Scienceに掲載された、コロナ感染歴とワクチン接種歴の相互作用に関する論文。プロ向けです。

2022年8月10日 12:15

（論文タイトル）
Immune boosting by B.1.1.529 (Omicron) depends on previous SARS-CoV-2 exposure
B.1.1.529 (Omicron)による免疫力増強は、SARS-CoV-2への曝露歴に依存する。

記事のURL。
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abq1841

以下、記事の翻訳。

【解説】
先日読んだInDeepさんの記事中に有ったScience誌の論文が気になったので翻訳してみました。
この論文は27万回以上ダウンロードされていて通常よりも多いそうです。

「ワクチン接種率が高い国では、ブレークスルー感染や頻繁な再感染を伴う症例が相当数発生している」

このような現象が起こる理由を、ワクチン接種歴と新型コロナの感染歴の相互作用から考察した論文です。
新型コロナのどの株に感染したかによって、ワクチンの効果や、免疫機能に与える影響が異なると書いてあります。
解説については、InDeepさんと重複するので、下記InDeepさんの記事を参照してください。

感染歴の重要性

英国における医療従事者の長期研究により、彼らの感染歴とワクチン接種歴を正確に追跡することが可能になった。Reynoldsらは、Omicron/Pango系統のB.1.1.529による最新の感染の波に対して、異種変異体による感染で予想外の免疫減衰効果があることを発見しました。著者らは、オミクロンの感染は他のすべての変異体に対する免疫反応を高めるが、オミクロン自体に対する反応は鈍いことを発見した。また、α変異体への感染では、オミクロン特異的な反応の増強は弱かった。さらに、Wuhan Hu-1に感染した後にオミクロンを感染させても、オミクロンに対する中和抗体やT細胞応答を高めることができなかった。これは、深い刷り込み効果であり、頻繁に再感染が起こる理由を説明するものである。-CA

構造化された要旨

はじめに

B.1.1.529（オミクロン）およびその亜種は，COVID-19パンデミックを制御するための新たな課題を提起している．ワクチン接種を受けた集団は重症化および死亡から比較的保護されているが、ワクチン接種率が高い国では、ブレークスルー感染や頻繁な再感染を伴う症例が相当数発生している。

論拠について

我々は、先祖代々の武漢胡1、B.1.1.529（オミクロン）に対する交差防御免疫を、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）感染の異なる免疫インプリント歴を持つワクチン３回接種医療従事者（HCWs）で解析した。 .1.7 (Alpha), B.1.617.2 (Delta) 波、および B.1.1.529 (Omicron) 波の感染後、それまで感染しなかった人とハイブリッド免疫を持つ人を対象に、 B.1.1.529 (Omicron) 感染が適応免疫をさらに高めることができるかどうかを調査するために行った。スパイクサブユニット1（S1）受容体結合ドメイン（RBD）とスパイク全体の結合、ライブウイルス中和抗体（nAb）効力、メモリーB細胞（MBC）頻度、ペプチドプールと自然加工抗原に対するT細胞応答を評価した。

結果

ワクチンを３回接種したHCWは、過去の懸念される変異体（VOC）に対してB細胞およびT細胞の認識とnAb能力が増強されたが、B.1.1.529（Omicron）そのものに対してはこの免疫増強は抑制された。さらに、B.1.1.7（Alpha）感染後の免疫インプリンティングにより、B.1.1.529（Omicron）に対する抗体結合の耐久性が低下し、S1 RBDおよびスパイク全体のVOC結合と生ウイルスnAb効力はほとんど相関がなかった。ワクチンを３回接種したHCWの半数は、B.1.1.529 (Omicron) S1処理抗原に対してT細胞反応を示さず、全員がSARS-CoV-2感染歴に関係なくB.1.1.529 (Omicron) ペプチドプールに反応低下を示していることが明らかになった。クラスIIヒト白血球抗原トランスジェニックにおけるT細胞免疫のマッピングは、個々のスパイク変異がT細胞エピトープ認識の喪失または獲得をもたらし、T細胞エフェクターおよび制御プログラムに変化をもたらすことを示した。B.1.1.529（オミクロン）の流行時に感染したワクチン３回接種済みの未感染者は、以前のVOCに対して交差反応性S1 RBDおよび全スパイク結合、ライブウイルスnAb効力、T細胞免疫を増強したが、B.1.1.529（オミクロン）自体に対してはそれほど増強されなかった。武漢Hu-1感染による免疫刷り込みは、B.1.1.529（オミクロン）感染後の交差反応性抗体結合、T細胞認識、MBC頻度、nAb効力の増強を無効化することが示された。

結論

SARS-CoV-2感染とワクチン接種の組み合わせにより、ワクチンブーストによるハイブリッド免疫のパターンが明確に刷り込まれた。ワクチンを３回接種した未感染者では、B.1.1.529（オミクロン）感染により免疫防御が増強されるが、武漢Hu-1インプリンティングを行うとこの増強が失われる。この「ハイブリッド免疫減衰」は、免疫インプリンティングによる免疫認識と免疫調節の実質的な破壊を示し、B.1.1.529（オミクロン）波の特徴が、ワクチン３回接種者において重症化に対する防御は比較的保たれているものの、ブレークスルー感染と頻繁な再感染である理由であると考えられる。

ハイブリッド免疫の減衰。 (A) 異なるSARS-CoV-2感染歴を持つワクチンを３回接種したHCWは、VOCに対する交差反応性免疫の増強が見られるが、オミクロンに対する免疫の増強はあまり見られない。(B)オミクロンの波が発生したとき、ワクチンを３回接種した感染歴のない人は、VOCに対する交差反応性免疫を高めるが、オミクロン自体に対する免疫の高まりは少ない。(C）T細胞によるオミクロン変異配列の認識は、転写の変化と関連している。

要旨

重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2型（SARS-CoV-2）のオミクロン（Pango系統B.1.1.529）変異体は、高い感染性と部分中和抗体（nAb）逃避を伴う複数のスパイク変異を有する。SARS-CoV-2は、ワクチン接種により重症化を防ぐことができるが、これは細胞性免疫の活性化によるものと考えられている。我々は，異なるSARS-CoV-2感染歴を持つトリプルBioNTech BNT162b2 messenger RNAワクチン接種者（HCW）のB.1.1.529に対するT細胞およびB細胞免疫を調査した．ワクチン３回接種者では、懸念される以前の変異体に対するBおよびT細胞免疫が増強されたが、B.1.1.529スパイク蛋白に対するTおよびB細胞反応の大きさは減少した。B.1.1.7（Alpha）変異体の感染による免疫刷り込みは、B.1.1.529に対する結合抗体の耐久性を低下させる結果となった。B.1.1.529の波で感染した未感染のHCWは、初期の変異体に対する免疫力が向上したが、B.1.1.529自体に対するnAb効力とT細胞応答が低下した。武漢Hu-1への感染歴があると、B.1.1.529感染時のT細胞認識と交差反応性中和免疫の増強が無効となる。

