The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis

The scverse project provides a computational ecosystem for single-cell omics data analysis - Nature Biotechnology

シングルセルオミックス技術は、組織や生物種を超えた包括的な細胞アトラスの作成を可能にし、発生、恒常性、疾患の基礎となる生物学的メカニズムに関する重要な知見を提供しました。このような洞察を得るには、数多くの計算ツールやデータ構造の開発が必要でした1。しかし、ツールの爆発的な普及に伴い、データ形式、アプリケーションプログラミングインターフェース（API）、ユーザーインターフェースに互換性がなくなり、ツールのユーザーと開発者の双方に大きな課題をもたらしています。ここでは、単一細胞プロファイリングデータの保存と解析のニーズに対応するための複数機関のオープンソースソフトウェアプロジェクトであるscverse (https://scverse.org)を紹介します。Scverseは、ツールや解析者を強固なコミュニティにまとめることで、Pythonによるオミックス解析のエコシステムをサポートすることに貢献します。持続可能なソリューションを提供するため、scverseは相互運用可能なデータフォーマットやコミュニティ構造など、メンテナンスの行き届いたコア機能を提供します。Scverseは、scanpy2、scvi-tools3、muon4など、Pythonシングルセル解析エコシステムで最も人気のあるツールの開発者によって始められたオープンコミュニティで、組織、器官、生物のシングルセル参照アトラスの構築に成功した多くの下流手法で使用されています5。