バイオインフォマティクスの資格を取るためにメモしまくる件について 配列解析編(動的計画法による配列アラインメントの計算)

配列アラインメントと類似性スコア
動的計画法による最適アラインメント

配列アラインメントと類似性スコア

・簡単なスコアとしては、一致、不一致、ギャップの3状態で定義するもので、たとえば一致を+3、不一致を-1、ギャップを-2とすれば、図1のスコアは(+3)x6+(-1)×1+(-2)×4=9点となる。

・ホモロジー検索とも言う。

・遺伝子Aと遺伝子Bの間の「ホモロジー（類縁度）が高い」とは、一般にAとBが共通の祖先遺伝子から由来している可能性が高いことを意味する

・進化・系統分類の解析、タンパク質の機能解析などを目的とした配列解析の最も基本的な手法の一つ

・ほとんどの場合、配列類似度（相同性）が高ければ類縁度も高い

・例:NCBIのBLAST（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/）


動的計画法による最適アラインメント