2021年末、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス2（SARS-CoV-2）Omicron variant of concern（VOC）が急速に広がり、先に最も流行したVOC、B.1.617.2（Delta）（1、2）を置き去りにしました。B.1.1.529（オミクロン）は、これまでの他のVOCよりも祖先のWuhan Hu-1の配列からの分岐が大きく、スパイクタンパク質に36のコーディング変異があり、高い感染率、上部気管支の細胞への感染傾向、インフルエンザ様症状の発現と関連しています（3〜5）。いくつかの研究において、2回または3回接種のワクチン接種は、感染に対する予防効果は低いものの、重症化および入院に対する予防効果があることが示されています（6-8）。このように高い確率で感染が成立する根拠は、ワクチン接種後の免疫血清またはモノクローナル抗体を用いたウイルス中和マッピングにあり、オミクロンは最も抗体免疫回避性の高いVOCであり、力価は通常20〜40倍低下することが示されている（9〜12）。ワクチン接種群ではワクチン非接種群に比べて重篤な症状が相対的に軽減されるのは、残存する中和抗体（nAb）レパートリーによってもたらされる部分的防御とプライミングB細胞およびT細胞の記憶の活性化によるものと考えられる（13-18）。本研究では、ロンドンの医療従事者（HCW）コホート（19-24）の現在進行中の解析を応用して、B.1.1.529（オミクロン）免疫の2つの重要な問題を解決した。まず、パンデミックの現段階にいる人々は、感染とワクチン接種の独特の歴史に由来する異質な免疫刷り込みレパートリーを持っていることを先に示した後、これらの違いが、他のVOCsと比較して、Ab結合および中和、B細胞、T細胞免疫のレベルにおいて、B.1.1.529（Omicron）の交差認識の差としてどのように現れるかを調査した（24）。我々は、詳細な縦断的、臨床的、トランスクリプトーム的、および免疫学的特徴を有するロンドンHCWコホートを分析し、感染やワクチン接種によるスパイク抗原との先行遭遇が、免疫インプリンティングを通じてその後のB.1.1.529（Omicron）に対する免疫を形成するかどうかを検討した。第二に、B.1.1.529 (Omicron)の感染と再感染が非常に広く行われていることから(25)、 B.1.1.529 (Omicron)感染がワクチン免疫に良性の生ブースターとして働く可能性があることである。そこで、B.1.1.529 (Omicron)感染が他のVOCや自身に対する交差反応性BおよびT細胞免疫をどの程度増強するかについて調べた。

結果

3回のワクチン接種後のB細胞免疫
ロンドンのHCWのコホートを2020年3月から2022年1月まで縦断的に追跡調査した。先祖代々のWuhan Hu-1、B.1.1.7（アルファVOC）、B.1.617.2（デルタVOC）、そしてB.1.1.529（オミクロンVOC）による軽度で無症状のSARS-CoV-2感染者HCWを連続感染の波と第1、第2、第3回のmRNA（バイオNTech BNT162b2）ワクチンの接種後で確認した（図1a、図 S1 および表 S1）。我々は、免疫インプリンティングの影響を調べるために、SARS-CoV-2感染とワクチン接種歴の異なる組み合わせを持つ個体を同定した。ヌクレオカプシド（N）およびサブユニット1（S1）スパイク受容体結合ドメイン（RBD）の血清検査を縦断的にモニターした（図1B）。以前報告されたように、3回目のスパイクへの曝露により、大多数のHCWは、直近のワクチン投与から2～3週間後にS1 RBD力価が1/10,000結合抗体単位/ml以上に上昇した。3回目のワクチン接種までには、感染歴にかかわらず、抗体反応はプラトーになった(24)。

図1. SARS-CoV-2感染歴がワクチン３回接種HCWのAbおよびB細胞免疫を変化させた。 (A) HCWのSARS-CoV-2感染歴とワクチン接種歴をグラフにしたもの。(B) 感染歴のないHCW（青、n = 11から245）と武漢胡1（赤、n = 20から71）またはB.1.1.7（アルファ、緑、n = 12から42）波の間に実験室でSARS-CoV-2感染が確認されたHCWのSARS-CoV-2のN（上部パネル）および祖先武漢胡1 S1RBD（下部パネル）に対する血清Ab結合を示す。データは、ワクチン接種前と、BNT162b2の1回目、2回目、3回目の投与後の定められた時点のもの。 (C) 血清S1 RBD Ab結合および(D) 祖先のWuhan Hu-1, B.1.1.7 (Alpha), B.1.351 (Beta), P.1 (Gamma), B.1.617.2 (Delta) および B.1.1.529 に対するnAb IC50 .1.529（オミクロン）の生ウイルスを、3回目のワクチン接種から2～3週間後に、感染していないHCW（青、n＝25）、または先祖代々の武漢Hu-1（赤、n＝18）、B.1.1.7（α、緑、n＝13）またはB.1.617.2（Δ、紫、n＝6）波でSARS-CoV-2の感染が確認されたHCWを対象として接種。(E）祖先のWuhan Hu-1、B.1.617.2（Delta）、B.1.617.2（Delta）に固有のMBCの頻度 .1.529（オミクロン）スパイクS1タンパク質のMBC頻度。(F) 2回目の投与から20〜21週間後（上段）または3回目の投与から2〜3週間後（下段）のMBC頻度データを個々のHCWについてペアごとにプロットしたもの。(G) S1 RBD VOCと全スパイクVOCのAb結合（左側のパネル）およびnAb IC50（右側のパネル）のB.1.1.7（Alpha）およびB.1 .617.2（Delta）に対するnAb IC50（左側パネル）、および感染未経験（青、n = 25）HCWと祖先のWuhan Hu-1 （赤、n = 18）、B.1.1.7（α、緑、n = 13）、および B.1.617.2 （Delta、紫、n = 6）波に感染したHCWのNCV。統計検定はPrism 9.0を用いて行った。(B) ～ (E)] Mann-Whitney U test, (F) Wilcoxon matched-pairs signed rank test, (G) Spearman's rank correlation.f/u；経過観察； w, weeks.

