終戦後、キュゥべぇは"HALO"に搭載された浄化システムの停止と、魔法少女たちに戦いを強制するために、コヴナント残党軍やバニッシュト、さらにダイダクトやフラッドといった危険極まりない連中を人類にけしかける。