野生の小型哺乳類における宿主形質がウイルス群の構成とウイルス感染を形成する

2023年9月21日 11:08

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野生の小型哺乳類における宿主形質がウイルス群の構成とウイルス感染を形成する

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陳燕妹 7
Shu-Jian Hu 7
Xian-Dan Lin 7
宋志剛
エドワード・C・ホームズ
チャン・ヨンジェン 8
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脚注を表示する発行:2023年9月20日DOI:https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.08.029

ハイライト

中国の野生小型哺乳類から多数の新規ウイルスが同定された。

進化的に重要なものや、種の境界を飛び越える能力を持つものもあった。

単一の動物種で最も多くのウイルスを保有していたのはノネズミであった。

げっ歯類は新しい宿主種に感染する可能性のあるウイルスを最も多く保有していた。
まとめ
コウモリ、げっ歯類、トガリネズミはヒト感染症の最も重要な感染源である。しかし、これらの動物間でのウイルスの進化と伝播についてはほとんど未解明である。中国の4つの生息地から採取された2,443匹の野生のコウモリ、げっ歯類、およびトガリネズミの内臓および糞便サンプルのメタ・トランスクリプトーム配列決定を通じて、我々は534の新規ウイルスを含む669のウイルスを同定し、哺乳類のウイルソームを大幅に拡大した。解析の結果、高いレベルの系統的多様性が明らかになり、種を超えたウイルス伝播事象が同定され、ウイルスの起源が解明され、哺乳類宿主における無脊椎動物ウイルスの症例が同定された。宿主の次数とサンプルサイズが、ビロームの構成とウイルス伝播のパターンに最も重要な影響を与える要因であった。ノネズミは、複数の臓器に分布する多くの無脊椎動物関連ウイルスを含む豊富なウイルスを保有していたが、げっ歯類は宿主を飛び越える能力の高いウイルスを保有していた。これらのデータは、哺乳類ウイルスの生息地における驚くべき多様性と、新たな宿主に出現する能力を浮き彫りにしている。
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野生小型哺乳類
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げっ歯類
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ウイルス
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記事で見る
スコープス (90)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ボルジャーA.M.
ローゼM.
Usadel B.
Trimmomatic: イルミナ配列データ用の柔軟なトリマー。
Bioinformatics. 2014; 30: 2114-2120
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu170
論文で見る
論文掲載
PubMed
クロス
グーグル奨学生
グラバー M.G.
ハースB.J.
ヤスールM.
レヴィン J.Z.
トンプソン D.A.
アミット I．
アディコニス X．
ファン L．
レイチョードリー R.
Zeng Q.
他。
参照ゲノムなしのRNA-Seqデータからの全長トランスクリプトームアセンブリ。
Nat. Biotechnol. 2011; 29: 644-652
https://doi.org/10.1038/nbt.1883
論文で見る
日本学術振興会特別研究員
PubMed
クロス
グーグル奨学生
Li D.
リウ C.M.
ルオ R.
サダカネ K.
ラム T.W.
MEGAHIT：簡潔なde Bruijnグラフによる大規模かつ複雑なメタゲノム解析のための超高速シングルノードソリューション。
Bioinformatics. 2015; 31: 1674-1676
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btv033
論文で見る
スコープス (2966)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ブッフフィンク B．
謝 C.
Huson D.H.
DIAMONDを用いた高速かつ高感度なタンパク質アライメント。
Nat. Methods. 2015; 12: 59-60
https://doi.org/10.1038/nmeth.3176
論文で見る
スコープス (5582)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
ラングミードB.
Salzberg S.L.
Bowtie 2による高速ギャップドリードアライメント。
Nat. Methods. 2012; 9: 357-359
https://doi.org/10.1038/nmeth.1923
論文で見る
論文リスト(28933)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
Li H.
シーケンシングデータからのSNPコーリング、変異発見、関連マッピング、集団遺伝学的パラメータ推定のための統計的フレームワーク。
Bioinformatics. 2011; 27: 2987-2993
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr509
論文で見る
論文概要
PubMed
クロス
グーグル奨学生
加藤和彦
スタンドリーD.M.
MAFFTマルチプル配列アライメントソフトウェアバージョン7：パフォーマンスとユーザビリティの向上
Mol. Biol. Evol. 2013; 30: 772-780
https://doi.org/10.1093/molbev/mst010
論文で見る
日本学術振興会特別研究員
PubMed
クロス
グーグル奨学生
カペラ-グティエレス S．
シジャ＝マルティネスJ.M.
Gabaldón T.
大規模系統解析における自動アライメントトリミングツール。
Bioinformatics. 2009; 25: 1972-1973
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp348
論文で見る
筑波大学
PubMed
クロス
グーグル奨学生
シャノン P.
マルキエル A.
オジエO.
バリガ N.S.
ワン J.T.
ラメイジ D．
アミン N．
シュビコフスキーB.
Ideker T.
Cytoscape: 生体分子相互作用ネットワークの統合モデルのためのソフトウェア環境。
ゲノム研究 2003; 13: 2498-2504
https://doi.org/10.1101/gr.1239303
論文で見る
筑波大学
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
セイヤーズ E.W.
ベックJ.
ボルトン E.E.
ブーレクシスD.
ブリスター J.R.
カネセ K．
コモー D.C.
ファンク K．
キム S．
クリムケ W．
他。
国立生物工学情報センターのデータベースリソース。Nucleic Acids Res. 2021; 49: D10-D17
https://doi.org/10.1093/nar/gkaa892
論文で見る
スコープス (345)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
Zhang Y.Z.
シー・エム
ホームズ E.C.
メタゲノミクスを用いた拡大するウイルス球の特性解析。
Cell. 2018; 172: 1168-1172
https://doi.org/10.1016/j.cell.2018.02.043
記事で見る
スコープス (159)
PubMed
要旨
全文
全文PDF
グーグル奨学生
クアストC.
プルエッセE.
Yilmaz P.
ゲルケンJ.
シュヴェールT.
ヤルザ P.
ペプリーズ J.
Glöckner F.O.
SILVAリボソームRNA遺伝子データベースプロジェクト：改良されたデータ処理とウェブベースのツール。
Nucleic Acids Res.
https://doi.org/10.1093/nar/gks1219
論文で見る
日本学術振興会特別研究員
PubMed
クロスリファレンス
グーグル奨学生
Shi W.
Shi M.
Que T.C.
Cui X.M.
イェ R.Z.
Xia L.Y.
ホウ X.
Zheng J.J.
Jia N.
Xie X.
他。
マラヤパンゴリンにヒトのウイルス病原体が含まれている。
Nat. Microbiol. 2022; 7: 1259-1269
https://doi.org/10.1038/s41564-022-01181-1
論文で見る
スコープス (7)
PubMed
クロス
グーグル奨学生
コステロM.
フレハーティーM.
アブレウ J.
Farjoun Y.
フェリエラ S.
ホームズ L.
グレンジャー B.
グリーン L.
ハウド T.
メイソンT.
et al.
超並列シーケンスプラットフォームにおける非冗長デュアルインデキシングによるサンプルインデックススワップの特徴と改善。
BMC Genomics. 2018; 19332
https://doi.org/10.1186/s12864-018-4703-0
論文で見る
スコープス (136)
クロスリファレンス
グーグル・スカラー
記事情報
出版履歴
出版 2023年9月20日
受理受理：2023年8月22日
改訂版受理 2023年7月13日
受理：2023年7月13日受理日：2023年3月25日
出版段階
インプレス、ジャーナル予稿集
識別
DOI: https://doi.org/10.1016/j.cell.2023.08.029

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