3回目のワクチン接種から2～3週間後のHCW（表S1）において、祖先のWuhan Hu-1と各VOCに対するRBD（図1C）、ホールスパイク（図S2）、ライブウイルスnAb半値阻止濃度（IC50）（図1D）に対する抗体価を比較検討した（表S2）。ワクチン接種を受けたHCWを、感染未経験者であるか、あるいは過去にWuhan Hu-1、B.1.1.7（α）、B.1.617.2（Δ）に感染したかによって層別した（図1A）。その結果、武漢Hu-1の祖先の波で感染した者は、感染していないHCWと比較して、B.1.351（ベータ）、P.1（ガンマ）、B.1.1.529（オムクロン）に対する抗RBD力価が著しく減少することが、免疫刷り込み上の差異として認められた（Fig.1C）。武漢Hu-1およびB.1.1.7（アルファ）の感染経験のあるハイブリッド免疫群は、武漢Hu-1、B.1.1.7（アルファ）およびB.1.617.2（デルタ）に対してより強力なnAb応答を示した（Fig. 1D）。しかし、SARS-CoV-2感染歴の有無にかかわらず、B.1.1.529（Omicron）に対する交差反応性S1 RBD免疫グロブリンG（IgG）抗体およびnAb IC50は他のVOCと比較して著しく減少した（表S3および図1、C、D）。
Wuhan Hu-1、B.1.617.2（Delta）、B.1.1.529（Omicron）のS1タンパク質に対するメモリーB細胞（MBC）頻度は、2回目のワクチン投与から20〜21週間後に比べて、3回目のワクチン投与から2〜3週間後に上昇した（Fig. 1E）。感染歴に関係なく、Wuhan Hu-1とB.1.617.2 (Delta) S1に対するMBC頻度はほぼ同じだったが、B.1.1.529 (Omicron) S1に対するものは、3回目のワクチン投与から2～3週間後に著しく減少した［B.1. .1.529 (Omicron) S1 の MBC 頻度を武漢 Hu-1 S1 と比較すると、感染未経験者では 2.0 倍 (P = 0.0156) 、武漢 Hu-1 感染では 2.4 倍 (P = 0.0020) 、B.1 (α)感染では 1.9 倍 (P = 1.050) となった。 .1.7（Alpha）感染で1.9倍（P = 0.0312）、B.1.617.2（Delta）感染で2.9倍（P = 0.0312）］、2度目の投与後20～21週目に［B.1 .1.529 (Omicron) の MBC 頻度を武漢 Hu-1 と比較すると、感染していない HCW では 2.5 倍 (P = 0.0039) 、武漢 Hu-1, B.1.1.7 (Alpha) および B.1.617.2 (Delta) 感染群ではそれぞれ 2.2 倍 (P = 0.0039)、 2 倍 (P = 0.0078) および 2.9 倍 (P = 0.1250) である]（図 1Fおよび表 S4）。
S1 RBDまたはホールスパイク抗体結合とライブウイルスnAb IC50は、B.1.1.7 (Alpha) とB.1.617.2 (Delta) で相関したが、B.1.351 (Beta), P.1 (Gamma) および B.1.1.529 (Omicron) では認められなかったため、抗体結合血清はnAb IC50のマーカーとしては不適切なことが分かった（図1G、および図S3）。VOCのRBDおよびスパイク全体への結合と、生ウイルスによるnAb IC50との差は、RBDおよび/またはスパイク以外の領域、あるいは感染時にのみ露出するコンフォメーションエピトープを標的とする抗体が、中和に寄与する可能性を示唆した（26、27）（図1、C、D）。

3回ワクチン投与後のT細胞免疫

次に、武漢Hu-1、B.1.1.7（Alpha）、B.1.617.2（Delta）の3波感染または未感染のHCWにおいて、3回目のワクチン接種後2〜3週間のT細胞応答を比較した（図S1、表S1）。祖先のWuhan Hu-1スパイクペプチド（表S5A）のマッピングされたエピトーププール（MEP）に対するT細胞免疫を、祖先のWuhan Hu-1のスパイクS1タンパク質またはB.1.617.2（Delta）もしくはB.1.1.529（Omicron）突然変異を含むS1タンパク質に対して比較した。Wuhan Hu-1、B.1.617.2 (Delta)、B.1.1.529 (Omicron) 配列の全S1タンパク質抗原から自然に加工されたエピトープに対するT細胞応答を測定することにより、実際の感染で示される免疫優位性の反応に焦点を当てることができました。Wuhan Hu-1 S1タンパク質に対するT細胞応答は、MEP刺激によって誘発されたものと同じであり、大多数が強い応答を示した（図2A）。しかし、S1 B.1.1.529 (Omicron)タンパク質に対しては、反応の大きさが著しく減少していることが分かった。全体として、S1 B.1.1.529（オミクロン）タンパク質に対しては、SARS-CoV-2感染歴に関係なく、半分以上（27/50、54％）がT細胞反応を示さなかったのに対し、祖先のWuhan Hu-1 S1タンパク質に対しては8％（4/50）がT細胞応答を示した（P < 0.0001, カイ二乗検定）（図 2A）。* S1タンパク質は、T細胞応答が低い。B.1.1.529 (Omicron) S1に対するT細胞反応 [spot forming cells (SFC)] の幾何平均の、祖先のWuhan Hu-1 S1タンパク質との比較における倍数減少は、未感染のHCWでは17.3倍（青、P < 0.0001）、以前にWuhan Hu-1に感染した者（赤、P = 0.001）、以前にB. 1.0.7 (Alpha) に感染した者は8.5倍であった。 .1.7（Alpha）感染者（緑、P = 0.002）、およびB.1.617.2（Delta）感染者（紫、P = 0.0625）HCWsで19倍となった（Fig. 2B）。

図2. 3 種類のワクチンを接種した HCW における B.1.1.529（オミクロン）の T 細胞による交差認識。 (A) 祖先の武漢Hu-1スパイクMEPプールまたは祖先の武漢Hu-1、B.1.617.2（Delta）、およびB.1 .1.529 (オミクロン) VOC S1タンパク質。感染していないHCW（青）または実験室でSARS-CoV-2感染が確認されたHCWのPBMCで、祖先のWuhan Hu-1 （赤）、 B.1.1.7 （アルファ、緑）、および B.1.617.2 （デルタ、紫）波中、VOC S1タンパク質を検出した。3回目のワクチン投与から2～3週間後にPBMCを採取し、IFNγ ELISpotでT細胞応答を評価した。円グラフは、各抗原に対して検出可能なT細胞応答を有する応答者のパーセンテージを示す。(B) スパイクMEPプールとS1タンパク質のT細胞応答を、個々のHCWについて一対ずつプロットしたもの。(C）SARS-CoV-2スパイクで見つかったB.1.1.529（Omicron）変異または同等の元の祖先Wuhan Hu-1配列を含むペプチドプールに対するT細胞反応。感染していないHCW（青）または祖先のWuhan Hu-1（赤）、B.1.1.7（アルファ、緑）またはB.1.617.2（デルタ、紫）波の間に感染したHCWからのPBMCを、オリジナルのWuhan Hu-1またはB.1.1.529配列を含むペプチドプールで刺激し、ペアを並べてプロットした。(A) Mann-Whitney U test, [(B) and (C)] Wilcoxon matched-pairs signed rank test.統計的検定はPrism 9.0を使用して実施した。

