バイオインフォマティクスツールリンク集

個人的に扱うものをまとめました。

バイオインフォマティクス解析等

データベース
National Center for Biotechnology Information (nih.gov)
Google Scholar
ゲノムネット (genome.jp)　KEGG
RCSB PDB: Homepage
UniProt
EzBioCloud.net | Search about Bacteria or Archaea
Carotenoid Database (carotenoiddb.jp)　カロテノイド
cyanobase (microbedb.jp)　シアノベース
CyanoPhyChe (uohyd.ac.in)
光合成事典 - 光合成事典 (photosyn.jp)　インフォ系ではないけど。

ツールまとめ
SIB Swiss Institute of Bioinformatics | Expasy
バイオインフォマティクス解析ツール リンク集 | バイオインフォマティクス ポータル (yokohama-cu.ac.jp)
生物の研究に役立つデータベース (u-tokyo.ac.jp)
bioinformatics | バイオインフォマティクス | 生物情報科学 (biopapyrus.jp)
データ解析サイト・ツール (mie-u.ac.jp)
おすすめサイト (hokudai.ac.jp)

遺伝子編

プライマー設計
相補鎖変換ツール | 西田コンピューティングサービス (nishida-science.net)
DNA逆向き相補鎖｜ベクタービルダー (vectorbuilder.jp)
Primer Design tool for In-Fusion® (takara-bio.co.jp)
ApE- A plasmid Editor (utah.edu)
SnapGene | Software for everyday molecular biology

KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes

BDGP: Neural Network Promoter Prediction (fruitfly.org)　プロモーター領域

Home (megasoftware.net)　MEGA　系統樹
Galaxy (harvard.edu)　 LEfSe解析

タンパク質編

立体構造
https://swissmodel.expasy.org/　ホモロジーモデリング
QMEAN (expasy.org)　モデルクオリティチェック
AlphaFold2.ipynb - Colaboratory (google.com)　立体構造予測　多量体・複合体も可
RasMol and OpenRasMol　分子グラフィックツール
PyMOL | pymol.org　分子グラフィックスツール
Avogadro - Free cross-platform molecular editor – Avogadro　分子構築/エディタ
UCSF Chimera Home Page　分子グラフィックスツール
AutoDock Vina (scripps.edu)　分子ドッキングツール
ClusPro 2.0: protein-protein docking　タンパク質-タンパク質ドッキング(多量体予測など)

機能
Expasy - Compute pI/Mw tool　pI/MW
ScanProsite (expasy.org) ドメイン検索
InterPro (ebi.ac.uk)　ドメイン検索
Expasy - ProtParam tool　物理化学的性質
ProteInfer (google-research.github.io)　機能予測
Clean (illinois.edu)　機能予測　酵素的
ProteInfer (google-research.github.io)　　機能予測　GO

局在系
PSORT WWW Server (hgc.jp)　
TargetP 2.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services　
SignalP 5.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services　シグナル配列予測
Phobius (su.se)
SOSUI WWW Server (nagahama-i-bio.ac.jp)
DTU/DeepTMHMM – BioLib　膜貫通領域予測

翻訳後修飾
MusiteDeep