原核生物42門の名称の有効な公表

2024年2月5日 15:45

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システム微生物学・進化微生物学国際ジャーナルロゴ第71巻第10号
原核生物42門の名称の有効な公表

https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/ijsem/10.1099/ijsem.0.005056

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発行：2021年10月25日
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要旨

原核生物の系統分類に関する国際委員会（ICSP）が、国際原核生物命名規約（ICNP）のルールに門のランクを含めることを決議し、IJSEMにその決定が掲載されたことを受けて、ここでは、42の門の名前と正式な説明を示し、命名法上の型を属として、その名前を有効に公表する。

キーワード
系統、名称、有効な出版

略語

ICNP：国際原核生物命名規約、ICSP：国際原核生物系統分類委員会。

全文

国際原核生物命名規約（International Code of Nomenclature of Prokaryotes: ICNP）の現行版（2008年改訂版）[1]には、門のランクが含まれていない。原核生物の系統分類に関する国際委員会（International Committee on Systematics of Prokaryotes: ICSP）のメンバーは、ICNPの規則に門のランクを含める提案 [2, 3] を発表した後、2021年2月にこれらの提案について投票を行った [4] 。投票に参加したメンバーの大多数は、ICNPの規則の下に門のランクを含めることに賛成し、命名法の型として属名に基づかなければならない門の名前には-otaという語尾を使用した。ICSPの司法委員会は、例外を認めて、異なる方法で形成された系統名の広範囲に使用されている名前を保存することができる [4] 。これらの投票を実施するため、ICNPの編集委員会は規則5b、8、15、22の改正案を作成し、ICNPの次期改訂に盛り込む予定である [5] 。

ここでは、その命名法上の型となる属名のうち、有効に出版された正当な名前に基づき、有効な出版を実現するために、他の場所で以前に出版された原名または修正名である42の系統名のリストを提示する。

アシドバクテリオータ（Acidobacteriota corrig.

(A.ci.do.bac.te.ri.o'ta. N.L.neut.n.アシドバクテリウム、アシドバクテリウム門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.アシドバクテリオータ、アシドバクテリウム門)

この分類群の特性はThrash and Coates, 2010 [6]の記述による。Acidobacteria Cavalier-Smith 2002のシノニムであり、不採用とした。

アシドバクテリウム属：アシドバクテリウム属 Kishimoto et al.

Actinomycetota corrig.

(Ac.ti.no.my.ce.to'ta. N.L.masc.n.Actinomyces、この門のタイプ属; -ota、門を表す語尾; N.L.pl.neut.n.Actinomycetota、放線菌門)

この分類群の性質はGoodfellow 2012 [7]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Actinobacteria (sic) Goodfellow 2012.

Type genus： Actinomyces Harz 1877 (Approved Lists 1980)。

Aquificota corrig.

(A.qui.fi.co'ta. N.L.masc.n.Aquifex、門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Aquificota、Aquifex門)

この分類群の性質はReysenbach 2001 [8]の記述による。事実上公表されているシノニムを訂正： Aquificae (sic) Reysenbach 2002.

Type genus： Aquifex Huber and Stetter 1992.

アルマティモナドータ（Armatimonadota corrig.

(Ar.ma.ti.mo.na.do'ta. (Ar.ma.ti.mo.na.do'ta.N.L.fem.n.Armatimonas、門のタイプ属; -ota、門を表す語尾; N.L.pl.n.Armatimonadota、Armatimonas門)

この分類群の性質はTamaki et al. 事実上公表されているシノニムを訂正： Armatimonadetes (sic) Tamaki et al. 2011.

Type genus：タイプ属名：Armatimonas Tamaki et al.

Atribacterota phyl.

(A.tri.bac.te.ro'ta. N.L.masc.n.Atribacter、門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Atribacterota、Atribacter門)

分類群の性質は片山ら, 2020 [10]の記述による。

タイプ属：アトリバクター片山ら, 2021.

Bacillota corrig.