VOC配列変異のT細胞認識を調べるために、B.1.1.529 (Omicron) S1およびS2スパイク変異のすべてをカバーするように特別に設計されたペプチドプールと、同等のWuhan Hu-1配列を含むマッチしたプールを用いた（図2Cと表S5B）。B.1.1.529（Omicron）ペプチドプールに対するT細胞応答は、以前の感染歴に関係なく、Wuhan Hu-1プールと比較して減少した［B.1.1.529に対するT細胞応答の減少 .1.529 (Omicron) ペプチドプールと同等の祖先の武漢 Hu-1 ペプチドプールに対する T 細胞応答の低下は、感染未経験者（青、P = 0.0003）で 2.7 倍、武漢 Hu-1 感染経験者（赤、P = 0.0039）で 4.6 倍、B. 1.7 (Alpha) 感染経験者で 2.7 倍であった。 .1.7（Alpha）感染者（緑、P = 0.0039）、およびB.1617.2（Delta）感染者（紫、P = 0.1250）］（図2C）がある（図2C）。実際、HCWの42%（21/50）は、B.1.1.529（Omicron）VOC変異体プールに対して全くT細胞反応を示さなかった（図2C）。
SARS-CoV-2感染歴の異なるワクチン３回接種者において、B.1.1.529 (Omicron) S1抗原およびペプチドプールのT細胞交差認識が有意に低下していることが示唆された（図2C）。B.1.1.529（オミクロン）に対するT細胞およびnAb反応は不一致で、B.1.1.529（オミクロン）S1に対するT細胞反応がないHCWのほとんど（20/27、74％）が、IC50＞195のB.1.529に対するnAb交差反応性（図S4）を作った（図S4）。

B.1.1.529（Omicron）スパイク変異は、T細胞エピトープの獲得と喪失を包含する

異種ヒト白血球抗原（HLA）対立遺伝子を持つコホート間で個々のT細胞エピトープにおける変異の効果をマッピングすることに内在する複雑さのため、HLA-DRB104:01トランスジェニックマウス（23、24）（図3）を使ってB.1.1.529（Omicron）スパイク変異の認識の違いをマッピングした（図3）。B.1.1.529（Omicron）特異的S1およびS2スパイク変異を含むペプチドプールとその祖先のWuhan Hu-1相当プールは、祖先のWuhan Hu-1とB.1.1.529（Omicron）配列特異的ペプチドプールのいずれかによって差次的に、配列特異的T細胞プライミングが認められた（図3Aおよび表S5B）。すなわち、HLAIIトランスジェニックマウスを祖先のWuhan Hu-1またはB.1.1.529（Omicron）配列特異的ペプチドプールのいずれかで免疫することにより、B.1.1.529（Omicron）スパイク突然変異の結果として生じる、差のある配列特異的T細胞プライミングについて調べることができるようになった。我々は、一方のプールでプライミングすると、他方のプールに対する反応が損なわれることを示した(Fig. 3A)。次に、個々のHLA-DRB104:01エピトープに対する反応を見た。注目すべきは、B.1 .1.529（オミクロン）変異は4つの事例で明確なHLA-DR4制限T細胞エピトープの消失と関連していた（図3B: S371L/S373P/S375F, P = 0.0006; N440K/G446S, P = 0.0210)。 0210; Q493R/G496S/Q498R/N501Y/Y505H, P = 0.0064; N679K/P681H, P = 0.0128), 4例の変異配列エピトープはオミクロン特異的HLA-DR4 T細胞エピトープのde novo獲得（図3C: A67V/del69-70, P = 0.0152; G142D/del143-5, P = 0.0152; Q493R/ G496S/ Q498R/N501Y/ Y505H/N679K/P681H, P = 0.0281; N764K, P = 0.0281). G142D/del143-5変異は機能獲得エピトープを作り、T細胞に認識されない領域から、Tヘルパー1（TH1）/TH17エフェクタープログラムを誘導する領域に切り替わった（図3D）。我々は以前、N501Y変異がT細胞エフェクター刺激エピトープを免疫調節の誘導因子に変換することを示した（24）。この発見は、Q493R/G496S/Q498R/N501Y/Y505H変異エピトープのより広範な変化によって確認され、繰り返された(Fig. 3E)。

図3. B.1.1.529（オミクロン）スパイク変異はT細胞認識を変化させる。 (A) マウスH2-Aβのホモ接合体ノックアウトの文脈でDRB1*0401を持つHLAIIトランスジェニックマウス（7〜8週齢）に、Omicron配列変異を包含する18個のペプチドからなるB.1.1.529 (Omicron, n = 7) VOCプールか、同等の非変異配列を持つペプチドの祖先Wuhan Hu-1 プール (n = 6) を免疫化した。10日目に、免疫したマウスから排出リンパ節（DLN）細胞を調製し、Wuhan Hu-1（赤）またはB.1.1.529（Omicron、黒）のいずれかのペプチドプールで刺激し、T細胞応答をIFNγ ELISpotで測定した。(B) Wuhan Hu-1ペプチドプール (n = 7) または (C) B.1.1.529 (Omicron, 黒) ペプチドプール (n = 6) から得た DLN 細胞を用いて、個々の Wuhan Hu-1 (red) または B.1.1.529 (Omicron, black) ペプチドに対して IFNγ T 細胞応答をマップした免疫したマウスを用いた。アミノ酸残基の1文字略号は以下の通りである。A, Ala; C, Cys; D, Asp; E, Glu; F, Phe; G, Gly; H, His; I, Ile; K, Lys; L, Leu; M, Met; N, Asn; P, Pro; Q, Gln; R, Arg; S, Ser; T, Thr; V, Val; W, Trp; および Y, Tyr. (DおよびE) B.1.1.529 (Omicron) G142D/del143-5 ペプチドをプライムした (D) (n = 6) または Wuhan Hu-1 Q493R/G496S/Q498R/N501Y/Y505H ペプチドをプライムした (E) (n = 6) HLA-DRB1*04:01 transgenic マウスから採取した DLN 細胞における T 細胞活性化マーカーの相対遺伝子発現を示すヒートマップである。DLN細胞は、RNA抽出前に10μg/ml Wuhan Hu-1またはB.1.1.529（Omicron）変異ペプチドで24時間in vitroで刺激された。ヒートマップに示された遺伝子は、ペプチドなしのコントロールと比較して、Wuhan Hu-1またはB.1.1.529 (Omicron) variantペプチドで刺激した細胞で有意にアップレギュレートされている（P < 0.05）。統計検定は、Prism 9.0またはQiagen GeneGlobeデータ解析ツールを用いて遺伝子発現データについて実施した。(A) ～ (C)] Wilcoxon matched-pairs signed rank test, [(D) and (E)] Student's t test.

