IGV ver 2.11 以降の genome 追加

UCSC から felCat9 をダウンロードして genome に追加してみます

UCSC の goldenPath/felCat9/bigZips から下の２つをダウンロード

• felCat.fa

• refGene.txt.gz

felCat.fa のインデックスを作成

samtools faidx felCat.fa

felCat9.json を書く

{
"id": "felCat9",
"name": "Cat (felCat9)",
"fastaURL": "http://*.*.jp/genome/felCat9.fa",
"indexURL": "http://*.*.jp/genome/felCat9.fa.fai",
"tracks": [
{
"name": "Refseq Genes",
"url": "http://*.*.jp/genome/refGene.txt.gz"
}
]
}

出来上がった felCat9.json を Gemomes -> Load Genome From… で開く