(Ba.cil.lo'ta. N.L.masc.n.バチルス（Bacillus）門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.バチロタ（Bacillota）門のバチルス門)

分類群の性質はGibbons and Murray, 1978 [11]の記述による。有効なシノニム Firmacutes Gibbons and Murray 1978; Firmicutes corrig. Murray 1984.

Type genus： Bacillus Cohn 1872 (Approved Lists 1980)。

Bacteroidota corrig.

(Bac.te.ro.i.do'ta. N.L.masc.n.バクテロイデス、バクテロイデス門のタイプ属; -otaは、門を表す語尾; N.L.pl.neut.n.バクテロイダータ、バクテロイデス門)

この分類群の特性はKrieg et al. 修正シノニム：Bacteroidetes (sic) Krieg et al.

タイプ属： Bacteroides Castellani and Chalmers 1919 (Approved Lists 1980)。

バルネオロタ属（Balneolota corrig.

(Bal.ne.o.lo'ta. N.L.fem.n.Balneola、門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Balneolota、Balneola門)

この分類群の性質はHahnkeら, 2016 [13]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正：Balneolaeota (sic) Hahnke et al.

タイプ属： Balneola Urios et al. 2006.

Bdellovibrionota phyl.nov.

(Bdel.lo.vi.bri.o.no'ta. N.L.masc.n.Bdellovibrio、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Bdellovibrionota、Bdellovibrio門)

分類群の性質はWaiteら、2020 [14]の記述による。

タイプ属： Bdellovibrio Stolp and Starr 1963 (Approved Lists 1980)。

Caldisericota Corrig.

(Cal.di.se.ri.co'ta. N.L.neut.n.Caldisericum、門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Caldisericota、Caldisericum門)

この分類群の性質はMori et al. 事実上公表されているシノニムの訂正： Caldiserica (sic) Mori et al. 2009.

タイプ属名： Caldisericum Mori et al. 2009.

カルディトリコータ属（Calditrichota corrig.

(Cal.di.tri.cho'ta. N.L.fem.n.Caldithrix（門のタイプ属）; -ota（門を表す語尾）; N.L.pl.neut.n.Calditrichota（Caldithrix門）)

この分類群の性質はKublanov et al., 2017 [16]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Calditrichaeota (sic) Kublanov et al. 2017.

タイプ属： Caldithrix Miroshnichenko et al.

カンピロバクター属 Phyl. Nov.

(Cam.py.lo.bac.te.ro'ta. N.L.masc.n.カンピロバクター、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.カンピロバクターータ、カンピロバクター門)

分類群の性質は Waite et al., 2018 [17] の記述による。非合法名称の置き換え：Epsilonbacteraeota Waite et al., 2017 [18]は、Campylobacterota Waite et al., 2018の先行シノニムであるが、Epsilonproteobacteria Garrity 2006の後発ホモ型シノニムである非合法クラスCampylobacteria Waite et al.

タイプ属： Campylobacter Sebald and Véron 1963（承認リスト1980）。

クラミジア属 Corrig. Phyl. Nov.

(Chla.my.di.o'ta. N.L. fem. n. Chlamydia、クラミジア門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L. pl. neut. n. Chlamydiota、クラミジア門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [19]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Chlamydiae (sic) Garrity and Holt 2001.

Type genus： Chlamydia Jonesら1945 (Approved Lists 1980)。

Chlorobiota Corrig. Phyl. Nov.

(クロロビオータ（Chlo.ro.bi.o'ta. N.L.neut.n.Chlorobium、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Chlorobiota、Chlorobium門)

本分類群の性質は飯野ら，2010 [20]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Chlorobi (sic) Iino et al. 2010.

Type genus： Chlorobium Nadson 1906 (Approved Lists 1980)。

Chloroflexota Corrig. Phyl. Nov.

(Chlo.ro.fle.xo'ta. N.L.masc.n.クロロフレキサス門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.クロロフレキソータ門クロロフレキサス門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [21]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Chloroflexi (sic) Garrity and Holt 2001.

Type genus： Chloroflexus Pierson and Castenholz 1974 (Approved Lists 1980)。

Chrysiogenota Corrig. Phyl. Nov.

