野生および飼育下のスマトラオランウータン（Pongo abelii）における腸内細菌叢のプロファイリングに関する最初の研究

研究内容（オンライン公開：12-04-2023）
8. 野生および飼育下のスマトラオランウータン（Pongo abelii）における腸内細菌叢のプロファイリングに関する最初の研究

https://www.veterinaryworld.org/Vol.16/April-2023/8.html

サフィカ・サフィカ、アグスティン・インドラワティ、ウサマ・アフィフ、ヨハナ・トリ・ハストゥティ、ズレニ・ズレニ、アフイフ・プラナヤ・ジャティ
ベテリナリーワールド, 16(4)： 717-727
サフィカ・サフィカ IPB University, Bogor, Indonesia, School of Veterinary Medicine and Biomedical Sciences, Division of Medical Microbiology.
アグスティン・インドラワティ インドネシア、ボゴール、IPB大学、獣医学・生物医学部、医用微生物学部門。
ウサマ・アフィフ インドネシア、ボゴール、IPB大学、獣医学部、医用微生物学部門。
Yohana Tri Hastuti：インドネシア、ボゴール、タマンサファリインドネシア、シニア獣医師。
ズレニ Zureni： インドネシア、メダン、クラスII農業検疫センター。
アフィフ・プラナヤ・ジャティ インドネシア・バイオインフォマティクス・生物多様性学会。
doi: 10.14202/vetworld.2023.717-727
記事の履歴 Received： 受理：08-11-2022, 受理：27-02-2023, オンライン公開：12-04-2023
対応する著者 サフィカ・サフィカ
電子メール： safika@apps.ipb.ac.id
引用元：日本経済新聞 Safika S, Indrawati A, Afiff U, Hastuti YT, Zureni Z, and Jati AP (2023) First study on profiling of gut microbiome in wild and captive Sumatran orangutans (Pongo abelii), Veterinary World, 16(4)： 717-727.
ABSTRACT
背景と目的：オランウータンはスマトラ島やカリマンタン島の熱帯林を保全するための「傘の種」である。野生のスマトラオランウータンと飼育下のスマトラオランウータンの腸内細菌叢には著しい変化が見られる。本研究では、野生と飼育下のスマトラオランウータンの腸内細菌叢をプロファイルすることを目的とした。
材料と方法 野生のオランウータンから採取した9個の糞便サンプルと飼育下のオランウータンから採取した9個の糞便サンプルを3つのレプリケートに分けた。各レプリカはランダムに3個を組み合わせ、Illuminaプラットフォームで解析した。Qiime2 (Version 2021.4)による16S rRNAのバイオインフォマティクス研究とマイクロバイオームプロファイリング解析が行われました。
結果は以下の通りです： 異なる微生物分類群の相対的存在量は、野生と飼育下のスマトラオランウータンの間で大きく変化していた。運用分類単位のうち、ファーミキューテス、プロテオバクテリア、バクテロイデーテス、ユーラシア、アシドバクテリア、アクチノバクテリア、ヴェルコミクロビアの様々な割合が優勢であった。ソロバクテリウムは、飼育下のオランウータンの19%にしか認められなかった。Methanobrevibacterは、野生のオランウータン（16％）に多く存在することが確認されました。野生と飼育下を合わせたデータからコアマイクロバイオームを解析したところ、7種がコアであることが判明しました。線形判別分析の効果量によると、飼育下のオランウータンではMicrococcus luteus、Bacteroidescaccae、Lachnospiraceae bacterium、Ruthenibacterium lactatiformans、Haemophilus haemolyticus、Chishuiella spp. がマイクロバイオームのバイオマーカーだったのに対し、Roseburia inulinivorans, Collinsella aerofaciens, Oscillibacter spp、 およびEubacterium halliiは、野生のオランウータンのマイクロバイオームバイオマーカーであった。
結論 野生と飼育下のスマトラオランウータンのマイクロバイオームバイオマーカーには違いがあった。本研究は、スマトラオランウータンの健康における腸内細菌の役割を理解する上で重要である。
キーワード：飼育下のスマトラオランウータン、コアマイクロバイオーム、腸内細菌叢、Pongo abelii、野生のスマトラオランウータン。