RDKitの構造を画像として出力するなら

最近RDKitの構造出力はどう行うのか？という質問が多くきたので、備忘録として簡単にまとめる。（おそらく、jupyterでの運用が多いからだと思う。。。）

・pythonプログラム例

molファイル形式に変換し、下記のようにすればpng形式で保存ができる。

今回はベンゼンを例に挙げた。SMILESをmol形式に変換し、Draw.MolToFileで画像に変換、保存できる。

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem import rdDepictor

mol = Chem.MolFromSmiles('C1CCCCC1')

Draw.MolToFile(mol, 'mol.png')

・mol.png

簡単だが、以上。