(Chry.si.o.ge.no'ta. N.L.masc.n.Chrysiogenes，クリシオゲネス門の型属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Chrysiogenota，クリシオゲネス門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [22]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Garrity and Holt, 2001.

Garrity and Holt 2001： Macy et al. 1996.

Coprothermobacterota Phyl. Nov.

(Co.pro.ther.mo.bac.te.ro'ta.）。N.L.masc.n.コプロサーモバクター（Coprothermobacter）門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.コプロサーモバクターータ（Coprothermobacterota）門

この分類群の性質は、Pavan et al., 2018 [23]の記載による。

タイプ属： Coprothermobacter Rainey and Stackebrandt 1993.

Deferribacterota Corrig. Phyl. Nov.

(De.fer.ri.bac.te.ro'ta. N.L.masc.n.Deferribacter、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Deferribacterota、Deferribacter門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [24]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Deferribacteres (sic) Garrity and Holt 2001.

Deferribacter Greene et al： Deferribacter Greene et al. 1997.

Deinococcota Corrig. Phyl. Nov.

(N.L.masc.n.デイノコッカス属。N.L.masc.n.デイノコッカス（Deinococcus）門の型属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.デイノコッカス門（Deinococcota）。

この分類群の性質はWeisburgら、1989 [25]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Deinococcus-Thermus (sic) Weisburg et al., 1989.

Type genus： Deinococcus Brooks and Murray 1981.

Dictyoglomota Corrig. Phyl. Nov.

(Dic.ty.o.glo.mo'ta. N.L.neut.n.Dictyoglomus、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Dictyoglomota、Dictyoglomus門)

この分類群の性質はPatel, 2010 [26]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Dictyoglomi (sic) Patel 2010.

Type genus： Dictyoglomus Saiki et al. 1985.

Elusimicrobiota Corrig. Phyl. Nov.

(E.lu.si.mi.cro.bi.o'ta。Elusimicrobiota, Elusimicrobium門）。

この分類群の性質は、Geissinger et al., 2009 [27]の記述による。シノニム：Elusimicrobia Geissinger et al.

Elusimicrobium Geissinger et al： Elusimicrobium Geissinger et al. 2010.

Fibrobacterota Corrig. Phyl. Nov.

(Fi.bro.bac.te.ro'ta.）。N.L.masc.n.フィブロバクター（Fibrobacter）門の型属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.フィブロバクターータ（Fibrobacterota）門

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [19]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Fibrobacteres Garrity and Holt 2001.

タイプ属名： Fibrobacter Montgomery et al. 1988.

Fusobacteriota Corrig. Phyl. Nov.

(フソバクテリウム属。N.L.neut.n.はフソバクテリウム門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.はフソバクテリウム門）

この分類群の特性はGarrity and Holt, 2001 [19]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Fusobacteria (sic) Garrity and Holt, 2001.

タイプ属名： Fusobacterium Knorr 1922 (Approved Lists 1980)。

Gemmatimonadota Corrig. Phyl. Nov.

(Gem.ma.ti.mo.na.do'ta. N.L.fem.n.Gemmatimonas、この門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Gemmatimonadota、Gemmatimonas門)

分類群の性質はZhang et al., 2003 [28]の記述による。シノニム：Gemmatimonadetes (sic) Zhang et al.

Type genus： Gemmatimonas Zhang et al.

Ignavibacteriota Corrig. Phyl. Nov.

(Ig.na.vi.bac.te.ri.o'ta。N.L.neut.n.イグナビバクテリウム、イグナビバクテリウム門の型属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.イグナビバクテリオータ、イグナビバクテリウム門)

この分類群の性質は、Podosokorskaya et al., 2013 [29]の記述による。Ignavibacteriae (sic) Podosokorskaya et al. 2013.

タイプ属名： Ignavibacterium Iino et al. 2010.

キリティマティオロタ Corrig. Phyl. Nov.

