note内のリンクを貼る際に、短縮URLを使用するとアプリ上では、noteアプリのブラウザが開くように処理されて、結果としてその記事を表示している画面上ではログイン情報が無効になるようですね。
当たり前といえば当たり前ですが、アプリリリースの意外な影響かもしれません。