B.1.1.529（オミクロン）感染後のB細胞免疫について
次に、3回目のワクチン接種から14週間後、B.1.1.529（オミクロン）の波で破局感染を起こしたHCWを調査した。これらの人々は、B.1.1.529（オミクロン）波の感染を免れた感染未経験者と武漢のHu-1感染者である（図4A、表S6、S7、図S1）と比較された。B.1.1.529（オミクロン）波感染時に武漢のHu-1感染者であったHCWは、N抗体結合率が最も高かった（図4B、表S6、表S7）。B.1.1.5129（オミクロン）波に感染した後、以前は感染していなかったワクチン３回接種HCWは、すべてのVOCとB.1.1.529（オミクロン）自体に対して有意に交差反応抗体結合反応を増加させた。S1 RBD（図4Cおよび表S2）、スパイク全体（図4Dおよび表S2）、およびnAb IC50（図4E）である。しかし、B.1.1.529 (Omicron) 自身に対しては、祖先のWuhan Hu-1と比較して、S1 RBD結合が4.5倍 (P = 0.001) 、nAb IC50が10.1倍 (P = 0.002) 減少し、抗体結合とnAb IC50は減衰していた。このように、B.1.1.529（オミクロン）波の感染によって、すべてのVOCsに対して強力な交差反応性抗体免疫が生じたが、B.1.1.529（オミクロン）自体に対してはそれほどでもなかった。

図4. B.1.1.529（オミクロン）波感染後のワクチン３回接種HCWのAb細胞およびB細胞免疫。 (A) B.1.1.529（オミクロン）波で調査したHCWのSARS-CoV-2感染とワクチン接種歴を示す図式的概要。(B) 感染していないHCW（青、n = 11）、または先祖代々の武漢Hu-1（赤、n = 4）、B.1.1.529（オミクロン）の時代に実験室でSARS-CoV-2感染が確定したHCWにおける3度目のワクチン接種後14週（中央値14週、IQR、3週）でのSARS-CoV-2 Nに対する血清AB結合能。 .1.529（オミクロン、黒、n = 11）、または武漢Hu-1に続いてB.1.1.529（オミクロン、ピンク、n = 6）の感染波の間にSARS-CoV-2感染が検査室で確認されたHCW。(C) 祖先のWuhan Hu-1、B.1.1.7（アルファ）、B.1.351（ベータ）、P.1（ガンマ）、B.1.617.2（デルタ）、および B.1 .1.529（オミクロン）タンパク質。感染していないHCW（青、n = 11）、または祖先のWuhan Hu-1（赤、n = 4）、B.1.1.529（オミクロン、黒、n = 11）、Wuhan Hu-1とB.1.1.529（オミクロン、ピンク、n = 6）波において感染済みのHCWのものである。(D）祖先の武漢Hu-1、B.1.1.7（アルファ）、B.1.351（ベータ）、P.1（ガンマ）、B.1.617.2（デルタ）、AY4.2（デルタ亜種）、およびB.1.1. .1.529（オミクロン）全スパイクタンパク質を、感染していないHCW（青、n = 11）、または祖先のWuhan Hu-1（赤、n = 4）、B.1.1.529（オミクロン、黒、n = 11）、Wuhan Hu-1とB.1.1.529（オミクロン、ピンク、n = 6）波間に以前に感染したHCWの両方で測定した結果。(E) 感染していないHCW（青、n＝11）、または祖先の武漢Hu-1（赤、n＝4）、B.1.1.529（オミクロン、黒、n＝11）、武漢Hu-1とB.1.1.529（オミクロン、ピンク、n＝6）波の間に感染経験のあるHCWにおける武漢Hu-1とVOC生ウイルス分離株に対する中和抗体IC50．(F) 感染していないHCW（青、n = 11）、または祖先のWuhan Hu-1（赤、n = 4）、B.1.1.529（Omicron）S1およびRBD結合タンパク質に特異的なMBCの発生頻度。 .1.529（オミクロン、黒、n = 11）、または武漢Hu-1に続いてB.1.1.529（オミクロン、ピンク、n = 6）波で過去に感染したHCWのこと。(G) 全スパイクとS1 RBD Ab結合（左側のパネル）またはnAb IC50とS1 RBD Ab結合（右側のパネル）の相関は、B.1 .1.529 (オミクロン) VOC の感染ナイーブ (青、n = 11) または祖先の武漢 Hu-1 (赤、n = 4), B.1.1.529 (オミクロン、黒、n = 11) または武漢 Hu-1 と B.1.1.529 (オミクロン、ピンク、n = 6) 波に感染した HCWs における。すべてのデータは、3回目のワクチン投与から14週間後（中央値、14週間；IQR、3週間）に採取した試料から得られたものである。統計学的検定はPrism 9.0を使用して実施した。(B)〜(F)】マン・ホイットニーのU検定、【(G)】スピアマンの順位相関。