(Ki.ri.ti.ma.ti.el.lo'ta. N.L.fem.n.Kiritimatiella、キリティマティエラ門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Kiritimatiellota、キリティマティエラ門)

本分類群の性質はSpring et al., 2016 [30]の記載による。事実上公表されているシノニムの訂正：Kiritimatiellaeota (sic) Spring et al.

タイプ属： Kiritimatiella Spring et al.

Lentisphaerota Corrig. Phyl. Nov.

(Len.ti.sphae.ro'ta. N.L.fem.n.Lentisphaera、この門のタイプ属；-otaは、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Lentisphaerota、Lentisphaera門)

この分類群の性質はCho et al., 2004 [31]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Lentisphaerae (sic) Cho et al.

Type genus： Lentisphaera Cho et al.

Mycoplasmatota Corrig. Phyl. Nov.

(My.co.plas.ma.to'ta. N.L.neut.n.マイコプラズマ、マイコプラズマ門のタイプ属；-otaは、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.マイコプラズマトータ、マイコプラズマ門)

この分類群の性質はMurray, 1984 [32]の記述による。シノニム：Tenericutes (sic) Murray 1984.

タイプ属： Mycoplasma Nowak 1929 (Approved Lists 1980)。

Myxococcota Phyl. Nov.

(My.xo.coc.co'ta. N.L.masc.n.Myxococcus、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Myxococcota、Myxococcus門)

分類群の性質はWaiteら、2020 [14]の記述による。

タイプ属： Myxococcus Thaxter 1892 (Approved Lists 1980)。

Nitrososphaerota Corrig. Phyl. Nov.

(N.L. fem. N.L. fem. n. Nitrososphaera, 門のタイプ属; -ota, 門を表す語尾; N.L. pl. neut. n. Nitrososphaerota, Nitrososphaera 門)

この分類群の性質はBrocher-Armanet et al., 2008 [33]の記述による。シノニム：Thaumarchaeota (sic) Brochier-Armanet et al. 2008.

Type genus： Nitrososphaera Stieglmeier et al.

ニトロスピノータ Corrig. Phyl. Nov.

(Ni.tro.spi.no'ta. N.L. fem. n. Nitrospina, 門のタイプ属; -ota, 門を表す語尾; N.L. pl. neut. n. Nitrospinota, Nitrospina 門)

この分類群の性質はLücker et al., 2013 [34]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正：Nitrospinae (sic) Lücker et al.

Type genus： Nitrospina Watson and Waterbury 1971 (Approved Lists 1980).

Nitrospirota Corrig. Phyl. Nov.

(ニトロスピロタ. Ni.tro.spi.ro'ta. N.L. fem. n. Nitrospira, 門のタイプ属; -ota, 門を表す語尾; N.L. pl. neut. n. Nitrospirota, ニトロスピラ門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [35]の記述による。シノニム：Nitrospirae (sic) Garrity and Holt 2001.

タイプ属： Watson et al. 1986.

Planctomycetota Corrig. Phyl. Nov.

(Planc.to.my.ce.to'ta. N.L.masc.n.Planctomyces、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Planctomycetota、Planctomyces門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [19]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Planctomycetes (sic) Garrity and Holt 2001.

Type genus： Planctomyces Gimesi 1924 (Approved Lists 1980)。

Pseudomonadota Corrig. Phyl. Nov.

(Pseu.do.mo.na.do'ta. Pseudomonadota、シュードモナス門）。

この分類群の性質はGarrity et al., 2005 [36]の記述の通り。事実上公表されているシノニムの訂正： Proteobacteria (sic) Garrity et al. 2005.

Pseudomonas Orla Jens： Pseudomonas Orla Jensen 1921 (Approved Lists 1980)。

Rhodothermota Corrig. Phyl. Nov.

(Rho.do.ther.mo'ta.）。N.L.masc.n.Rhodothermus、この門のタイプ属；-otaは語尾で門を表す；N.L.pl.neut.n.Rhodothermota、Rhodothermus門)

この分類群の性質はMunoz et al., 2016 [37]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Rhodothermaeota (sic) Munoz et al.

