FSLやCONNなどのアトラスからROIを取り出す方法
例えば「右Heschl回のROIを取り出してseedとして使いたい」などの場合
前提条件
アトラスはROIごとに整数値の番号が振られていることが多い。これを使用してROI(VOI)を取り出す。
方法
FSLに含まれているfslmathsのコマンドを使う。
アトラスはatlas.nii, 右Heschl回の番号が84とする。
取り出したROIには任意の名前をつけられる。今回はHG_r-84.niiと言う名前にする。この時のコマンドは
fslmaths atlas.nii -thr 84 -uthr 84 HG_r-84.nii
こんな感じで取り出せる。
*コードのコピペがうまく行かないときがあるので、エラーが出る場合は手入力してみて下さい。
背景はMNI標準脳
fslmaths
fslmathsはいろんな計算ができて便利。だがユーザーガイドページのようなものは存在しない。fslmaths のコマンドでヘルプを見ることができるがちょっと不親切な内容。なのでこんな記事を書いてみました。
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