![見出し画像](https://assets.st-note.com/production/uploads/images/110936421/rectangle_large_type_2_3d39e96534577103cdafafe68a43323f.png?width=1200)
ggplot2: ボックスプロットを並び替える
ggplot2 でボックスプロットを作成するとき、X軸のデータの並び方(例では Sample) は、自動的に決められています。内部では、aes() の x に指定した列の値を factor 型のデータとして扱い、アルファベット順に並べて表示されます。
指定しない場合のボックスプロット
下記の例の場合、文字列として、Sample1, Sample2, Sample3, … となっているのは、番号の若い順に並べられたためです。もとの input_data の列の並びが反映されたわけではありません。この並びを直接指定するには、少しコツが入ります。
![boxplot](https://assets.st-note.com/img/1689494886975-7fMReqK795.png?width=1200)
> input_data
# A tibble: 100 × 5
Sample1 Sample2 Sample3 Sample4 Sample5
<dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>
1 11.1 10.3 8.03 8.39 11.1
2 9.80 10.9 10.4 9.78 8.98
3 9.22 11.8 8.45 9.85 10.3
4 10.2 10.3 13.0 9.28 9.30
5 10.8 10.9 11.3 11.0 11.0
6 9.54 9.46 10.4 11.8 10.6
7 10.4 9.64 8.52 8.44 8.68
8 11.0 11.2 10.6 9.31 9.96
9 10.7 10.2 9.27 12.0 9.28
10 10.4 11.1 10.7 9.90 11.5
# … with 90 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
input_data を gather で整形してから ggplot() 関数に渡すため、この状態の並びは影響しません。(これを並び替えても結果は変わりません。)
factor() に levels を指定して並び替え
X軸のデータ(例ではサンプル)の並びを任意に指定したい場合は、 gather() で整形した際に、サンプルを factor() 型のデータに変換します。そのとき、factor() の引数に levels として、並びを指定する文字列を渡します。
ボックスプロット用に整形したデータ
冒頭のボックスプロットを作成するために整形したデータ (plot_data) は、下記のようになっています。
> plot_data <- input_data %>%
+ gather(starts_with("Sample"), key = "Sample", value = "Read_count")
>
> plot_data
# A tibble: 500 × 2
Sample Read_count
<chr> <dbl>
1 Sample1 11.1
2 Sample1 9.80
3 Sample1 9.22
4 Sample1 10.2
5 Sample1 10.8
6 Sample1 9.54
7 Sample1 10.4
8 Sample1 11.0
9 Sample1 10.7
10 Sample1 10.4
# … with 490 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
この plot_data は、2列のテーブルです。1列目は、X軸に指定する予定のデータで、Sample1 が 100個、 Sample2 が100個、、、と続く500行のデータです。この状態では、Sample 列の型は、character型なので、「<chr>」と表示されています。
factor 型に変換して levels を指定
この character 型の Sample を factor 型に変換するには、 mutate を使います。mutate("Sample" = factor(Sample)) とすると変換できます。その際、引数の levels に希望の順序に並んだ文字列を指定します。ここでは、サンプルの順序を指定した文字列として、下記のような sample_order を定義して使用しました。
sample_order <- c("Sample5", "Sample3", "Sample2", "Sample1", "Sample4")
plot_data <- input_data %>%
gather(starts_with("Sample"), key = "Sample", value = "Read_count") %>%
mutate("Sample" = factor(Sample, levels = sample_order))
plot_data と入力して、中身を確認すると、下記のように <chr> から <fct> に変わっていることが分かります。
> plot_data
# A tibble: 500 × 2
Sample Read_count
<fct> <dbl>
1 Sample1 11.1
2 Sample1 9.80
3 Sample1 9.22
4 Sample1 10.2
5 Sample1 10.8
6 Sample1 9.54
7 Sample1 10.4
8 Sample1 11.0
9 Sample1 10.7
10 Sample1 10.4
# … with 490 more rows
# ℹ Use `print(n = ...)` to see more rows
この plot_data を使用して、ボックスプロットを作成します。ボックスプロット部分のコードに変更はありません。
ggplot(plot_data, aes(x = Sample, y = Read_count, fill = Sample)) +
geom_boxplot() + scale_fill_brewer(palette = "Spectral")
並び替えられたボックスプロットが表示されます。今回、指定した文字列 sample_order は、中央値の高い順に並べた時のサンプルの順序です。
![boxplot reordered](https://assets.st-note.com/img/1689498892700-qUjww58uNU.png?width=1200)
この記事が気に入ったらサポートをしてみませんか?