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【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（RefineGNNの原理）

ページリンク 第１章 第２章 第３章 第４章 第５章 第５章　RefineGNNの原理本章では、RefineGNN のコードの詳細について解説します。この章を通じて、タンパク質構造の１次的なデータから、どのように特徴量がエンジニアリングされ、アミノ酸配列や構造が生成されているのか、その解析原理を学ぶことが目標です。また実際のプログラムコードを理解することで、読者の皆様の目的にあったモデルが構築できるように、RefineGNN を改良することもできるようになるでしょ

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    • 【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（RefineGNNの使い方）

      ページリンク 第１章 第２章 第３章 第４章 第５章 第４章　RefineGNNの使い方この章では、RefineGNNのツールを実際に実行してみましょう。 RefineGNNは、2022 年時点でMITに所属するWengong Jin さんが公開している手法です。RefineGNNに関わるプログラムコードはJinさんのgithubに公開されています。さっそく下記のURLにアクセスして、内容を確認していきましょう。 この章では、下記の流れで解説を進めていきます。

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      • 【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（RefineGNNの原著論文を読み解く）

        ページリンク 第１章 第２章 第３章 第４章 第５章 この章から早速、RefineGNNについて解説します。本章では４章以降の深い内容解説につながるように、RefineGNNとは何かについて紹介します。この章を通じて、RefineGNNを利用することで、どのようなことができるのか理解できるようになることが目標です。原著論文の流れに従って紹介していきますので、一緒に学習していきましょう。 ３－１　原著論文の構成 RefineGNNは、Wengong Jinさんが

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        • 【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（抗体の計算機デザイン）

          ページリンク 第１章 第２章 第３章 第４章 第５章 第２章　抗体の計算機デザインこの章では、RefineGNNについて解説するための背景知識を紹介していきます。タンパク質やその中に含まれる抗体と、タンパク質を対象としたデザイン手法の歴史について解説します。 ２－１タンパク質とは タンパク質は生体由来の高分子の１種です。20種類のアミノ酸が数珠つなぎで結合した形をもつことがしられています。生物はDNAと呼ばれる分子の形で、自身の体を形作るための設計図（遺伝子）

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        【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（RefineGNNの原理）

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        • 【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（RefineGNNの使い方）

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        • 【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（RefineGNNの原著論文を読み解く）

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        • 【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（抗体の計算機デザイン）

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          【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（はじめに）

          ページリンク 第１章 第２章 第３章 第４章 第５章 第１章　はじめに筆者は、普段 "BioSpace"というコミュニティで合成生物学に関連した情報発信をしています。 本ブログ記事では、頻繁にタンパク質のデザイン手法について紹介しています。特に近年、飛躍的な進歩がある深層学習を用いた技術開発の事例は数多く、ブログ内でも様々な手法を解説してきました。ブログ内では要点の解説にとどめることが多いのですが、試金石となる技術に関しては、自己学習を兼ねてさらに詳しい解説をし

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          【独習】深層学習GNNを利用した抗体デザインのいろは（はじめに）

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