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2018年3月の記事一覧
Qiime2を使った微生物叢の解析（その５）
Taxonomy解析
ここでは、silva-119-99-515-806-nb-classifier.qzaに対してTaxonomy解析を行う。
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime feature-classifier classify-sklearn --i-classifier silva-119-99-515-806-nb
Qiime2を使った微生物叢の解析（その４）
α、ß多様性解析結果の可視化
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime diversity alpha-group-significance --i-alpha-diversity core-metrics-7118-results/faith_pd_vector.qza --m-metadata-file 20180220_Kazus
Qiime2を使った微生物叢の解析（その３）
アライメントして系統樹を作成
(qiime2-2018.2) nedonoiMac:20180112 shigeru$ qiime alignment mafft --i-sequences rep-seqs-20180220_Kazusa.qza --o-alignment aligned-rep-seqs-20180220_Kazusa.qza
aligned-rep-seqs-20180