Enteropathway：ヒト腸内細菌叢の代謝経路データベース

Enteropathway：ヒト腸内細菌叢の代謝経路データベース

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.06.28.546710v1

View ORCID Profile城間浩嗣, ユセフ・ダージ, 寺島悦子, 中川善一, 土倉裕貴, 佃直樹, 守屋祐樹, 奥田修二郎, 後藤進, 山田卓司
doi: https://doi.org/10.1101/2023.06.28.546710
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概要
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要旨
ヒトの腸内細菌叢は、宿主の生理機能に影響を及ぼす可能性のある多様で広範な代謝産物を産生する。これらの微生物代謝産物を産生する代謝経路を同定するための多大な努力にもかかわらず、ヒト腸内細菌叢の包括的な代謝経路データベースはまだ不足している。ここでは、835の科学文献から得られた3,121化合物、3,460反応、837モジュールを統合した代謝経路データベースEnteropathwayを紹介する。特に、これらのモジュールのうち757モジュールは新規エントリであり、他のデータベースでは見つけることができない。このデータベースはウェブアプリケーション（https://enteropathway.org）からアクセス可能で、代謝経路をグラフィカルに可視化する代謝図、カスタマイズインターフェース、代謝図上で濃縮されたモジュールをハイライトする濃縮解析機能を提供している。全体として、Enteropathwayは包括的な参照データベースであり、ヒト腸内細菌叢研究における視覚的および統計的解析のためのツールであり、微生物叢と宿主の代謝の間の複雑な相互作用に関する新たな洞察をピンポイントで研究者が得られるように設計されている。
利益相反声明
T.Y.はMetagen Inc.、Metagen Therapeutics Inc.およびdigzyme Inc.の創設者である。メタジェン社は、疾病治療と疾病予防の両面から、ヒトの健康のための腸内環境の設計と制御に焦点を当てている。メタジェン・セラピューティクス社は、糞便微生物叢移植を効果的に実施するための腸内微生物叢バンクの開発に取り組んでいる。 ディグザイム社は、バイオインフォマティクス・アプローチによる酵素の発見に注力している。Y.D.は、バイオインフォマティクス・サービスとコンサルティングを開発・提供するオミキサー・ソリューションズの創設者である。
著作権
本プレプリントの著作権者は著者/提供者であり、著者はbioRxivに本プレプリントを永続的に表示するライセンスを付与している。CC-BY-NC-ND 4.0国際ライセンスの下で利用可能です。
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2023年6月28日掲載
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• bioRxiv の臨床研究パイロットプロジェクトが終了し、健康科学専用サーバー medRxiv (submit.medrxiv.org)が開設されたことに伴い、Clinical Trials と Epidemiology のサブジェクトカテゴリーは新規投稿を締め切りました。臨床試験の結果を報告する新規論文は、medRxivへの投稿が必須となりました。ほとんどの疫学論文もmedRxivに投稿されるべきですが、論文に健康に関する情報が含まれていない場合、著者は他のbioRxivの主題カテゴリー（例えば、遺伝学や微生物学）に投稿することもできます。
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