RSEMで遺伝子発現の定量をします

RSEMをRSEM (RNA-Seq by Expectation-Maximization)からダウンロードします。（toolsディレクトリに入れます）

コマンド　tar -zxvf RSEM-1.3.3.tar.gz

解凍が終わったら、インストール

コマンド　make install

RSEMもインデックスファイルを作ります。
まず、RSEM_referenceディレクトリを作って

コマンド　../tools/RSEM-1.3.3/bin/rsem-perpare-reference --num-threads 6 --gtf Homo_sapiens.GRCh38.95.gtf Homo_sapiens.GRCh38.dna.primary_assembly.fa RSEM_reference/RSEM_reference

これでインデックスファイルが完成。
発現量を定量します。

コマンド　../tools/RSEM-1.3.3/rsem-calculate-expression --num-threads 4 --paired-end --bam ../tools/SRR1550989Aligned.toTranscriptome.out.bam ../ref/RSEM_reference/RSEM_reference SRR1550989

1サンプルごとに実行しましたが、ここもシェルスクリプトを作っておくと便利だと思います。

出力されたgenes.resultsファイルとisoforms.resultsファイルに発現量に関連するスコアが記述されているのでこれを使ってRなどでデータの処理が行えるそうです。