COVID-19ワクチンを通り抜けた症例調査

引用元　COVID-19ワクチンの画期的な症例調査

自動翻訳　※breakthroughを画期的と訳しているが、この場合はワクチンを通り抜けたが正解。

COVID-19ワクチンの画期的な症例調査
公衆衛生、臨床、および参照研究所のための情報
目的
COVID-19ワクチンを受けた人々のSARS-CoV-2感染を調査して、傾向を特定するか、人口統計、投与されたワクチン、または感染ウイルスでのクラスタリング。
ケースの定義
14日以上後に採取された呼吸器検体でSARS-CoV-2RNAまたは抗原が検出された人
FDA認可のCOVID-19ワクチンのプライマリシリーズを完了します。
理論的根拠と追加の臨床検査の要求
•CDCおよび州/地方の保健部門は、COVID-19ワクチンの画期的な症例を調査しています。
•CDCは、COVID-19ワクチンからウイルス配列データと呼吸器検体を受け取りたいと考えています。
SARS-CoV-2変異体の頻度を評価するための画期的な事例。
•症例が特定されると、保健部門は検査室に連絡して、症例があるかどうかを判断します。
陽性検査からの残留検体（すなわち呼吸器検体）であり、
CDCへの出荷のために保留されました。
•保健部門は、検体ID番号とサイクルしきい値（Ct）値も要求します
陽性のRT-PCR結果。
•あなたの検査室がCOVID-19ワクチンの画期的な症例を特定した場合は、それをあなたの州に報告してください
彼らがCDCで調査を開始できるように保健部門。
SARS-CoV-2シーケンスデータ
•一部のCOVID-19ワクチンの画期的な症例では、SARS-CoV-2シーケンスが
臨床、公衆衛生、または商業参照研究所。
•すでに利用可能な配列データがある場合は、SARS-CoV-2系統と
州保健局へのGISAIDまたはGenBankアクセッション番号。
SARS-CoV-2シーケンス用の呼吸器検体
•標本の選択
oシーケンス用の臨床検体は、RT-PCRCt値が28以下である必要があります。
o Ct値が入手できない場合、SARS-CoV-2RNAまたは抗原が陽性の検体は
別のテストモダリティが送信される場合があります。
•検体の保管とラベリング
o検体は-70°C以下で保管してください。
o 1.0〜2.0mLのOリングスクリューキャップマイクロ遠心チューブを使用します。
o各標本に「SPHL提出者標本ID」または「元の提出者」のラベルを付けます
検体ID」（SPHL IDがない場合）。
•CDCに検体を提出するには、2つのフォームの次のフィールドに入力します。
oグローバルファイルアクセッションテンプレート（GFAT）フォーム
▪起源[列D]：「人間」
▪テストオーダー名[列E]：「SARS-CoV-2全ゲノムシーケンス」
▪疑わしいエージェント[列F]：「SARS-CoV-2」
▪検体採取日[列AC]

▪SPHL提出者の患者ID [列BB]
▪SPHL提出者標本ID [列BD] –この番号は
州保健局をREDCapシステムに導入します。
▪コメント[列GM] COVID-19ワクチンのブレークスルーを入力してください
このケースに割り当てられたデータベースID。
▪CDCイベントID [列IB]：「1890」
▪イベント名[列IC]：「ワクチンの飛躍的進歩」
o National SARS-CoV-2 Strain Surveillance（NS3）補足フォーム
▪提出者の標本ID [列B]
▪提出の理由[列C]：「ES21-04–ワクチンの飛躍的進歩」
▪一次アッセイ名[列E]
▪アッセイターゲット[列F]
▪Ct値[列G]
▪以前にシーケンスされた[列Y]
•GISAIDアクセッション[列Z] –シーケンスされた場合のみ
•GenBankアクセッション[列AA] –シーケンスされた場合のみ
•出荷用の検体の梱包
o IATAに準拠して、すべての検体をカテゴリBの感染性物質として梱包して出荷します
および米国運輸省（https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/lab-biosafetyguidelines.html#specimen）。
oフォームおよび/または標本マニフェストのハードコピーをパッケージに含めます。
o毎週のNS3サンプルの出荷には、ワクチンの画期的な症例標本を含めますが、
フォームにワクチンの画期的な検体を示します。
•CDCへの検体の発送
o送信するときに、sarsseqshipping @ cdc.govとeocevent531@cdc.govの両方に電子メールを送信します。
検体。
▪記入済みのGFATおよびNS3補足フォームを添付してください。
▪パッケージ追跡情報を含めます。
o月曜日または火曜日に検体を送付します。
o通常の宅配便（FedEx、UPSなど）を使用して、ドライアイスで一晩発送します。
oパッケージの宛先は次のとおりです。
ATTN：STATTラボ：ユニット66 TRL
疾病管理予防センター
1600 Clifton Road、NE
ジョージア州アトランタ、30333
電話：404-639-3931
Eメール：sarsseqshipping@cdc.gov
•シーケンス結果
o CDCがゲノム配列を取得し、それらの品質を評価すると、CDCは
コンセンサス配列データとGenBankおよびGISAIDへのリリース。
o CDCは、提出および州の公衆衛生研究所にもレポートを送信します。
o SARS-CoV-2変異体は米国で流行しており、いくつかのワクチンを引き起こすでしょう
画期的なケース。どのSARS-CoV-2変異体が循環しているのかを考慮することが重要です
ブレークスルーで見つかったバリアントを評価するときのコミュニティ