B.1.1.529（オミクロン）接種時に感染しなかった3回接種の未感染者HCWは，3回目接種後14週目にB.1.1.529に対するnAb IC50反応を示さず，2～3週間後の平均値1400から14週間後には0へと急速に低下した（P = 0.0312） (Fig 4E and figure S5A) ．
武漢Hu-1感染歴のあるHCWがB.1.1.529（オミクロン）波に感染した場合、N抗体反応は高かったが（図4B）、S1 RBD（図4C）、スパイク全体（図4D）抗体結合やB.1.1.529（オミクロン）や他のVOCに対する生ウイルスnAb IC50（図4E、図S5B）には増加がみられなかった。したがって、B.1.1.529（オミクロン）感染は、以前に感染していない3回接種の未感染HCWにおいて、自身および他のVOCに対する結合およびnAb応答を高めることができるが、武漢Hu-1の事前感染後の免疫刷り込みとの関連ではできない。武漢Hu-1感染による免疫インプリンティングは、B.1.1.529（オミクロン）および他のVOCsに対するnAb反応の増強を完全に無効化した（図4E）。
B.1.1.529(Omicron)のS1およびRBDタンパク質に対するMBC頻度の増加は、B.1.1.529（Omicron）の波の間に感染した以前は未感染のHCWで観察された（Fig. 4F）。しかし、武漢Hu-1波で感染し、B.1.1.529波で再感染したHCWでは、この現象は認められなかった（Fig. 4F）。
B.1.1.529（オミクロン）感染により、3回接種の未感染HCWでは、試験したすべてのVOCに対する交差反応性Ab反応が増強したが、武漢Hu-1感染経験者ではそうではなく、B.1.1.529（オミクロン）自身に対してはそうではなかった（図4のCからE）。これに伴い、Wuhan Hu-1、B.1.617.2（Delta）、B.1.1.529（Omicron）のS1およびRBDタンパク質に対するMBC頻度は、3剤接種した感染未経験者で増加したが、Wuhan Hu-1の過去の感染によってインプリントされた者では減少しなかった（図4 F）。
S1 RBDまたはホールスパイク抗体結合とライブウイルスnAb IC50は、B.1.1.529（Omicron）［相関係数（r）0.687、P < 0.0001］および試験したすべてのVOCs（r > 0.539）で相関したが、HCWの多くが、B.1 .1.529（Omicron）に対するライブウイルスnAb IC50が検出できない点でかなり不一致であった。 .1.529 (Omicron)に対するS1 RBD (Omicron)結合血清は3412から20484の範囲を記録し、S1 RBD (VOC) 抗体結合血清は誤解を招く恐れがあり、nAbのマーカーとしては不十分なことが示された（図4Gと図S6）。

B.1.1.529（オミクロン）感染後のT細胞免疫

次に、B.1.1.529（オミクロン）波中のブレイクスルー感染後のT細胞免疫について検討した。3回目のワクチン接種から14週間後（9/10、90％）、それまで感染していなかったHCWは、B.1.1.529（オミクロン）S1タンパクに対する交差反応性T細胞免疫を認めなかった（図5A）。

図5. B.1.1.529（オミクロン）波に感染したワクチン３回接種HCWにおけるT細胞応答。 (A) 祖先の武漢 Hu-1 スパイク MEP プールまたは武漢 Hu-1、B.1.617.2（Delta）、および B.1 .1.529 (オミクロン) VOC S1 タンパク質に対する T 細胞反応。感染未経験の HCW（青、n = 10）または実験室で SARS-CoV-2感染が確認された HCW から武漢 Hu-1 （赤、n = 3）、 B.1.1.529 （オミクロン、黒、n = 11）または武漢 Hu-1 と B.1.1.529 （オミクロン、ピンク、n = 6）波中に採取した PBMC。3回目のワクチン投与から14週間後（中央値、14週間、IQR、3週間）にPBMCを採取し、IFNγ ELISpotによりT細胞応答を評価した。円グラフは、各抗原に対して検出可能なT細胞応答を示したパーセンテージを示す。(B.1.1.529（オミクロン、黒、n = 11）波に感染した、以前は感染しなかったワクチン３回接種HCWのスパイクMEPプールとS1 VOCタンパク質に対するT細胞反応。(C) 武漢胡1、B.1.617.2（Delta）、B.1.1.529（Omicron）のS1タンパク質に対するT細胞応答を、未感染のHCW（青、n = 10）、または武漢胡1（赤、n = 3）、B.1 .1.529（Omicron）の波の最中にSARS-CoV-2に実験室で感染が確定したHCWの2対でプロットしたものである。 .1.529（オミクロン、黒、n = 11）、または武漢Hu-1に続いてB.1.1.529（オミクロン、ピンク、n = 6）の波が発生したときに、SARS-CoV-2感染が確認されたHCW。(A) Mann-Whitney U test, [(B) and (C)] Wilcoxon matched-pairs signed rank test.統計的検定はPrism 9.0を使用して実施した。

B.1.1.529（オミクロン）S1蛋白に対するT細胞応答は，感染未経験のHCWの感染後のWuhan Hu-1 S1およびB.1.617.2（Delta）S1に対してワクチン３回接種HCWでは有意に減少した［幾何平均値。武漢Hu-1、B.1.617.2（Delta）、B.1.1.529（Omicron）S1タンパク質について、それぞれ57、50、6SFC；P = 0.001）] （図5B）。B.1.1.529（オミクロン）波に感染したHCWは、スパイクMEP、祖先のWuhan Hu-1 S1、B.1.617.2（Delta）S1タンパク質に対して同様のT細胞反応を示したが、B.1. .1.529 (オミクロン) S1 タンパク質に対するT細胞反応（SFC）の幾何平均の減少（Wuhan Hu-1 S1 に対するものと比較して：B.1.617.2 S1 に対して 1.1 倍減少、P = 0.6836; B.1.1.529 S1 に対して 10 倍減少、P = 0.001）（図5B). したがって、オミクロン感染波中のワクチン３回接種HCWの突破口感染は、スパイクMEPプール（P = 0.0117）、祖先の武漢Hu-1（P = 0.0039）、B.1.617.2（Delta）（P = 0.0003）、およびB.1. .1.529 (Omicron)（図 5A）。スパイク MEP（P = 0.001）、武漢 Hu-1（P = 0.001）、および B.1.617.2 (Delta) （P = 0.001）と比べた B.1.1.529 （Omicron）S1タンパク質自体に対するT細胞応答が著しく減少した（図 5、B および C）。
注目すべきは、武漢Hu-1波において、SARS-CoV-2感染歴のあるHCWのうち、B.1.1.529（Omicron）S1タンパクに反応した者はいなかった（0/6）（図5A）ことである。このことは、B.1.1.529（オミクロン）感染は、B.1.1.529（オミクロン）そのものに対するT細胞免疫を高めることができなかったことを示唆している。武漢Hu-1感染による免疫インプリンティングによって、B.1.1.529（オミクロン）S1タンパク質に対するT細胞応答が欠如してしまったのである。これらの知見は、3つの抗原に対する個々のHCWのT細胞反応の低下を示す対のデータでさらに強調された。個人ベースでは、ほとんどのHCWはB.1.617.2 S1のT細胞認識は維持していたが、B.1.1.529 S1のT細胞認識は一般的に低下していた（図5C）。図4に示したデータを総合すると、第一波で武漢Hu-1に初感染し、その後B.1.1.529（オミクロン）の波で再感染した人は、nAbとT細胞認識のレベルでB.1.1.529（オミクロン）に対するT細胞免疫力が向上しないことが一貫して証明されることになる。
先行感染によるオミクロンT細胞・B細胞免疫の刷り込みは異なる
SARS-CoV-2の先行感染が免疫インプリンティングに及ぼす影響をより詳細に調べるため、我々はさらにHCWコホートの反応を縦断的に調査した（図6Aおよび図S1）。まず、ワクチン接種とSARS-CoV-2感染の主要な時点で、縦断的コホート全体のS1 RBD（祖先のWuhan Hu-1とOmicron VOC）抗体結合反応を調べ、異なる曝露がいかに差違交差反応免疫と耐久性を刷り込んでいるのかを探った。その結果、武漢Hu-1またはB.1.1.7（Alpha）感染後16〜18週目に、ワクチン未接種のHCWはB.1.1.529（Omicron）に対する検出可能な交差反応性S1 RBD結合抗体を認めなかった（図6C）。

