An integrated tumor, immune and microbiome atlas of colon cancer

An integrated tumor, immune and microbiome atlas of colon cancer - Nature Medicine

1. 本研究の学術的背景，研究課題の核心をなす学術的「問い」は？
→ 多オミックスが含まれたがんのデータセットの欠如により、臨床的結果に関する正確なバイオマーカーの特定が妨げられています。本研究の問題は、消化管の癌を対象に、健康な組織と比較することで、腫瘍のRNA、全エクソーム、T細胞レセプター、および16SバクテリアrRNAジーンシーケンシングに加えて、遺伝子組み換えを行い、その影響をより詳しく調べることです。

2. 本研究の目的及び学術的独自性と創造性は？
→ 本研究の目的は、臨床アウトカムを特定する正確なバイオマーカーを見つけ、患者固有の治療法を開発することです。研究では、従来のプロテオミクスの手法とは異なる、統合的なアプローチを採用しています。結果として、新しい免疫制御定数とマイクロバイオーム署名を同時に使用することで、高度なサバイバル率を持つ患者グループを特定することができます。

3. 本研究の着想に至った経緯や，関連する国内外の研究動向と本研究の位置づけは？
→ 本研究は、オランダのがん研究所の研究者によって行われました。それ以前に、消化管がんの免疫学的および遺伝学的特性に関する他の研究もありました。しかし、本研究では、従来の方法とは異なる独自の統合型アプローチを使用することで、より詳細にアウトカム予測を行いました。

4. 本研究で何をどのように，どこまで明らかにした？
→ 本研究では、消化管がん患者モニターでの高度な遺伝子およびマイクロバイオームプロファイリングの結果、免疫制御の定数と呼ばれる、免疫療法に関連する遺伝子署名を特定しました。また、マイクロバイオーム署名からは、Ruminococcus bromiiに関する署名が、良好なアウトカムに関連していることが示されました。

5. 本研究の有効性はどのように検証した？
→ 本研究では、免疫制御の定数を使用して、従来のプロテオミクスの手法よりも正確なアウトカム予測ができることを示しました。また、マイクロバイオーム署名と免疫制御定数を組み合わせることで、mICRoScoreと呼ばれる、良好なアウトカムを持つ患者を特定する累積スコアを作成しました。また、生データは、独立した研究者によって再分析が可能なように、公的に利用可能なデータセットとして提供されています。