タイプ属： Rhodothermus Alfredsson et al. 1995.

Spirochaetota Corrig. Phyl. Nov.

(Spi.ro.chae.to'ta. N.L.fem.n.Spirochaeta，この門のタイプ属；-ota，門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Spirochaetota，Spirochaeta門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [19]の記述による。Garrity and Holt, 2001.

タイプ属名： Spirochaeta Ehrenberg 1835 (Approved Lists 1980)。

Synergistota Corrig. Phyl. Nov.

(Syn.er.gis.to'ta.）。N.L.masc.n.Synergistes，この門のタイプ属；-ota，門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Synergistota，Synergistes門)

この分類群の性質はJumas-Bilakら, 2009 [38]の記述による。シノニム：Synergistetes (sic) Jumas-Bilak et al. 2009.

Type genus： Synergistes Allison et al.

Thermodesulfobacteriota Corrig. Phyl. Nov.

(Ther.mo.de.sul.fo.bac.te.ri.o'ta.）。N.L.中性名詞：サーモデスルホバクテリウム（Thermodesulfobacterium）門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.複数形中性名詞：サーモデスルホバクテリオータ（Thermodesulfobacteriota）門

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [39]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正：Thermodesulfobacteria (sic) Garrity and Holt 2001. Desulfobacterota Waite et al. 2020は後の異型シノニム。

タイプ属： Thermodesulfobacterium Zeikus et al. 1995.

Thermomicrobiota corrig.

(Ther.mo.mi.cro.bi.o'ta.）。N.L.neut.n.Thermomicrobium、動物門のタイプ属；-ota、動物門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Thermomicrobiota、Thermomicrobium門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [40]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正：Thermomicrobia (sic) Garrity and Holt 2001 emend. Hugenholtz and Stackebrandt 2004）。

タイプ属： Thermomicrobium Jackson ら 1973 (Approved Lists 1980)。

Thermoproteota Corrig. Phyl. Nov.

(Ther.mo.pro.te.o'ta.）。N.L.masc.n.Thermoproteus、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Thermoproteota、Thermoproteus門)

この分類群の性質はGarrity and Holt, 2001 [41]の記述による。事実上公表されているシノニムの訂正： Crenarchaeota (sic) Garrity and Holt 2001.

タイプ属： Thermoproteus Zillig and Stetter 1982.

Thermotogota Corrig. Phyl. Nov.

(Ther.mo.to.go'ta.）。N.L.fem.n.サーモトガ（Thermotoga）門のタイプ属；-otaは門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.サーモトゴータ（Thermotogota）門

この分類群の性質はReysenbach 2001 [42]の記述による。シノニム：Thermotogae (sic) Reysenbach 2001.

Type genus： Thermotoga Stetter and Huber 1986.

Verrucomicrobiota Corrig. Phyl. Nov.

(Ver.ru.co.mi.cro.bi.o'ta。N.L.neut.n.Verrucomicrobium、この門のタイプ属；-ota、門を表す語尾；N.L.pl.neut.n.Verrucomicrobiota、Verrucomicrobium門)

この分類群の性質はHedlund et al., 1997 [43]の記述による。事実上のシノニムの訂正： Verrucomicrobia (sic) Hedlund et al. 1997.

Verrucomicrobium Schles： Verrucomicrobium Schlesner 1988.

資金提供

著者らは、いかなる研究助成機関からも特に助成を受けていない。

利益相反

著者らは利益相反がないことを宣言する。

倫理的声明

ヒトおよび動物を用いた実験は行っていない。

参考文献

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森一郎、山口和彦、崎山祐史、占部俊之、鈴木啓一. また、このような研究成果をもとに、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）、日本学術振興会特別研究員（PD）の5名が、日本学術振興会特別研究員（PD）として参加した。
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筑波大学大学院数理物質科学研究科・筑波大学大学院博士課程修了。|にできるようにあなたがそれをすることができます本当に出くわすことあなたは、実際には私のパートナーとi約束、誰でも素早くはちょうど無視これらの一見正確にどのように{}人のことを忘れることができます。
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