Assessing the Performance of Docking, FEP, and MM/GBSA Methods on a Series of KLK6 Inhibitors

Assessing the Performance of Docking, FEP, and MM/GBSA Methods on a Series of KLK6 Inhibitors

カリクレイン6（KLK6）は、神経疾患や様々な癌の治療において魅力的な創薬ターゲットである。ここでは、一連のKLK6阻害剤の結合自由エネルギー（ΔGbind）を予測するために、さまざまな計算手法やプロトコルの精度と効率について検討した。その結果、各手法の性能は、テストした系によって大きく異なることがわかった。3つのKLK6データセットのうち1つだけ、ドッキングスコアはΔGbindの実験値とよく一致した（R2≥0.5）。同様の結果は、単一の最小化構造に基づくMM/GBSA計算でも得られた。自由エネルギー摂動（FEP）法では、結合親和性予測が改善され、全体のMUEとRMSEはそれぞれ0.53と0.68 kcal/molであった。この結果は、FEPがKLK6阻害剤の構造に基づく最適化のための有望なツールになり得ることを示しています。