書記のBioInfo日誌#5 Swissdockによる分子ドッキングの試行（2021/05/04）

目的

分子ドッキングを実施する

結果

参考文献：

「Warfarin traps human vitamin K epoxide reductase in an intermediate state during electron transfer」

最後にあるMDシミュレーションによる検証について。

ドッキングには「Swissdock」が用いられたという。どうも，オンライン上で動くソフトらしい。

受容体タンパクの質ファイル，リガンドのファイルを入力して，startを押すと計算が始まる。

受容体は「Structure of a bacterial homolog of vitamin K epoxide reductase（3KP9）」でやってみた。PDBファイルとして取得し保存する。

PDBファイルの中身。原子の座標データやアミノ酸配列などが記載されている。

PyMolで読み込ませたものがこちら。PyMolの操作方法はよくわからないので今回はあまりいじらない。

リガンドについては「warfarin」と入力し検索すると，ZINCデータベースから情報を持ってきてくれるので，これを選択する。

これで必要な情報は揃った，eメールアドレスを入力しておくと，計算が終わった時に知らせてくれるので便利である。

約30分で計算が終わった。

結果はこのようにJSmolの画像付きでみることができる。CSVファイルに各情報が収納される。いくつかのクラスターがあり，エネルギー値と見比べて色々考察に用いる。

より詳しい結果の表示には「UCSF Chimera」が必要らしい。今は手元にないので，今回はここまでとする。

正直，動くかわからない状態で情報を投げてみたところ，案外いい感じに動いた（正しいかはわからない）ので，日誌として記録した。オンラインで分子ドッキングができるのかと驚いた。日本語での情報が少ないのが難点ではある。

本記事のも記事はこちら：

バイオインフォマティクスまとめ｜Writer_Rinka｜note