PhyloMed: a phylogeny-based test of mediation effect in microbiome
配列決定実験から得られたマイクロバイオームデータには、多数の微生物分類群の相対量が含まれており、それらの進化的関係が系統樹で表現されています。マイクロバイオームメディエーターの構成的かつ高次元の性質は、標準的なメディエーション解析の妥当性に疑問を投げかける。我々はこの課題に対処するために、PhyloMedと呼ばれる系統樹に基づくメディエーション解析手法を提案する。個々のメディエーター分類群を直接同定する既存の手法とは異なり、PhyloMedは系統樹上に定義されたサブコンポジションを分析することによってメディエーターシグナルを発見する。PhyloMedは、よく較正された調停テストのp-値を生成し、既存の方法よりも実質的に高い発見力をもたらす。
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