How much can ChatGPT really help Computational Biologists in Programming?
本研究の学術的背景や研究課題の核心をなす「問い」は、最近開発されたOpenAIの製品であるChatGPTが計算生物学の分野でどのような活用可能性を持っているかということです。
本研究の目的は、ChatGPTが計算生物学、特に生物情報学のアルゴリズムのコーディングやデータ分析、パイプラインスクリプトの作成、機械学習モデリングと特徴抽出、といった分野でどのような影響（良いものも悪いものも）を持つかを探求することです。
本研究の着想は、自然言語による会話が可能な先進的なチャットボットであるChatGPTが教育、インターネットの検索、コーディング、職場での効率化、研究、社会的交流など、重要な領域に影響を与えていることによります。この動向から、ChatGPTが計算生物学のコーディングにおける使用ケースと制約について詳しく調査することが本研究の位置づけになります。
本研究では、ChatGPTが計算生物学のコーディングにどのように役立つか、またその制約は何かについて注目しました。具体的には、コード生成、レビュー、文書化、デバッグ、説明、変換、概念理解、データ可視化といった様々な側面を考察しました。
本研究の有効性は、計算生物学者から見たChatGPTの使用ケースとして、コードの書き方、レビュー方法、デバッグ方法、変換方法、リファクタリング方法、パイプライン作成方法等を具体的な例を交えて紹介し、その能力を示すことで検証しました。
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