図6. SARS-CoV-2感染により、VOCに対するAbの交差反応性に差異が生じた。 (A）調査対象HCWのSARS-CoV-2感染およびワクチン接種歴を示す図式。感染歴のないHCWは青色で示されている。武漢胡1（赤）、B.1.1.7（アルファ、緑）とB.1.617.2（デルタ、紫）、B.1.1.529（オミクロン、黒）、武漢胡1に続いてB.1.1.529（オミクロン、ピンク）である。(BおよびC）感染していないHCW（青、n＝11〜29）または実験室でSARS-CoV-2感染が確認されたHCWにおける祖先の武漢Hu-1 S1 RBD（B）および B.1.1.529（Omicron）S1 RBD（C）に対する血清AB結合は、Wuhan Hu-1 （赤、n＝4〜27）、 B.1.1.529（Omicron .1.7（アルファ、緑、n = 8から35）、B.1.617.2（デルタ、紫、n = 6から7）、B.1.1.529（オムロン、黒、n = 11）または武漢Hu-1に続いてB.1.1.529（オムロン、ピンク、n = 6）波。データは、ワクチン接種前と、1回目、2回目、3回目のワクチン接種後の時点のものである。(D）祖先のWuhan Hu-1、B.1.1.7（アルファ）、B.1.351（ベータ）、P.1（ガンマ）、B.1.617.2（デルタ）に対する交差反応性nAb IC50およびB.1. .1.529（オミクロン）生ウイルス感染していないHCW（青、n = 24）または武漢Hu-1の際に実験室でSARS-CoV-2感染が確認されたHCW（赤、n = 18）、3度目のワクチン投与から2～3週間後のB.1.7（アルファ、緑）生ウイルス .1.7（アルファ、緑、n = 13）またはB.1.617.2（デルタ、紫、n = 6）波、およびB.1.1.529（オミクロン、黒、n = 11）または武漢Hu-1とB.1.1.529（オミクロン、ピンク、n = 6）波でSARS-CoV-2を確認したHCWにおける3度目のワクチン投与の後14週（中央、14週間、IQR、3週）においてであった。データは個々のHCWについて一対ずつプロットされている。(E）祖先のWuhan Hu-1、B.1.1.7（アルファ）、B.1.351（ベータ）、P.1（ガンマ）、B.1.617.2（デルタ）およびB.1 .1.529（オミクロン）生ウイルスを、感染していないHCW（n＝11）または検査室で感染が確認されたHCWで、3回目のワクチン投与後14週（中央値、14週；IQR、3週）にB.1.1.529（オミクロン）、武漢胡1（n＝4）または武漢胡1後にB.1.529（オミクロン）の波の間に、接種を行った。統計学的検定はPrism 9.0を用いて行った。(B)、(C)] Mann-Whitney U 検定。

B.1.1.529（Omicron）に対するS1 RBD結合抗体は，ハイブリッド免疫（先行感染と1回のワクチン接種の組み合わせ）により，1回のワクチン接種では検出できなかった未感染HCWの反応と比較して有意に増加した（P < 0.0001）．この増加は，B.1.1.7（Alpha）感染者よりも武漢Hu-1感染者で有意に大きかった（P＜0.0002）（図6，BおよびC）．
2回接種後2～3週目には，S1 RBD B.1.1.529（Omicron）結合抗体のレベルアップが認められ，未感染者，武漢Hu-1またはB.1.1.7（α）感染者HCWは同様の応答を示した（図6，B，C）．
しかし、2回目のワクチン接種から20～21週後、B.1.1.529（オミクロン）RBDの抗体価が低下し、ほぼ全員（19/21）のHCWがB.1.1.7（アルファ）第2波で感染し、B.1.1.529（オミクロン）RBDに対する交差反応抗体が検出不能になったことが認められた（図6C）。これは、第1波で武漢Hu-1に感染したHCWが、B.1.1.529 (Omicron) RBDに対して有意に高い交差防御抗体反応を示したのと異なる（P < 0.0001）(図6C). この差は、祖先のWuhan Hu-1スパイクS1 RBDに対するAb反応には見られないことから（図6B）、Wuhan Hu-1に感染したHCWとB.1.1.7（アルファ）間のB.1.1.529（Omicron）特有の免疫抗体衰退に対する免疫インプリンティングによる深い差動を示すものである。
ここでも、3回目のワクチン投与から2〜3週間後に、感染していないHCWと感染済みのHCW（Wuhan Hu-1、B.1.1.7（Alpha）、B.1.617.2（Delta））で同様のB.1.1.529（Omicron）RBD結合へのレベルアップがありました（図6、BおよびC）。B.1.1.529（Omicron）波で感染した未感染のHCWは、3回目のワクチン接種から14週間後にS1 RBD B.1 .1.529（オミクロン）結合反応は増加したが、武漢の胡人感染者は増加しなかった。これは、武漢の胡人感染者はB.1.1.529（オミクロン）そのものに感染しても、B.1.1.529（オミクロン）への抗体結合反応が増加しないよう免疫インプリントされていたことがわかる(Fig. 6C).
実際、B.1.1.529（オミクロン）波の感染では、異なる個体間でVOCに対する交差中和免疫の一貫した相対的階層が刷り込まれ、B.1.1.7（アルファ）、B.1.351（ベータ）、B.1.617.2（デルタ）に対する強力な交差反応性を持つnAb反応が見られた（図6、DおよびE）。VOCの交差中和のためのnAb効力の比較分析では、第1波で感染し、B.1.1.529（Omicron）波で再感染したワクチン接種HCWのnAb応答を効果的に無効にする免疫インプリンティングの影響が強調された。図6Eのドーナツは、武漢胡1感染前のHCWにおいて、nAb反応の相対的な効力がどの程度減弱しているかを示している。

