ケビンさんの10月23日のサブスタックを訳しました。おすすめ不可

ケビンさんの10月23日のサブスタックを訳しました。プラスミドのアノテーション.app である SnapGene をダウンロードして、ファイザーのベクターにアノテーションするまで、手順が説明されてます。ポイントは2つ。SV40は自動的にアノテートされる。よくわからない蛋白のORFが挿入されている

どうぞ、試してみてください

欺瞞の意図 Intent to Deceive : 医学部の勉強　分子病理学

10月20日サブスタックの訳はこちら

カナダ・オンタリオ州のファイザー/ビオンテックおよびモデルナ社のmodRNA COVID-19ワクチンで検出された一価および二価のDNA断片：重篤な有害事象との用量反応関係の探索DNA : 医学部の勉強　分子病理学

ケビンさんの配列で試してみました
Open Reading Frame はこうなりました ↓

そして、ケビンさんの書いてることがわからなくなっています
日本語にして、この部分です↓

11時30分から6時までのGreenでは、そこにあるべきではないものも表示されます。これは、Beaudoin et al. によって説明された謎の ORF です。これが一体何なのか誰も知りません！NCBI BLASTP では何も見つかりません。それは人間にはない(?)ので、発現すると免疫系によって攻撃されます。

Green はケビンさんの図でスパイク蛋白コード領域をを逆向きに読んでアミノ酸にすること、と理解できます。あり得ないと思いますが、続けてみます

上のORF の図で必要部分を拡大します↓。ケビンさんが指摘されるGreen のとは、ORF11 のことでしょう。これをBlastPにかけます。図の下へ続く

ホモロジー出ません↓。

ケビンさんは、謎の配列の参照にBeaudoinさんたちのFrontiers in Immunologyの論文を紹介していますが、Beaudoin et al. さんたちはスパイク蛋白コード領域にコドン最適化を行うと新たにORFができる、それもSARS-CoV-2 のORF と相同性のあるORF のできることがある、と言ってます。

ちょっと、今日風邪をひいてしまい、続きは明日行って、ここにup
します。

とりあえず、SV40 だけは固い話ですが、謎の配列については真偽不明です。お待ちください

かしこ

パイロン先生