K. Namadzu

生態学分野で役に立ちそうなRコードを紹介するナマズです。 博士（情報学）の肩書きに恥じ…

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生態学分野で役に立ちそうなRコードを紹介するナマズです。 博士（情報学）の肩書きに恥じぬよう、わかりやすい説明を添えてコードを発信していきます。 中の人 → https://sites.google.com/view/medoayano/home

  • Rを使った安定同位体比データ解析

Rを使った安定同位体比データ解析（Part 3）

はじめに安定同位体比は、生体内の代謝や、食物網における食う–食われるの関係、生息地の移動など、わたしたちの身の回りで起きている様々な「物の流れ」を調べるツール…

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4か月前
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Rを使った安定同位体比データ解析（Part 2）

はじめに安定同位体比は、生体内の代謝や、食物網における食う–食われるの関係、生息地の移動など、わたしたちの身の回りで起きている様々な「物の流れ」を調べるツール…

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4か月前
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Rを使った安定同位体比データ解析（Part 1）

はじめに安定同位体比は、生体内の代謝や、食物網における食う–食われるの関係、生息地の移動など、わたしたちの身の回りで起きている様々な「物の流れ」を調べるツール…

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4か月前
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Rを使って複数の図を低労力で出力する

はじめにこんなときありませんか・・・？ 複数の変数から、変数の組み合わせを変えて関係をプロットしたい 種や調査地点ごとにプロットを生成し、一枚の図にまとめたい …

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5か月前
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Rを使って白地図に地理データをプロットする

はじめにこんなときありませんか？ 日本の白地図を出力したい 河川や湖の地理データを白地図にプロットしたい 調査対象としている河川やポイントのみをプロットしたい …

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6か月前
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Rを使って多変量データのプロットと統計解析をする

はじめにこんなときありませんか・・・？ 様々な調査地で記録した生物群集の特徴を抽出し、2次元のプロットに要約したい 微生物相の構成に影響する要因を調べたい 脂肪…

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6か月前
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rKIN package の使い方

はじめに安定同位体比分析は、食物網の構造や動物の餌源などを推定する方法として広く用いられます。 また、２種類の安定同位体比によって表される同位体ニッチは、生態ニ…

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1年前

Rを使って地図上にデータをプロットする (leaflet 編)

はじめにこんなときありませんか・・・？ サンプリング地点を示したい 測定値の水平分布を示したい 移動経路を示したい Google マップや白地図に手作業でピンを打つこ…

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1年前
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Rを使った安定同位体比データ解析（Part 3）


はじめに安定同位体比は、生体内の代謝や、食物網における食う–食われるの関係、生息地の移動など、わたしたちの身の回りで起きている様々な「物の流れ」を調べるツールとして用いられてきました。

近年、分析共同利用拠点や依頼分析サービスが増え、ますます多くの研究者に安定同位体比分析が使われていることと思います。
また、消費者の餌資源推定や栄養ニッチの算出など、安定同位体比データを用いた解析の幅が広がると

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Rを使った安定同位体比データ解析（Part 2）


はじめに安定同位体比は、生体内の代謝や、食物網における食う–食われるの関係、生息地の移動など、わたしたちの身の回りで起きている様々な「物の流れ」を調べるツールとして用いられてきました。

近年、分析共同利用拠点や依頼分析サービスが増え、ますます多くの研究者に安定同位体比分析が使われていることと思います。
また、消費者の餌資源推定や栄養ニッチの算出など、安定同位体比データを用いた解析の幅が広がると

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Rを使った安定同位体比データ解析（Part 1）


はじめに安定同位体比は、生体内の代謝や、食物網における食う–食われるの関係、生息地の移動など、わたしたちの身の回りで起きている様々な「物の流れ」を調べるツールとして用いられてきました。

近年、分析共同利用拠点や依頼分析サービスが増え、ますます多くの研究者に安定同位体比分析が使われていることと思います。
また、消費者の餌資源推定や栄養ニッチの算出など、安定同位体比データを用いた解析の幅が広がると

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Rを使って複数の図を低労力で出力する

Rを使って複数の図を低労力で出力する


はじめにこんなときありませんか・・・？

複数の変数から、変数の組み合わせを変えて関係をプロットしたい

種や調査地点ごとにプロットを生成し、一枚の図にまとめたい

調査地点ごとに多変量解析をおこない、特徴をプロットしたい

組み合わせパターンごとにコードを書いて出力したり、複数の図をパワポなどで組み合わせると大変ですよね
・・・そこでRの出番です

準備する次のようなシナリオを考えます。
①魚

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Rを使って白地図に地理データをプロットする

Rを使って白地図に地理データをプロットする


はじめにこんなときありませんか？

日本の白地図を出力したい

河川や湖の地理データを白地図にプロットしたい

調査対象としている河川やポイントのみをプロットしたい

ArcGISやQGISを使って上記の地図データを出力することもできますが、
何度も手作業で操作するとなると、なかなかしんどいですよね・・・（しかもお金がかかったりする）。

そこで、Rの出番です。
今回はシェープファイルをRで操作

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Rを使って多変量データのプロットと統計解析をする

Rを使って多変量データのプロットと統計解析をする


はじめにこんなときありませんか・・・？

様々な調査地で記録した生物群集の特徴を抽出し、2次元のプロットに要約したい

微生物相の構成に影響する要因を調べたい

脂肪酸組成の特徴からある動物の餌を推定したい

そこで今回は、多変量解析のためのRコードを紹介します。
ここではRコードの解説が中心になります。統計学に基づいた解説が必要な方は、こちらの論文をご参照ください。

準備する次のようなシナリ

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rKIN package の使い方

rKIN package の使い方

はじめに安定同位体比分析は、食物網の構造や動物の餌源などを推定する方法として広く用いられます。
また、２種類の安定同位体比によって表される同位体ニッチは、生態ニッチを反映すると考えることができます。
ここでは、同位体ニッチを描画するツールの一つ、"rKIN"の使い方について紹介します。

参考文献
Eckrich, CA, Albeke, SE, Flaherty, EA, Bowyer, RT,

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Rを使って地図上にデータをプロットする (leaflet 編)

Rを使って地図上にデータをプロットする (leaflet 編)

はじめにこんなときありませんか・・・？

サンプリング地点を示したい

測定値の水平分布を示したい

移動経路を示したい

Google マップや白地図に手作業でピンを打つこともできますが、なかなか面倒な作業ですよね・・・。
そこで、Rの出番です。
今回はleafletパッケージを使った方法を紹介します。

やってみようData File

基本的な構成は「地点名 (St)、緯度 (lat)、経度

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