Tophat/bowtieのインストールとCRAN全てのパッケージインストール

Tophatをインストールするため、NGS解析本p98を試したがうまくいかなかった。原因はhomebrew-scienceが廃止されたためらしい

Homebrew/scienceがbrewsci/bioに移動された話 - Qiita

そこでコンソールにbrewsci/scienceを追加した。

$brew tap brewsci/science

その後、tophatをインストールしたらうまくいった

$ brew install "tophat"

よくわからないけどbioinformatics関連のパッケージをインストールするために下記のコードもターミナルに打っておいた

$brew tap brewsci/bio #バイオインフォマティックス関連 
brew install "FORMULA"

さらに、CRANの全パッケージもインストールするよう書いてあったので(UsefulR/p29)、こちらも試した。

install.packeges(available.packages()[,1])では、

#available .packages()関数がありません

と言われたので、ググって違うことを試したら、なんか実行してくれた

availablePackages <- available.packages()[,1]
install.packages(availablePackages)

下記を打つと、CRAN全てインストールされたものをリストしてくれるらしいよ

installedPackages <- .packages(all.available = TRUE)

Installing all CRAN packages that are not already installed?

追記；

HomebrewではなくてMacportsからインストールしたらいんじゃないか、というページも見かけた

MacPorts の基本設定とコマンドの使い方 - 開発メモ - Webkaru

MacPortsのダウンロードとインストール方法 - 開発メモ - Webkaru

今さら聞けない！Xcodeをインストールする方法【iOSアプリの統合開発環境】iPhone（iOS）アプリの開発で使う、Xcode（エックスコード）のインストール方法を初心者向けに解説した記事です。Xtechacademy.jp

でも結局やらなかった