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情報工学専攻の大学院生。 自分が役に立てる場所で働きたい内向型人間。 アニメ・ゲーム・…

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情報工学専攻の大学院生。 自分が役に立てる場所で働きたい内向型人間。 アニメ・ゲーム・献血が好き。

ANCOM-BC2結果からボルケーノプロットを作成

ボルケーノプロットはlog fold changeと発現差の統計的有意性の関係性の可視化のため、遺伝子発現解析で広く用いられます。 今回は以前の記事（下記リンク参照）で実施したANCOM-BC2解析の結果からボルケーノプロットを作成します。 実行環境とソフト実行環境：Ubuntu 22.04.2 LTS (GNU/Linux 5.15.146.1-microsoft-standard-WSL2 x86_64) 実行ソフト：QIIME 2 2023.9 Amplicon D

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    • Qiime2とRを用いて菌叢の機能予測をする

      微生物群集の機能分析は代謝ポテンシャルや菌叢の機能的多様性の知見を得ることに繋がります。 今回はQiime2で得られたデータとRを用いて菌叢解析を試みます。 実行環境とソフト実行環境：Ubuntu 22.04.2 LTS (GNU/Linux 5.15.146.1-microsoft-standard-WSL2 x86_64) 実行ソフト：QIIME 2 2023.9 Amplicon Distribution上のR version 4.2.2 ※WSL上でQiime2を

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      • ANCOM-BC2を用いた微生物群集構成の調査

        微生物生態学では、微生物群集の環境変化による影響を理解することが重要です。 今回はQiime2で得られるファイルから、R上でANCOM-BC2という統計的手法を用いて、具体的に何の菌が変化したのかを調査します。 ANCOM-BC2（2023）はANCOM（2015）を改良した手法であり、バイアス補正とFDR制御のよりロバストな方法を持っているそう。詳しくは以下の元論文を参照してください。 私は最初にANCOMの方を使用したのですが、Qiime2に統合されており簡単に使用で

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        • qiime2Rを用いてβ多様性解析を美しく描画

          この記事では、バイオインフォマティクス解析ツールQiime2で得られたデータから、統計計算環境Rを用いたβ多様性解析のデザインについて説明します。 実行環境とソフト実行環境：Ubuntu 22.04.2 LTS (GNU/Linux 5.15.146.1-microsoft-standard-WSL2 x86_64) 実行ソフト：QIIME 2 2023.9 Amplicon Distribution上のR version 4.2.2 ※WSL上でQiime2をacti

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        ANCOM-BC2結果からボルケーノプロットを作成

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          qiime2Rを用いてα多様性解析を美しく描画

          この記事では、バイオインフォマティクス解析ツールQiime2で得られたデータから、統計計算環境Rを用いたα多様性解析のデザインについて説明します。 実行環境とソフト実行環境：Ubuntu 22.04.2 LTS (GNU/Linux 5.15.146.1-microsoft-standard-WSL2 x86_64) 実行ソフト：QIIME 2 2023.9 Amplicon Distribution上のR version 4.2.2 ※WSL上でQiime2をactiv

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          qiime2Rを用いてα多様性解析を美しく描画

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