考察

パンデミックの現段階では、B.1.1.529（オミクロン）の世界的な広がりは、比較的軽度の疾患表現型との関連や、おそらくワクチン免疫を高める可能性を通じて、新しい流行関係への移行を告げるものかもしれないという見解がある(28). ワクチンによる免疫前処理が減弱型表現型の主要なメディエーターであることを示す根拠は複雑である。B.1.1.529（オミクロン）に対して、ワクチンを接種した血清による機能的中和はかなり低下するが、症候性疾患に対する3回接種の効果は50〜70％の範囲で維持されている（6-8）。そこで、抗体エピトープの消失によらず、ウイルスエピトープに対する比較的高いT細胞応答頻度が維持されることにより、免疫防御が行われている可能性が提唱されている(13-18)。このT細胞による防御の根拠は、SARS-CoV-2特異的T細胞が肺ウイルス量を抑制する直接的な能力を示す動物実験にある(29)。(i) 私たちや他の研究者によって示された抗ウイルス免疫の非常に多様なパターンが、免疫刷り込みの差によって決定されることを考慮すると、感染やワクチン接種による抗原曝露の差は、結合抗体やnAb、MBC、T細胞反応のレベルでB.1.1.529（オミクロン）に対する免疫応答をどのように変えるだろうか。(ii) B.1.1.529 (Omicron) wave中の感染後の免疫応答はプライミングされ、防御免疫のサポートに十分利用可能か？武漢胡1、B.1.1.7（アルファ）、B.1.617.2（デルタ）のいずれかの感染波からハイブリッド免疫ありまたはなしの3剤接種という多様なスパイク曝露によって呼び起こされた交差反応性免疫と、次にB.1.1.529（オムロン）の波の間の実際の感染の相加効果を考慮し、HCWコホートの経時的にB.1.1.529に対する免疫を検討した。本論文の前半では，ワクチン３回接種を受けたHCWの反応パターンを報告する．第2部では、ワクチン３回接種したにもかかわらず、B.1.1.529（オミクロン）波に感染した人々の免疫反応について検討した。その結果、いくつかの予想外の知見が得られた。B.1.1.529（オミクロン）の変異によって交差反応性抗体認識が損なわれることは知られているが、武漢Hu-1またはB.1.7（アルファ）のいずれかの感染歴がある人では、インプリント差によってそれが非常に深刻に悪化することは驚きであった。これは、B.1.1.7 (Alpha)が世界的流行に与えた影響を考慮すると、B.1.1.529（Omicron）のグローバルコントロールに重要な側面を加えるものです。2021年5月までにB.1.1.7（Alpha）は149カ国で全感染者の67％を占めています（30） SARS-CoV-2の過去の感染履歴が、その後の防御免疫にこのような重大で否定的な影響を与えることは、COVID-19の予想外の結果である。一般に、感染とワクチン接種によるハイブリッドプライミングが免疫を高めるという考え方は広く認められているが（22）、最初の祖先である武漢Hu-1波に続くB.1.1.529（Omicron）波における感染とワクチンの組み合わせのような刷り込みパターンは、さらなる用語が必要とされる。"ハイブリッド免疫減衰 "である。武漢Hu-1またはB.1.1.7（Alpha）感染と祖先の武漢Hu-1配列を用いた3回ワクチン接種の組み合わせによるレパートリーの形成が、その後のVOCに対する免疫反応にどのような影響を与えているのかを分子的に明らかにするには、免疫レパートリーの差異とその構造的影響を詳細に分析する必要があります。B.1.1.529（オミクロン）S1は、武漢Hu-1波で初感染し、その後B.1.1.529（オミクロン）波に再感染した3回接種HCWからのT細胞には認識されなかった。注目すべきは、3回接種した未感染者がB1.1.529（オミクロン）に感染すると、他のVOCに対する抗体、T細胞、MBC反応は確かに上昇するが、オミクロン自体に対する反応は低下したことである。このように、オミクロン自体に対する免疫原性が比較的低いことが、B.1.1.529（オミクロン）の再感染が短い間隔で頻繁に起こることが、この波における新しい特徴であると証明する一助となるかもしれない。また、B.1.1.529（オミクロン）スパイク配列（祖先配列のプライムとブーストの後にオミクロン3回目投与）を持つmRNAワクチン接種では防御上の利点がないという観察とも一致している（31）。B.1.1.529（オミクロン）感染後の急性血清試料を用いた初期の研究では、免疫原性が低く、ワクチン未接種者ではオミクロン特異的反応のみを、COVID-19接種後は刷り込まれた者に幅広い反応を引き起こす傾向があり（32、33）、これまでに見られたVOCに対する中和反応を消失させると考えられる予想外の組み合わせのパターンもあった（33）。　

我々のT細胞解析は、全抗原からの免疫優位エピトープの処理に依存しており、他よりも深刻な欠損を明らかにした。スパイクペプチドメガプールに対するワクチン接種者のT細胞応答をスクリーニングした研究によると、配列全体にわたってエピトープが失われたために応答が20％低下することがあるが、応答の大部分は維持されている（13-15、17）、ただし、かなりの少数がOmicronペプチドプールに完全にアブレーションしたCD8応答を示すことがわかった（17）。他の研究では、ペプチドパネルに反応する人の約5分の1は、T細胞反応が50から70％低下することが示されている(16)。我々のアプローチは、変異領域にまたがるマッピングされたエピトーププールと、自然に処理された全抗原という2つのアプローチでT細胞認識を評価することであった。我々は、抗原全体を処理した後のエピトープ認識について調べたところ、T細胞認識に最も大きな障害があることを発見した。一般に、数百の重複ペプチドからなる合成メガプールよりも、抗原全体を取り込んで自然に処理されたエピトープの方が、実際の状況を代表し、HLAリガンドーム研究に近いと考えられる。このようなメガプールでは、実際の自然反応には見られないような不可解なエピトープからの反応のノイズに隠れて、生理反応パターンをかき消してしまう可能性がある。つまり、メガプールアプローチは、その性質上、反応消失の程度を過小評価する可能性がある。自然処理とHLAII提示によって誘発されることが示されたペプチドの天然HLAリガンドームは、重複する合成ペプチドパネルからマッピングされたエピトープと一部しか重ならない（34, 35）。B.1.1.529 (Omicron)変異エピトープでマウスを免疫したところ、de novo T細胞応答レパートリーが誘発されることが確認されたが、これは必ずしも生感染時に生成されるものと同じとは限らない。

ここで紹介した研究は、B.1.1.529（オミクロン）感染および再感染の世界的な高い有病率は、免疫インプリンティングによってかなりの差はあるものの、B細胞およびT細胞、抗体結合、nAbレベルの両方で免疫認識がかなり覆されていることを反映していると思われることを示している。武漢Hu-1波とオミクロン波の感染など、刷り込みの組み合わせによっては、特に応答が損なわれることがある。

翻訳ここまで。

以上