Cheminformatics Microservice: unifying access to open cheminformatics toolkits

Cheminformatics Microservice: unifying access to open cheminformatics toolkits

近年の化学情報学は、様々な化学情報学プログラミングツールキットに基づく新しいオープンソースソフトウェアツールの開発を通じて、著しい進展を遂げています。しかし、これらのツールキットの導入は、適切なインストール、設定、デプロイメント、互換性管理などの課題があります。本研究では、Cheminformatics Microserviceを提供します。このオープンソースソリューションは、RDKit、Chemistry Development Kit（CDK）、Open Babelなどの複数の化学情報学ツールキットの一般的に使用される機能への統一されたインターフェースを提供します。さらに、既存のツールに基づいて構造生成や光学化学構造認識（OCSR）などの高度な機能がCheminformatics Microserviceを通じて利用可能になります。さらに、このソフトウェアサービスは、開発者が機能を簡単に拡張し、既存のワークフローとアプリケーションにシームレスに統合することを可能にします。FastAPIに基づきDockerでコンテナ化されているため、非常にスケーラブルです。マイクロサービスのインスタンスはhttps://api.naturalproducts.netで公開されており、ソースコードはGitHubで公開されており、包括的なドキュメンテーション、バージョン管理、継続的インテグレーションおよびデプロイメントワークフローが伴います。全てのリソースは以下のリンクで見つけることができます： https://github.com/Steinbeck-Lab/cheminformatics-microservice。

**Q1. 本研究の学術的背景，研究課題の核心をなす学術的「問い」は？**
近年の化学情報学は新しいオープンソースソフトウェアツールの開発により大きな進歩を遂げていますが、これらのツールキットの導入には、適切なインストール、設定、デプロイメント、互換性管理といった課題があります。これらの課題を解消すべく、一体化されたインターフェースが求められています。

**Q2. 本研究の目的及び学術的独自性と創造性は？**
この研究は、開発者が簡単に機能を追加し、既存のワークフローとアプリケーションにシームレスに統合できるようにする、Cheminformatics Microserviceという新しいソリューションを開発することを目指します。学術的な独自性と創造性は、複数の化学情報学ツールキットの機能への統一されたアクセスを可能にするという点にあります。

**Q3. 本研究の着想に至った経緯や，関連する国内外の研究動向と本研究の位置づけは？**
化学情報学の発展に伴い、新しいツールの導入が求められる一方で、それらの管理と統合が課題とされていました。本研究では、これらの課題を解決するための新たなソリューションであるCheminformatics Microserviceを開発し、化学情報学の一部として位置づけています。

**Q4. 本研究で何をどのように，どこまで明らかにした？**
本研究では、Cheminformatics Microserviceという新たなソフトウェアサービスを開発しました。このサービスは、RDKit、CDK、Open Babelなどの様々な化学情報学ツールキットの機能への統一されたインターフェースを提供します。開発者はこのサービスを使用して機能を追加し、既存のワークフローとアプリケーションにシームレスに統合することが可能です。

**Q5. 本研究の有効性はどのように検証した？**
本研究では具体的な有効性の検証は述べられていませんが、ツールの構築と公開、ドキュメンテーションの提供が行われています。その有効性は、ユーザーによるフィードバックや利用状況から評価される可能性があります。