPipeのソースコードとドキュメントは、https://github.com/KijinKims/VirPipe、自由にダウンロードできます。PythonとNextflowで実装されています。