石川彰人

しがない研究者。博士（理学・）進化発生学・国立科学博物館認定サイエンスコミュニケータ・…

石川彰人

しがない研究者。博士（理学・）進化発生学・国立科学博物館認定サイエンスコミュニケータ・潜水士。 バストロンボーン吹きます。 アマチュアポップスオーケストラ『Tokyo Pops Philharmonic』をよろしくね！

FASTAファイルを2行単位にするスクリプト

塩基配列中に改行が入ったFASTAファイルを2行単位のFASTAファイルに変換するシェルスクリプトです。Linux環境で動きます。 アセンブルしたデータやオンラインデータベース…

石川彰人
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5か月前
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はじめに

こんにちは。石川彰人（いしかわあきと）と申します。 生物系の研究者をしています。 こちらのnoteでは日々の解析（バイオインフォマティクス）の中で行き詰ったポイント…

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5か月前
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石川彰人

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FASTAファイルを2行単位にするスクリプト

塩基配列中に改行が入ったFASTAファイルを2行単位のFASTAファイルに変換するシェルスクリプトです。Linux環境で動きます。

アセンブルしたデータやオンラインデータベースからダウンロードしたFASTAファイルは、配列中に改行が入っていることがしばしばです。

解析ソフトに投入するときはそんなに困らないのですが、目的の配列をgrepで抽出しようとするときに配列行が何行あるかわからず悩みまくっ

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石川彰人

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はじめに

こんにちは。石川彰人（いしかわあきと）と申します。
生物系の研究者をしています。

こちらのnoteでは日々の解析（バイオインフォマティクス）の中で行き詰ったポイントと解決方法などを備忘録として載せていきます。
また、面白い研究の紹介や、趣味の活動の話なども載せていければと思います。

私自身、日々試行錯誤でまだまだ浅学な部分もありますが、私の備忘録が誰かの力になれば幸いです！