31P

有機合成屋さんがスキマ時間で書いているので更新遅めです ¥100はお菓子に変換された後…

31P

有機合成屋さんがスキマ時間で書いているので更新遅めです ¥100はお菓子に変換された後、中の人の脳のエネルギーになります。 100円払わなくてもほぼ読めるので、お布施だと思ってください 中の人は社畜を辞めて🇪🇺圏で出稼ぎしてます

コラッツの問題で出てくる数字についてPythonで解析してみる

まず、コラッツの問題とはなんぞや。 とてもシンプルですね。任意の正の整数 nに対して、 １．　n が偶数の場合、n を 2 で割る ２．　n が奇数の場合、n に 3 をかけて 1 を足す この単純な操作で、どんな初期値でも必ず 1 に到達するんですね。 例えば、３→１０→５→１６→８→４→２→１となります。 これを見ただけでも勘のいい人なら、２の乗数になった時点で、確実に１に到達することや、何やら５の倍数も怪しげだな。。。と思っているかもしれません。 では、実際に１５

¥100
31P

    • Pythonでパチもん画像を300枚作る

      前回は見よう見まねで画像の合否を判定するコードを実装したものの精度が悪いので、元データを増やすべくちっさい部品を1枚1枚おいて写真を撮るのも面倒なので、パチもん画像を300枚作って一気に増やすことにした。参考にしたのは、以下のサイト。 https://keras.io/examples/generative/conditional_gan/ まずは、元なるデータセットを作るため、 keras.preprocessing.image_dataset_from_directo

      31P

      • 画像学習の過程を可視化する

        先日、ワッシャーみたいな部品の検査を目視でやっても、人によって良し悪し違うし、そもそもこれ部品の検査ではなく視力検査なのでは。。。？ などと、末端の兵隊なりにいろいろと思うところがあったので、文句たれててもしゃーねーし、いい方法探すかと思って、いい方法探したら、ありました。 しかも日本語で。 自分の場合は、自動化起案したら早々にリジェクトされたので、自分だけでも楽をできたらいいやと思って、上のコードを実装してみました。 んで、学習済みのモデルを使っての転移学習なので、大

        31P

        • PyhtonのRDKitを使って，DOBNAを作る

          以前の記事で紹介した置換基スクリーニングを活用して，多環骨格を作れないかと思って色々と試行錯誤したので，その記録です。 まず，大前提のDOBNAってなあに？という方のために，一応論文を貼っておきます。 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201506335 当初イメージした工程は以下の通り。 1. フェニルエーテルを作る。 2. ホウ素を入れる。 3. 結合をつないで，失敗作は消す。 実際，１の工程は簡単でし

          ¥100
          31P

        コラッツの問題で出てくる数字についてPythonで解析してみる

        31P

          GaussianのTDのlogの情報を使って放射速度定数を推定する

          大したことはやってないのですが，使うパラメータとしては，振動子強度（双極子モーメント）と極大波長からEinsteinのA係数を計算することで，オーダーが一致するレベルで放射速度定数を推定できます。 オーダーしか一致しない原因はいくつかあります。 一つは計算リソースの問題で，計算レベルを下げたり，励起状態計算をサボっていること。発光側なので，S1の構造最適化を高いレベル（ωB97とかcc-pVTZとか）でするべきですが，特にDonor-Acceptor型の励起状態で捩れる分子

          ¥100
          31P

          GaussianのTDのlogの情報を使って放射速度定数を推定する

          ¥100
          31P

          PyhtonのRDKitを使って，置換基をスクリーニングするDFTxTB計算用のinputを作る方法

          PyhtonのRDKitのrdChemReactionsという模擬反応機能？を応用して，置換基をスクリーニングします。 反応の記述法は種々ブログやHPなどで紹介されているので割愛します。 例えば，ピロールの置換基をスクリーニングしたいときに，いきなり全通りやってもいいのですが，一旦臭素化して重複する可能性のある置換位置を消すやり方が，種々ブログやHPなどで紹介されています。 以下，順を追って説明すると， AllChem.ReactionFromSmarts("[ch:1]>

          ¥100
          31P

          PyhtonのRDKitを使って，置換基をスクリーニングするDFTxTB計算用のinputを作る方法

          31P

          PythonでGaussianのTDのlogからsingletとtripletのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

          前回の応用編ということでだいたいの構成は似てます。 #!/usr/bin/env python# coding: utf-8import sysimport osfrom os import chdirimport reimport argparseimport openpyxlfrom openpyxl.styles import numbersimport openpyxl.drawing.imagefrom io import BytesIOimport glob

          ¥100
          31P

          PythonでGaussianのTDのlogからsingletとtripletのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

          ¥100
          31P

          PythonでGaussianのlogからHOMOとLUMOのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

          アプリケーション化する都合でnumpyとか使わずに書いてたり，色々複雑になってます。 #!/usr/bin/env python# coding: utf-8import osfrom os import chdirimport sysimport argparseimport openpyxlfrom openpyxl.styles import numbersimport openpyxl.drawing.imagefrom io import BytesIOimpor

          ¥100
          31P

          PythonでGaussianのlogからHOMOとLUMOのエネルギーを抽出してcsvにまとめる

          ¥100
          31P

          ProgdynのLSF環境用の書き換えメモ

          計算化学.comで紹介されているProgdynですが，SLURMジョブスケジューラーでの使用を前提に書かれているので，HPCシステムズなどから購入したクラスターマシンではLSFを使用していることも多いと思うので，LSF環境用の書き換えなど 1. githubからディレクトリごとダウンロードする。 git clone https://github.com/nwohlgemuth/ProgdynSuite.git　と打ち込む。 ディレクトリ名をProgdynSuite-mas

          ¥100
          31P

          ProgdynのLSF環境用の書き換えメモ

          ¥100
          31P

          gviewエラー回避

          MacOS Mojave以降でgviewの軌道を可視化する機能などが使えなくなるトラブルの回避策 1. アプリケーションからAutomatorを起動し，Automatorで新規ファイルを作成する 2. 書類の種類を尋ねられるのでアプリケーションを選択する 3. 検索窓で "実行" と検索し，シェルスクリプトを実行をダブルクリック 4. シェルで/bin/bashを選択し，以下のテキストを貼り付ける。 export PATH=/Applications/g16:/Appl

          ¥100
          31P

          gviewエラー回避

          ¥100
          31P