【解析ツール】SCENIC+

2023年9月8日　Nature Methods
"SCENIC+: single-cell multiomic inference of enhancers and gene regulatory networks"

SCENIC+: single-cell multiomic inference of enhancers and gene regulatory networks - Nature Methods

細胞はそれぞれ特徴的な遺伝子発現パターンを取っており、それぞれの遺伝子発現パターンはエピゲノムによって制御されている。
遺伝子発現制御ネットワークの解析は、細胞の特性を正しく記述するために非常に重要である。

今回の論文で開発されたツールはsingle cell ATAC-seqとsingle cell RNA-seqのデータを組み合わせて、遺伝子発現制御に重要なエンハンサーを予測し、かつ上流の制御転写因子を推測するSCENIC+というパッケージである。

以前からあるSCENICは遺伝子発現データから制御転写因子を予測していたが、エピゲノムの情報を加えた今回のSCENIC+の方がより正確性が高まることが期待出来る。

single cell ATAC-seqとsingle cell RNA-seqを同時に行う機会がなかなかないが、今後ぜひ活用してみたいツールである。